Речь идёт о unity и таких приложениях, как pidgin, gnote и проч. Т.е. то, что раньше делалось методом gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist «['all']» теперь работать не будет. Возможность запуска в трее оставили только для приложений из wine и для приложений java. Что интересно, эта возможность захардкодена в коде (пруф http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=2113769&p=12499848#post12499848). На дворе шёл 21 век, а юнити хардкодид возможность появления иконки в трее для вайна и джавы.
Разработчики говорят, мол, разрабам софта было дано три года для приведения своих поделий в соответствие со спицификациями.
К слову сказать, ни KDE, откуда была утащена спецификация, ни венда, где есть подобная же штука не запрещает сторонним приложениям размещать свои иконки в трее.
..Ubuntu на дистровотче уже на третьем месте, с выходом версии 13.04 вангую стремительное падение до 5-го в течении пары месяцев.
Линки: https://bugs.launchpad.net/ayatana-ubuntu/ bug/1119420 http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=2113769