Как оказалось, skypeforlinux работает напрямую через alsa, в отличии от старого приложения skype. Сразу так работал или нет, но теперь apulse для воспроизведения звука и работы микрофона в нём не нужен.
Жаль, что внешний вид приложения всё-таки отличается от такового в windows: нельзя слепить вместе или разделить окна со списком контактов и диалогов - из списка контактов всегда переходит к окну диалога и обратно. Размеры окошка тоже не очень-то сильно изменяются.