Обычно ассоциации назначаются по типу файла, определяемому по содержимому. Но тип «текстовый файл» в итоге объединяет уж сильно разные данные. Что-то неплохо бы открывать в gedit, что-то — в emacs, а что-то вообще гнуплотом.
Если назначать через «properties → open with» в гноме, то предлагает установить ассоциацию для всех текстовых файлов разом.
А можно как-то их поделить по расширениям?