Беглый осмотр не дал ответа. Глянь на всякий случай xrandr, там иногда приколы вылазят в виде виртуального окна, когда часть экрана доступна мыши, а часть нет.
Выхлоп xrandr глянь. Не влуплена ли какая-то неадекватная конфигурация. Xrandr своей жизнью живет обычно. Можно годами сидеть и не догадываться, что твой моник - это лишь правая нижняя четверть виртуального окна, да еще и со смещением в мертвую для мыши область.
Херня бывает когда на твои два монитора виртуальный рабочий стол выделяется не 3840x1080 как сейчас у тебя, а например 3840x3840, а один из моников (или оба) съезжают на 1920x1080+1920+1920. В таком случае отображаемая часть экрана не то же самое поле, где бегает курсор. Причем кто разрешил xrandr-у себя так вести - не понятно. Он своей жизнью иногда живет. Перезагружаешься (или через тот же xrandr указываешь как должно быть) - встает на место.