Рассмотрим какой нибудь linux.
Что видим:
partimage
- сохраняет секторы в один большой архив
Clonezilla - saves and restores only used blocks in the harddisk.
Казалось бы, что сложного - примонтировать файловую систему, использовать rsync, сохранить метаданные, все это с графическим интерфейсом и готова супертулза. Сможет экономить место на диске за счет использования хардлинков для файлов с одинаковым контентом.
Windows Resque CD в лице BartPE и WinPE
с установленными Norton Ghost и RAID Reconstructor
дает огромную фору по функциональности.