Известная проблема с ноутбуками, когда звук идет одновременно и из встроенного динамика, и из подключенных в аудиовход устройтсв.
1. На 10 и 11 убунту всё просто решалось, а в 12.04 всё иначе. В терминале в alsamixer убираю громкость у порта Speakers - звук из динамиков больше не беспокоит, но при попытке изменить громкость в трее, звук на Speakers включается опять, так как ползунок затрагивает Speakers - другие порты в самих настройках звука выбрать нельзя. Постоянно управлять громкостью из терминала - не очень идея.
2. Еще одна ерунда - если пользоваться сенсорной панелью громкости , влияет это только на громкость HDMI output, который вообще не работает, но не на основную звуковуху. Ноут HP dv6. На предыдущих системах такой проблемы не было.