Под виндой есть программа HDDLife. Помимо всего прочего, она умеет как-то уменьшать шум от работы жесткого диска. Я проверял на ноутбуке - при включении опции винчестер работает практически бесшумно, хотя обычно слышны щелчки.
Кто-нибудь знает как такое сделать под Linux?