Это - только построение изображения, или нужно для вывода результата какой-либо программы?

Эта прога просто рисует в реальном времени картину взаимного расположения, вторая параллельно считает график силы взаимодействия --- она пока не дописана до рабочего состояния. На данном рисунке --- картинка плотной упаковки молекул стеариновой кислоты в монослое.

че за пагер такой понтовый? gnomoвский?

А ghemical смотрел?

Ты параметры ннвед лучше скажи. Мне дюже интересно.

+

Dlya lyubiteley krasoty, postav'te sebe skazhem PyMol, skachivayte sebe koordinaty atomov belkov, DNK, i t.d. s PDB (www.pdb.org) i naslazhdaytes' vot takimi portretami : http://pymol.sourceforge.net/pmimag/sel4.html

на screenshote --- gnome 2.6, opera 7.54, моя прога (v 0.1). Ничего чужого я к гному не прикручивал --- это почти стандартная поставка, только все, что надо я поближе вытащил.

Спасибо всем, кто предлагал другие химические проги, но: основное предназначение того творчества, что вы видите на экране --- это проверка работы считающей части --- чтоб не разбираться в "коде матрицы" бесконечно мелькающих цифирек. Потому и пишу свое --- чтобы использовать один и тот же код дважды --- на рисующей проге проверить его работоспособность все же проще. А красивые картинки с молекулами рисовать умеет куча прог, если кто хочет просто посмотреть --- рекомендую chimera (link не помню). И кроме того, я вроде как не белками/протеинами занимаюсь, а молекулами/электронами+ светом/эл. полем.

Возможно я туплю, но что такое ннвед до меня спросонья не доходит.

Ты решаешь самосогласованно Шредингера или как? Если да, то какое приближение?

Вообще, расчет молекулы идет или ты пользуешься таблицами?

Просто интересно, насколько быстро работает одна итерация, скажем Хартри-Фока, для такой молекулы.

Это --- 7 молекул, уже предварительно подсчитанных, в этой проге они просто отрисовываются, как выглядит текущая конфигурация. Пока тихо пишу расчет силы взаимодействия одной молекулы с окружением в приближении неизменности этих самых молекул (чтоб быстро прикинуть насколько она может "отклониться" от положения равновесия). Вообще --- любая задача сильно сложнее будет тяжеловата для моих "вычислительных мощностей" --- химики дружно говорят, что любая имеющаяся программа на имеющихся [у нас] машинках тихо сдохнет от расчета такой конфигурации. В конечном итоге нужно: посчитать как изменится взаимное расположение и заряд атомов при приближении другой молекулы, как на это влияет ЭМ поле, насколько шустро в такой системе будет происходить передача энергии. Творчество на экране --- первая попытка сотворить хоть что-нибудь после отходняка от защиты диплома и сдачи кандидатских. Пока она [почти] ничего не умеет. Едиственное что радует --- что в такой задаче за счет больших размеров и некоторых других свойств молекулы можно активно использовать классические приближения (Чен-Ху Ву, Митсумаса Ивамото со товарищи, у них есть пара статей по этому поводу). Сейчас как раз пытаюсь определить, что из вышеизложенного можно свести к простым электромеханическим задачам (скорее всего третье, с некоторыми приближениями второе). А там гладишь пройдет полтора года и дело дойдет и до реализации расчетов всей этой структуры на основе уравнений Шредингера --- как раз мощности машинок подрастут до приемлемого уровня.

> Возможно я туплю, но что такое ннвед до меня спросонья не доходит.

Это было адресовано lg, к тому же с ошибкой, не ннвед, а ннвеб.

btw: см в talks