Вентилятор на корпусе слишком сильно гудит

зайти на сайт производителя материнки и пошариться на предмет дров

Поставь/настрой fancontrol.

Но как-то пришлось поставить винду и вот чудо при загрузке винды вентилятор перестает шуметь. Т.е несколько секунд в процессе загрузки шумит, а потом перестает. Я так понимаю винда сама управляет работой вентиляторов.

Нет, ты понял не совсем правильно. Венда сама по себе не умеет управлять работой кулеров, получать данные о температуре и т.п. Более того, в отличие от линукса, в венде не предусмотрено даже API для этого. Обычно для управления кулерами на венду ставят сторонний софт с собственным набором драйверов.

В твоём случае кулером скорее всего управляет BIOS. По идее, в этом случае всё должно работать одинаково не зависимо от операционной системе. Но в реальности BIOS (а особенно часть ответственную за ACPI) обычно пишут не программисты, а криворукие безмозглые обезьяны. В результате часто получается так, что весь этот хлам даже под виндой не под всякой заводится, не говоря уже о линуксе =).

В дебиане такого не происходит шумит постоянно, теперь это сильно напрягает. Подскажите в какую сторону смотреть чтобы заставить дебиан нормально управлять работой вентилятора.

Как уже сказали выше - в сторону fancontrol. Также можешь попробовать напрямую потыкать в hwmon/lmsensors, примерно так:

# Показать скорость вращения одного из кулеров:
cat /sys/class/hwmon/hwmon0/device/fan1_input

# Изменить ток, подаваемый на какой-то кулер. 0 - минимум (обычно - выкл),
# 255 - максимум. Номера pwm не всегда соответствуют номерам кулеров.
echo 128 > /sys/class/hwmon/hwmon0/device/pwm1

Могу посоветовать написать самому демона управления вентилятором. Я так и сделал на EeePC 901. Написа на перле, раз в 10 секунд смотрит значение температуры (в моем случае это /sys/class/thermal/thermal_zone0/temp ), дальше включаю программное управление вентилятором (в моем случае кидаю 1 в /sys/class/hwmon/hwmon0/pwm1_enable) и, в зависимости от температуры, кидаю скорость вращения в предназначенный для этого файл (в моем случае /sys/class/hwmon/hwmon0/pwm1 значение от 0 до 255)

>Могу посоветовать написать самому демона управления вентилятором.
Велосипедист? Все уже до тебя написали.

lm-sensors,pwmconfig,fancontrol

>Велосипедист? Все уже до тебя написали.

Написать быстрее, чем найти. Тем более, что найденное окажется или с GUI-мордой, или вообще интегрированное в wm. А е меня демон, запускающийся при старте системы. И делает именно то, что мне нужно. Не больше и не меньше.

В моем случае все оказалось гораздо проще. Гудел не вентилятор на корпусе, а кулер на видео карте. Поставил драйвера от nvidia и тишина в квартире.

дык в 5ти дюймовую дырку поставть какой нибудь девайс чтоб реглировать скорость

или тупо переменник на вентилятор, внутренней

или такую хрень http://darudar.org/var/files/img/12/d2/12d286cbbc42032d5c4d3813691d0322_600.jpg