Чем запитать жесткий диск?

Есть блоки питания от внешних USB-хардов, к ним можно переходник на молекс сделать. Я вот с такого на флоппик переходник себе сделал, например — там разъём оказался физически совпадающим с PS/2 и я взял ответную часть со старого компа.

Отдельно где-то продаются?

И в моём понимании внешние харды обычно и так от USB работают, может только с 2 коннекторами, если один порт не даёт достаточную силу тока.

автомобильным аккумулятором

Купи юсб-контейнер для диска с внешним блоком питания. Для такого размера диска они все с блоком питания.

подключить к кубиборде

А авторы разрешили? К Raspberry Pi, например, прилагается бумажка, где чёрным по белому написано, что никто не проектировал Raspberry Pi на питание от USB портов, и для авторов стало неожиданностью что он так умеет, а потому нельзя подключать к USB портам устройства с внешним питанием во избежание повреждения микрокомпьютера.

В 5 кубике ( http://cubieboard.org/2016/03/15/cubietruck-pluscubieboard5-released-now/ ) есть разьем подключение HDD, есть даже 12В. Правда я не разбирался: увидел только выход, вход стандарнтный 5В.
К примеру на HDD-raid ( http://www.cubietech.com/product-detail/hdd-raid/ ) 12 вольт вынесено.

по SATA, а не USB

Собственно, сама коробка и юсб-контроллер мне нафиг не нужны, а просто так покупать не хочется, когда целые ATX-блоки стоят дешевле. И фотография этого блока как-то похожа на такой с алиэкспресса, только разъём не Molex (т.е. ещё придётся переходник придумывать)

Зачем переходник? Отрежь и сразу на молекс припаяй.

Выбирай блок питания:
http://www.chipdip.ru/catalog-show/stabilized-power-adapters/
Выбирай разъём:
http://www.chipdip.ru/catalog-show/power-connectors/
Паяй, используй. Не надо выдумывать. У конкурентов Чип-Дипа всё то же, но дешевле.

А такой момент, используется же общая земля (чёрный провод)? Если взять два разных блока питания (5в и 12в), минусы будут соединены, в этом ничего плохого? Просто в электротехнике ни фига не понимаю.

У конкурентов Чип-Дипа всё то же, но дешевле.

Так давай ссылки, где
А то я лучше так возьму обычный ATX блок, навешаю резисторов, и пусть себе крутится

Если взять два разных блока питания (5в и 12в), минусы будут соединены

мало того, что ничего плохого, а так и нужно делать

http://elbase.ru/ - адский каталог, пользоваться невозможно.
План такой: выбираешь в chipdip, потом то же самое заказываешь в Базе Электроники.

И в моём понимании внешние харды обычно и так от USB работают

Это двухсполовинойдюймовые, а трёхсполовинойдюймовые дополнительный блок используют внешний, похожий на ноутбучный.

Отдельно где-то продаются?

Вот уж не знаю, у меня шел в комплекте с внешним корпусом, стоил 700 что ли рублей (правда до кризиса).

Кстати советую брать внешний корпус с вентилятором, без него работает, но нагревается сильно.

И фотография этого блока как-то похожа на такой с алиэкспресса, только разъём не Molex

Так и купи такой, но с разъёмом Molex, в чём проблема?