Итак, сегодня у меня в системе появился второй жёсткий диск. Теперь я смог физически разнести корневой раздел и хомяк на разные устройства.
Итог: 12309 пропал. Совсем пропал.
Крупные системные апдейты, копирование больших файлов, две активные виртуалки с офтопиком (седьмая версия которого очень любит непонятно зачем активно загружать диск при простое, хотя я вырубил и своп, и индексирование, и дефрагментацию) - на отзывчивости системы это теперь отражается чуть более, чем никак.
Собственно этот тред не только выражение радости, но и один из возможных вариантов решения проблемы 12309. Если не помогает пиление конфигов, а отзывчивости очень хочется - надо разделить систему на два физически различных устройства (не разделы).