Я так вижу

Тут как раз голосование по поводу того что станет ли линь доминирующей системой.

Я немного подумал и решил, а что если сделать так?

Можно отказаться от привычной структуры линя. Вот сейчас это папки boot, system, usr на системном диске. Я же решил это сделать так:
1. Вся система будет помещена в папку типа SystemFiles, по типу папки Windows в форточках.
2. Рядом будет лежать папка типа Applications, либо же в той же системной папке.
3. В ней будут приложения типа ProgramName1.Ver1. Что дает приписка Ver1(2,3,не важно)? Безболезненный выбор версии программы или библиотеки.
4. Для системных библиотек будет одна папка, не будет bin или /usr/bin / /usr/xbin, /lib, /usr/lib и т.д..
5. Установка приложений будет проходить таким образом: для разработчиков будет предоставлен конструктор установщиков типа InnoSetup, но в отличии от IS тут не бинарные файлы, а те же пакеты. Из плюсов - нет мороки с зависимостями. Просто выведется сообщение «Отсутствует компонент такой-то»(да, я про симбиан тут вспомнил).
6. При установке можно будет выбрать раздел куда установится приложение. Из плюсов - не нужно ничего писать в fstab чтобы перенести какую-нибудь папку на другой раздел. При недоступности раздела просто не будет ярлыка в меню.

Не знаю как вам, а мне такая структура кажется вполне логичной. Думаю можно даже реализовать в каком-нибудь проекте. Правда перелопачивать как мне кажется придется очень много.