Читайте интервью со специалистом по безопасности PHP - Stefan Esser'ом, который недавно покинул команду разработчиков и известен, прежде всего, своим проектом Hardened PHP. Из интервью вы узнаете, что на данный момент накоплена база из 31 серьёзных ошибок, что PHP лучше не запускать в виде модуля апача, что, не смотря на все ухищрения, сам язык PHP крайне небезопасен.
Тем временем, вышел PHP 5.2.1, в котором исправлена большое количество ошибок (более 180), а также произведены некоторые оптимизации: http://www.php.net/releases/5_2_1.php
>>> Подробности