Все когда-то были начинающими, и переходили на Linux с других систем. В результате многие ошибки можно считать типичными, так как их делают почти все.
Я предлагаю здесь рассказать о тех ошибках, что Вы сделали в начале знакомства с Linux, и о тех, какие по-вашему являются наиболее типичными.
Я, к примеру, сдуру удалил всё пакеты, имеющие отношение к GTK+, из своей Xubuntu 10.04, так как решил, что они там остались от гнома. Пришлось заново устанавливать систему. А наиболее распространенная ошибка, по моему — многие новички вместо репозиториев ставят программы с их сайтов, как на винде.