LINUX.ORG.RU
ФорумTalks

Кастомный биологический вирус

 


1

2

Насколько реально сегодня собрать собственный кастомный биологический вирус? Сколько по стоимости? В России кто-нибудь этим занимается? Кастомность должна проявляться в произвольном выборе хост-клеток. Особого ума от вируса не надо, достаточно, чтобы он проникал в клетку и запускал апоптоз.

Нашёл базу вирусных геномов, но не очень понятно, как её парсить. Понимаю, что нужно заменить один из белков вируса, отвечающий за привязку к хост-клетке на другой белок, который свяжется с одним из рецепторов новой клетки. Но без парсинга управляющих последовательностей генома не очень понятно, где что. Может быть, есть, что почитать на эту тему?

cast DNA_Seq

★★★

Последнее исправление: Sadler (всего исправлений: 1)

Хочешь УВЧ сэкономив на ОБЧР?

GAMer ★★★★★
()

Казалось бы, причём тут линукс.

А ты гуглил «создать свой супер-мега-вирус недорого»?

Alve ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Alve

Нашёл одну статью, там автор говорит о $5000 на аппаратуру + $200000 на вещества (не, не те, что вы подумали), чтобы сделать это в гараже. Но должны же быть люди, у которых всё это есть и которые способны это сделать за чуть меньшую денюжку и с большим качеством. Да и ещё нужно как-то получить верный геном.

Sadler ★★★
() автор топика
Последнее исправление: Sadler (всего исправлений: 1)

9 генов ВИЧ-1 кодируют, по крайней мере, 15 белков[55].

pol — кодирует ферменты: обратную транскриптазу (RT), интегразу (IN) и протеазу (PR). gag — кодирует полипротеин Gag/p55, расщепляемый вирусной протеазой (PR) до структурных белков p6, p7, p17, p24. env — кодирует белок gp160, расщепляемый клеточной эндопротеазой фурином на структурные белки gp41 и gp120[56].

Другие шесть генов — tat, rev, nef, vif, vpr, vpu (vpx у ВИЧ-2) — кодируют белки, отвечающие за способность ВИЧ-1 инфицировать клетки и производить новые копии вируса.

Репликация ВИЧ-1 in vitro возможна без генов nef, vif, vpr, vpu[54][нерабочая ссылка][источник не указан 174 дня]. Однако данные белки необходимы для полноценной инфекции in vivo

rezedent12 ☆☆☆
()

Может быть, есть, что почитать на эту тему?

white plague

grim ★★☆☆
()

Создание белков с заданными функциями сейчас невозможно. Правда пока непонятно, это невозможно технически или принципиально, но главное, что нельзя.

Вся «генная инженерия» сегодня - примитивная манипуляция готовыми кусками ДНК и подталкивание естественного отбора.

yu-boot ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от i-rinat

Разве так можно убить раковые клетки?

Какие раковые клетки? Раковые клетки меня интересуют меньше всего. Хотя была работа, где именно так боролись с раковыми клетками. Только предварительно метили их.

Sadler ★★★
() автор топика
Последнее исправление: Sadler (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от yu-boot

Создание белков с заданными функциями сейчас невозможно. Правда пока непонятно, это невозможно технически или принципиально, но главное, что нельзя.

Мне не нужно создавать белки с заданными функциями, мне нужно подменить один белок другим, собрать последовательность и запихать её в вирус.

Sadler ★★★
() автор топика

Сколько по стоимости?

За 10-20 миллиардов вечноубитых можно приступить.

Кастомность должна проявляться в произвольном выборе хост-клеток.

А это уже на нобелевскую премию светит, и не на одну.

Понимаю, что нужно заменить один из белков вируса, отвечающий за привязку к хост-клетке на другой белок

Не так все просто, у вирусов все оптимизировано по самые помидоры, например один участок может кодировать разные гены в разных рамках считывания. Почитай например про фаговый дисплей и его ограничения. Или космидные векторы - им нужен помощник в лице нормального вируса.

который свяжется с одним из рецепторов новой клетки.

просто связаться мало, но и со связыванием есть нерешенные вопросы. Белки при взаимодействии изменяют конфигурацию, и как посчитать энергию связывания двух белков уже вопрос крайне неоднозначный.

Может быть, есть, что почитать на эту тему?

Классика: Льюин - Гены, Альбертс - Клетки. По генной инженерии - Патрушев - искусственные генетические системы (но она устарела лет на десять) и Щелкунов - Генная инженерия (вот тут акцент на вирусы), в качестве иллюстрации возможностей - Глик, Пастернак - молекулярная биотехнология.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от Sadler

Ну саму днк можно вполне синтезировать за деньги. Но в техзадание и близко не впишется - будет просто модифицированный вирус с измененной последовательностью. Ну и исходный вирус желательно иметь под рукой - куча стадий сэкономится.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Последнее исправление: DNA_Seq (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Но в техзадание и близко не впишется - будет просто модифицированный вирус с измененной последовательностью.

Но ведь можно при желании найти наиболее подходящий вирус и попробовать поизменять последовательность, кодирующую белок, так, чтобы оно поражало только конкретного вида клетки?

Ну саму днк можно вполне синтезировать за деньги.

Для меня крайне непонятны последующие действия, т.е. как из синтезированной ДНК получить готовый вирус с капсидом и прочим.

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Sadler

Ну тут как раз просто - в клетку вводится днк в компании с немодифицированным вирусом. Более сложный вариант - бесклеточная система, содержащая нужные клеточные компоненты и необходимые для сборки капсида белки ( но тут будет много дефектных форм, отсетваются при выращивании).

DNA_Seq ★★☆☆☆
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Классика: Льюин - Гены, Альбертс - Клетки. По генной инженерии - Патрушев - искусственные генетические системы (но она устарела лет на десять) и Щелкунов - Генная инженерия (вот тут акцент на вирусы), в качестве иллюстрации возможностей - Глик, Пастернак - молекулярная биотехнология.

Как же проблематично эти книги искать, а.

Solace ★★
()
Ответ на: комментарий от DNA_Seq

Вообще странно, почему стоимость в миллиарды. Есть же такое направление, как «онколитические вирусы» — это практически то, что нужно. Или они не синтезируют вирусы, а проводят своего рода селекцию?

Sadler ★★★
() автор топика
Последнее исправление: Sadler (всего исправлений: 2)
Ответ на: комментарий от Sadler

Есть же такое направление, как «онколитические вирусы» — это практически то, что нужно.

Потому что в общем случае задача практически неразрешима. Возможно создать искусственный разум проще в алгоритмическом смысле. А тысячи частных решений стоят миллиарды долларов. В случае рака в этом как раз основная проблема - сам по себе рак это сборный диагноз, под которым скрываются тысячи заболеваний с похожей симптоматикой. Недавно например показали что в случае опухолей мозга причиной могут быть не глиальные клетки а сами нейроны. То есть сам выбор подходящей мишени уже задача с неочевидным решением.

Или они не синтезируют вирусы,

Вообще первые опыты по «сборке» вирусов из фрагментов проводились еще в 30-50е годы. Вирусы вообще обладают свойством самосборки (до некоторой степени) - кристаллы же.

а проводят своего рода селекцию?

Одно от другого неотделимо. Но и тут возможности не такие большие как кажется на первый взгляд. Например фаговый дисплей может отобрать белок, связывающийся с определенным веществом, но не способен отобрать белок, превращающий вещество1 в вещество2. А в случае сабжевого вируса мало создать вирус, связывающийся с определенным рецептором, нужно еще запустить цепь реакций. А тут кстати если помним биохимию, то вспоминаем что а) кроме специфического есть и неспецифическое связывание, б) если за связыванием белком субстрата не последовала реакция, то белок скорее всего отлипнет от субстрата (причем вероятность отлипания больше вероятности реакции). То есть если вирус может связываться с нужным нам типом клеток, но не способен проникать в них, то он все равно окажется в клетках, в которые способен проникать.

DNA_Seq ★★☆☆☆
()

собрать собственный кастомный биологический вирус?
в произвольном выборе хост-клеток
проникал в клетку и запускал апоптоз
парсить базу вирусных геномов

это что, пост из будущего, попавший к нам через пространственно-временной разлом?
или будущее рядом?

Komintern ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Sadler

1) Берёшь кредит на нужную сумму

2) Закупаешь необходимое оборудование

3) Синтезируешь вирус

4) УВЧ

5) Ты свободен от людских финансовых условностей и никому ничего больше не должен

6) ???

7) PROFIT

KivApple ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от Sadler

В таком случае лучше делать это не в гараже. Потому что шанс создать локальный УВЧ, напутав что-нибудь при комбинировании природных вирусов в кустарных условиях, гораздо выше, чем что-то полезное.

KivApple ★★★★★
()
Ответ на: комментарий от i-rinat

Кастомный биологический вирус (комментарий)

Именно. Меня не интересуют раковые клетки, но меня интересуют лекарства на основе включения апоптоза. Пример такого лекарства — противораковые препараты (которые меня в чистом виде не интересуют). Доступно изложил?

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от KivApple

В таком случае лучше делать это не в гараже. Потому что шанс создать локальный УВЧ, напутав что-нибудь при комбинировании природных вирусов в кустарных условиях, гораздо выше, чем что-то полезное.

Да, я тоже так думаю. Попробую найти какую-нибудь лабораторию, вдруг они мне помогут =)

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Sadler

Доступно изложил?

Остался только один момент, не до конца мне понятный. Какие ещё заболевания, кроме всевозможных видов рака, можно так лечить?

i-rinat ★★★★★
()

Хочу неизлечимый смертельный вирус, поражающий только людей и обезьян. Если натолкнетесь, стукните мне, отдам все, что есть на разработку и внедрение под видом дешевой колбасы.

AlexCones ★★★
()
Ответ на: комментарий от AlexCones

Хочу неизлечимый смертельный вирус, поражающий только людей и обезьян.

Дык, ВИЧ разве не подходит?

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от AlexCones

И чтобы заразить всех людей придется их перетр?

внедрение под видом дешевой колбасы.

Сам же предложил =)

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от AlexCones

Через колбасу ВИЧ не заразишься.

4.2. Вирус поражает лейкоциты. Если в колбасе будет совсем чуточку крови...

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Sadler

...то ничего не произойдет. Вирус в мертвой клетке долго не живет.

otto ★★★
()
Последнее исправление: otto (всего исправлений: 1)
Ответ на: комментарий от AlexCones

Даже если в вену закачаешь, ничего не будет. Но, полагаю, если выпить свежей заражённой крови, то очень даже будет.

Sadler ★★★
() автор топика
Ответ на: комментарий от Sadler

Только свежей, только при поврежденной слизистой. Это из разряда мифов про массовые заражения спидом от окровавленной иголки, подложенной в кресло.

otto ★★★
()
Вы не можете добавлять комментарии в эту тему. Тема перемещена в архив.