HTML

Без разницы, но должны быть доступны текстовые исходники. Я предпочитаю LaTeX (pdf после трансляции), но если текст имеет простое форматирование, до годится что угодно, например, org-mode.

pdf

возможность создания закладок

Она зависит не от файла, а от ПО которое с ним работает. PDF/djvu, но их читать плохо не на экране.

asciidoc и тому пободное.

pdf

fb2

Если именно для книги - то х3, что есть кроме latex, я не шибко в теме. А если структурировано хранить знания то можно смотреть различные wiki или поделки типа mindforge наверное.

Это опенсоурс детка, не нравится - сам напиши!

fb2

Дополняя комментарий выше, fb3.

Но предпочтительнее, на мой взгляд, — org-mode. Да, специфичный, но мощный инструментарий и возможность конфертации в другие форматы.

FB2.

1) Под него куча читалок, как аппаратных, так и программ.

2) Он текстовый, его (с оговорками) даже в mcview читать можно.

3) Он на основе XML. Т.е. через 5-10 лет, даже если эти читалки помрут, написать конвертор во что-то новомодное — не проблема.

.fb3

Специально для технической литературы создали. https://github.com/Litres/FB3Reader

если нужно редактировать, то word / openoffice / libreoffice . главное не забывать, чем отличается структурная разметка от визуальной. Если нужен заголовок, не выделяй текст жирным а отметь его как заголовок. после этого и навигация будет, и оглавление будет обновляться автоматом

если только читать, то pdf / fb2

cPunk, TooPar, SuoiCat, hobbit, sqq, router, спасибо.