Вот есть разные микроскопы, которые подключаются через USB:
http://www.smotrivoba.com/index.php?productID=2187
Читал такую ветку:
Опознать разрешения микроскопа
она бестолковая, потому что мало конкретики
Поскольку рабочее поле у микроскопов маленькое, то нужен микроскоп,
который можно прикрутить в качестве инструмента на координатный стол
http://reabin.ru/data/20-g1.html
(не знаю какие столы есть и сколько они стоят)
Кто такое собирал для linux ? Какой стол посоветуете, какой микроскоп, как это всё под linux настраивать? Какие есть библиотеки для работы со всем этим, какие есть стандарты на API ?