Такое чувство, что FBReader игнорирует системные настройки рендеринга шрифтов, например, вместо субпиксельного сглаживания использует оттенки серого. Чтобы не быть голословным, приведу ссылки: (обычное и увеличенное изображения; FBReader – справа, слева другая программа для сравнения)
Как отучить его от этого? Может, надо пересобрать программу со специальными опциями?