Вы, наверное, знаете, что Кен Томпсон и Дэннис Ритчи создали Unix на PDP-7 в 1969-ом. Так вот, примерно в 1971 они проапгрейдились до PDP-11 с парой дисков RK05 (по 1,5 мегабайта каждый).
Когда операционная система разрослась и перестала помещаться на первом диске (на котором была расположена корневая ФС), они перенесли часть на второй, где располагались домашние директории (поэтому точка монтирования называлась /usr — от слова user). Они продублировали там все необходимые директории ОС (/bin, /sbin, /lib, /tmp ...) и складывали файлы на новый диск, потому что на старом кончилось место. Потом у них появился третий диск, они примонтировали его в директории /home и перенесли туда домашние директории пользователей, чтобы ОС могла занять всё оставшееся место на двух дисках
Разделение /bin и /usr/bin (и всех подобных директорий) — это последствие тех событий, деталь реализации из 70-х, которая до сих пор, в течение десятилетий, копировалась бюрократами. Они никогда не задавали вопрос почему, они просто делали так. Это разделение перестало иметь смысл ещё до того, как Linux был создан
