Наконец, мне объяснили разницу между flatpack и snap.
Отличия Flatpak от Snap сводятся к тому, что Snap предлагает небольшой базовый runtime с начинкой контейнера на основе монолитных выпусков Ubuntu Сore, в то время как Flatpak помимо основного runtime использует дополнительные и отдельно обновляемые runtime-слои (bundle) с типовыми наборами зависимостей для работы приложений. Таким образом, Snap большую часть прикладных библиотек переносит на сторону пакетов (последнее время возможен вынос крупных библиотек, таких как библиотеки GNOME и GTK, в общие пакеты), а Flatpak предлагает общие для разных пакетов bundle-наборы библиотек (например, в bundle вынесены библиотеки, необходимые для работы программ c GNOME или KDE), что позволяет сделать пакеты более компактными.