Казалось бы, почему бы не использовать только один из них, первый? Если бы все текстовые редакторы умели редактировать .epub, то можно было бы сохранять в него исходные тексты программ из IDE, а потом скармиливать .epub-ы компиляторам (например C++).
Почему сейчас не бывает текстов программ с гиперссылками? потому что текстовые редакторы не все умеют обрабатывать гипертекстовые форматы. Если прийти к единому стандарту, то они станут способны со ссылками работать.
Кроме ссылок о тексте нужно ещё много всего знать - например какие фрагменты текста написаны какими авторами и под какими лицензиями. Авторство может пригодиться для разметки бинарного кода (кто автор каких частей), а статистика покажет какой код чаще используется, можно будет распределять деньги пропорционально популярности частей кода.
Коммунисты скажут, что «деньги не нужны». Это неверное понимание сути коммунизма. Деньги это инструмент, оружие. Пока есть противник, который таким оружием пользуется, в своих войсках нужно тоже знать и уметь с таким оружием обращаться.
Т.е. именно в опенсорсе можно применять такие технологии как «деньги», «надежно проверенная платформа (TPM)» с наибольшей пользой для трудящихся (разработчиков и пользователей софта). Капиталисты присваивают себе часть прибыли, таким образом искажая картину и мешая деньгам выполнять свои чисто информационные функции. А при публичных доходах/расходах присвоить незаслуженно не получится. От каждого по способностям, каждому по труду!