Учитывая почти нулевое время доступа к случайным данным думаю сделать один раздел под корень, один под хоум и на ехт3 все. Уж в лвм на рейзере наверняка не будет наверно смысла :) Или уже есть смысл попробовать ext4? Учитывая тесты выглядит довольно приятно.
PS Покупаю eee1000 с ссд винтом, думаю.