Я уже как-то создавал тему о том, что в debian'е почти все сервисы после установки стартуют с неким конфигом по умолчанию, и это как бы не очень хорошо. Но сегодня я узнал о другой интересной штуке: веб-приложения автоматом добавляют свои конфиги в /etc/apache2/conf.d и делают ему reload. И не только при первоначальной установке, но и при обновлении, так что надо не забывать удалять симлинк на конфиг после каждого обновления, иначе установленное приложение будет доступно со всех vhost'ов =).
P.S. Сейчас набегут упоротые дебианщики и начнут доказывать что правильно только так, а остальное - ересь.
P.P.S. В прошлой теме подсказали выключить запуск postinst-скриптов в настройках apt'а, но от этого становится только хуже, так как мейнтейнеры в эти скрипты чего только не пихают...
P.P.P.S. http://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=565738