Где приложение должно хранить конфиги?

~/.config/app

Прям так взять и захардкодить?

Вроде надо читать стандарт, а не советы. В стандарте написано, что если переменная не определена, то используется дефолт: ~/.config/

А вот и ссылка на стандарт: https://specifications.freedesktop.org/basedir-spec/basedir-spec-latest.html

Так вот чем занимался Поттеринг, прежде чем уйти в велосипедостроение...

Везде советуют <…>

Не слушай советов (*), а читай стандарты.

(*) Точнее, прислушивайся, но стандарты — первичны.

если не определена — пиши в дефолтный (для твоей OS) путь, т.е. ~/.config на линуксах и бздях

(уточнение: все дело в том, что эти стандарты очень линуксо-специфичны, а софт бывает кроссплатформенным, и начинает писать в ~/.config по дефолту на той же макоси, что не очень правильно — там при отсутствии XDG_CONFIG_HOME лучше писать в ~/Library/Preferences, ну и на винде аналогично, в реестр, или куда там еще принято писать)

В Preferences разве не plist-файлы?

Plist файл это тот же xml по сути. Да и причем здесь это, собственно весь смысл в том, что нужно хранить в стандартных местах отдельно взятой ОС, а не изобретать что-то новое.

В ~/.app лучше всего.
Очень геморно вычищать хвосты за удаленным приложением, когда оно пишет сразу в кучу путей (.config, .share, .local, ...).

А из ~/.app, типа, не геморно?

~/.config/app – стандартный вариант, к тому же эстетически явно более приятный, так как настройки не лежат вперемешку с совсем другими папками. Почему бы не предпочитать именно его?

(Про ~/.local согласен, не понимаю, зачем оно существует.)

А из ~/.app, типа, не геморно?

Нет, удалить одну диру проще, чем семь (которые ещё надо найти).

Я не спрашивал про «Одна vs Семь», я спрашивал про «~/.app vs ~/.config/app»

libxdg подключи, и там уже определен будет путь

В Preferences разве не plist-файлы?

почему не plist? можно и plist.

На макоси держу в хоме .local и .config, ничего страшного

Держу в .local пакеты mom, gem и cargo + бинарники, что бы не дергать рута

у меня тоже .local есть

А я про ~/.app/config, ~/.app/cache, ... VS ~/.config/app, ~/.cache/app, ~/.local/app, ~/.share/app, ...
В первом случае удобнее чистить хвосты.

У тебя парсер сломался?

Во втором случае удобнее ~/.config закоммититть в git и восстановить после переустановки или на другой машине. Остальное - временные данные и их переносить не нужно

врядли. но если не уверен — попробуй перефразировать свой вопрос.