Primergy TX300 всегда горит зеленый на 2 SAS, что значит?

Вы в интерфейс конфигурирования RAID'а заходили? По идее, если диски вставлены просто так, то пока их не объявишь spare или не включишь в логический диск, то они не используются. У вас нет документации на raid-контроллер?

заходил, там один диск выставил в запас, один заменил. В настройках рейда все ок, ошибок в логах нет. Только эти две лампочки мне покоя не дают.

В raid5 у тебя должны моргать все лампочки одновременно при выполнении дисковых операций. Скорее всего ты не добавил диск в деградированный raid. А второй диск не добавил в горячий резерв массива. Все операции выполняются на контроллере. В HS можно диск либо выключить (лампочка погаснет, но когда винт из массива сдохнет, то этот сразу поднимется) либо держать всегда включенным (тогда лампочка может гореть непрерывно).

все лампочки моргают (кроме резервного диска) Только у старых дисков в простое вообще ничего не горит, а у новых всегда зеленый. Как называется комманда по английски для выключения запасного диска?

Как называется комманда по английски для выключения запасного диска?

RTFM