Добавить себя в группу sudo, выполнив в консоли:
usermod -a -G sudo username
Или записать в файл «/etc/sudoers»:
username ALL=(ALL:ALL) ALL
Или оба варианта из серии вредных советов и нужно детализировать по отдельным командам и складывать в /etc/sudoers.d/ ?
И попутно: допустимо ли запускать GUI приложения через gksu/gksudo вместо pkexec?
gksu synaptic
gksudo thunar