Доменная почта Яндекс - PTR запись.

отправка почты через MSMTP

с доменного ящика сайта

через почтовый сервер

Откуда? ЯННП.

Вопрос: В PTR-записе на VPS указывать IP самого VPS (с которого отправляется почта), или IP яндекс сервера Яндекса (через который отправляется почта)

не имеет никакого значения. Ваш VPS в данном случае выступает в роли почтового клиента и не занимается сам отправкой почты.

Т.е. PTR в твоем случае можно (и нужно) вообще не указывать.

Если на отправку STMTP от Яндекса, а на приём — ПДД.

Всем спасибо! Все понял.