После некоторых манипуляций с подсистемой виртуальной памяти высокий iowait на больших объемах ввода-вывода, или сокращенно 12309, перестал у меня проявляться.
Я их описал вот здесь: http://www.linux.org.ru/wiki/en/User:shimon/12309
Если у кого-то всплывают тормоза, связанные с этим багом (тормоза системы при чтении поцарапанных компакт-дисков драйвером ide-generic к таковым не относятся, увы), можно попробовать внести аналогичные изменения и посмотреть, изменятся ли показатели в лучшую сторону.
Тестирование проводилось на системе amd64 с 3 Гб ОЗУ и 8 Гб свопа.
Отзывы будут положительно восприняты.