Вот столкнулся с с такоим заданием на работе. Для чего нужно избегать фрагментации - не знаю. Избежать фрагментации больших файлов порой невозможно (особенно, если на NTFS записывать файл с размером почти равным свободному месту на самой ФС), но её можно уменьшать. Так как партиция свежеотформатированная, чистенькая, то первое что приходит в голову - начать копирование с самых больших файлов (чтобы они ложились на ФС целыми), а потом заполнять остатки мелочью. Дефрагментация - процесс очень долгий, а в рамках линукса вообще практически не используется (смог найти всего один дефрагментатор в исходниках, которые не собираются).
Если по фату, то имеется винт на 500 G халявы, на него нужно отправить данные (300 000 файлов), после копирования которых останется менее 2-х G свободного места, то есть задача «избежать фрагментации» выполнима на все 100%. ФС NTFS, размер ячеек стандартный - 4 к. Ext* или любые другие линуксовые ФС использовать не выёдет (кажись, винчестер куда-то отдавать будут). Мольбы о покупке SSD были успешно проигнорированы... :-(
Перемещено tazhate из desktop