Настройка юзабилити в UGENE

1. Это не глюк, а фича. Вроде на форуме разработчиков уже обсуждалось, хотя если попросить, может сделают.

на кой чёрт вообще так надо было делать?

при ручном аннотировании удобно

2. Имеются в виду аннотации рамок считывания или что? Как подвинуть аннотацию сам не нашел, самое простое - выделить участок и создать новую (правой кнопкой на выделении: выделить-регион последовательности и в окошке уточнить границы)

1. Далеко не всегда это нужно, а в остальное время очень сильно отвлекает. Например, когда я хочу посмотреть, как транслируется нужная мне рамка считывания, мне не нужны варианты в случае её сдвига. И мне совершенно не нужны все возможные варианты трансляции с комплементарной цепи, равно как и трансляция всего, что находится за пределами этой рамки. А притом, что разметка по кодонам отсутствует, выглядит это чудовищно. Нашёл только то, что можно вообще отключить показ комплементарной цепи.
2. Нет, я просто криво выразился (потому что в полтретьего спать надо, а не в программах ковыряться!). Я имел в виду положение компонентов окна. Например, переместить список рестрикционных сайтов в другую сторону, или переместить список аннотаций вбок, чтоб снизу места не занимал.
   Сейчас ещё раз ткнулся, видимо, так нельзя сделать.

В общем, наверное, надо на их форум идти.

Вроде на форуме разработчиков уже обсуждалось

А чем мотивировали такое решение?

Недавно случайно наткнулся на скриншот. Вот, оказывается, у этой «фичи» уши растут.