Финансы поют романсы

Проjectы в вакууме никому не интересны. Нужна конкретная
привязка - _зачем_, _для каких людей_ это делается.

Если ты хочешь изобрести НКО - поговори с людьми, которые
пытались быть там учредителями, вести бухгалтерию, и нести
уголовную ответственность за нарушения.

Не надо играть в страуса. Люди нашей стране _нужны_.

Налоговый кодекс Российской Федерации

ЧАСТЬ II. ЧАСТЬ ВТОРАЯ
Раздел VIII. ФЕДЕРАЛЬНЫЕ НАЛОГИ
Глава 25. НАЛОГ НА ПРИБЫЛЬ ОРГАНИЗАЦИЙ
Статья 251. Доходы, не учитываемые при определении налоговой базы

... Ну, и НКО тоже имеет определение.

Полученные сайтом деньги сразу кидаются до последней копейки авторам.

Ты должен платить % от прибыли. А твоя прибыль равна нулю.

Что обязан перед лицом государства делать владелец сайта?

«Ты виноват уж тем, что хочется мне кушать». Ты существуешь, через тебя проходят деньги - ты должен платить налоги. По крайней мере в этой стране.

а окупаться за счет чего?

Удваиваю вопрос!

И не только в РФ. Много где в мире организации платят налоги (Corporate Tax) не с итогового дохода, а с выручки.

Прием платежей на сайте по карточкам называется эквайринг. Не знаю как в России, а у нас для этого нужно быть предпринимателем и иметь расчетный счет в банке -> платить налоги. При этом, далеко не все банки предоставляют услуги по приему средств с карт + снимают проценты. Итого, если сайт слабый, денежный поток может не перекрыть выплаты государству/банку.