У некоторых больших программ есть свои более или менее развитые менеджеры пакетов (обычно плагинов). Например Emacs, Firefox, Eclipse.
Сейчас это, АФАИК, почти никак не интегрировано с пакетным менеджером дистрибутива. Изредка очень известные плагины пакетируют и всё.
Было бы любопытно сделать так, чтобы эти менеджеры пакетов как то взаимодействовали, чтобы был один интерфейс, одна точка обновления и т.д.
