Всю систему? Забодаешься... Бери тогдf Генту, что ли.
Или не страдай ерундой и работай с бинарниками, собранными Дебиановской командой. Кое-что можно дособрать под себя apt-get install --compile.

Хотя если надо именно Дебиан и именно пересобрать - смотри на сайте, там было руководство. При помощи девелоперских скриптов это делается. Собственно, так же, как они собирают дистрибутив сами.

Re:

apt-build?