Как правильнее получить доступ к sudo?

А какая собственно разница? Эффект то одинаковый. Если нужно разграничение прав sudo - то вписывать по одной команде в sudoers.d . Если просто полный доступ - то su или sudo. gksudo это просто обертка над sudo, отличий никаких.

если ты не доверяешь своему пользователю - то вредно.

Понял, спасибо!

Значит добавлю всё разом. Спасибо за пояснение!

Или оба варианта из серии вредных советов и нужно детализировать по отдельным командам и складывать в /etc/sudoers.d/ ?

Файлы в sudoers.d просто инклудятся в общий sudoers (это можно увидеть в последнем). Где именно писать, с точки зрения безопасности не важно. Отдельные файлы удобны для того, чтобы включать их в пакеты и не править из пакета основной sudoers.

По аналогии с /etc/grub.d/ насколько я понимаю. Спасибо за пояснение!