Давно мне был интересен состав некоторых реагентов, с которыми работаю, а тут по работе порвался до ЯМР спектрометрии и понеслось.

На скрине окно Bruker TopSpin 4.4.1 (академическая лицензия, стоит на ноуте с кубунтой, да, оно есть полное на Линукс) со спектром 5х ГЦ буфера полимеразы Phusion (химерная полимераза Sso7d-Pfu с дополнительными мутациями). В принципе, энтузиасты и раньше исследовали этот вопрос (https://pipettejockey.com/2017/08/18/purifying-commonly-used-enzymes-homebrew-phusion/), но без пруфов, ввиду отсутствия доступа к ЯМР спектрометрии. Я же снял спектр на 600 МГц в смеси воды и тяжёлой воды с последующим подавлением сигнала лёгкой воды, благодаря чему смог проверить справедливость тех или иных предположений о составе.

По итогу выяснилось, что, вопреки правилу бритвы Оккама, тут справедливее всего самый сложный вариант, но с оговорками: другой тип неионогенного ПАВ, немного другой буфер, меньше добавок.

>>> Просмотр (1280x671, 92 Kb)

По ходу написания PhD, задолбался GeneMapper-ом, его прибитостью гвоздями к венде, чуть меньшую прибитость гвоздями к Ораклу (GeneMapper ID-X 1.7 уже PostgreSQL использует), жручестью, непереносимостью, сильно платностью (16 килобаксов лицензия на 1 человекоместо!). Ну и подумал, что надо посмотреть, а что есть свободного. Нашёл NCBI OSIRIS, но он только для венды и макоси. Есть fatools, есть что-то для R, но не интерактивное ни разу. А у fatools, как по мне, ещё весьма путанный и слабо комментированный код с однобуквенными или около того именами переменных и прочими подобными прелестями.

По итогу, взял я в зубы BioPython, pyqtgraph, SciPy и начал писать свою программу.

Пока что получается неплохо: добился корректной работы с файлами, где реализовано лишь ограниченное подмножество ABIF, с файлами, полученными до стандартизации ABIF (другие смещения, другие названия полей данных...), с файлами HID (получаются на криминалистических капиллярниках ABI 3500 HID, немного отличаются от стандартных ABIF, не особо описаны), определение размера фрагментов с помощью степенных сплайнов или методом наименьших квадратов (мне эту часть математики не преподавали вообще, тип нафига это химикам или биологам. А вот надо! И тем, и другим! Чтоб не заниматься мазохизмом с вычислением площади пиков распечаткой, вырезанием и взвешиванием, а положения измерением линейкой - да, мы так в универе делали в 2013-2014...).

В планах прикрутить автоматическое определение аллелей (биннинг) и импорт STR панелей из CSV файлов.

Собственно, на скрине видны данные для аллельного маркера GlobalFiler - рассчитанные размеры в окне программы и предполагаемые с допустимыми отклонениями - в LibreOffice (взято из данных панели GlobalFiler для капиллярника SeqStudio HID). Лицензия программы - AGPL v3. Дистрибутив на скрине openSuSE Tumbleweed, машина - Cisco UCS C240 M3, видеокарта встроенная Matrox с 8Мб видеопамяти, поэтому да, ШГ во все поля.

Ссылка на репозиторий: https://github.com/Dorif/fragalyseqt

И да: кастую DNA_Seq - давно не видел, может обрадую, что не помер и даже что-то ещё развиваю.)

>>> Просмотр (1024x768, 178 Kb)

Я, как и многие люди, интересующиеся компьютерами, нет-нет, да слышал про такую систему, как OpenVMS. Типа высоконадёжная, для атомных станций, круче только яйца… Интересно, в общем.

Недавно её портировали на x86_64, и мне удалось получить Community License на неё. Итак… Впечатления разочаровывающие, мягко говоря.

1. Системные требования, переплёвывающие Windows 11: 8+ Гб оперативы, 2+ ядра процессора, (U)EFI64 (Старая прошивка? Ну, не повезло, не повезло…).
2. Нормальный экран при этом система использует ТОЛЬКО для отображения загрузочного меню и потом — информации, когда вам надо переключиться на ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНЫЙ ПОРТ! Причём не абы какой последовательный порт, а строго COM1, другие не видит. Если у вас есть , оборудование, требующее эти порты - вам искренне соболезнуют (нет). Плюсы: в принципе, система может вообще без дисплея обходиться — загрузчик тоже умеет работать через COM1. Минус: к компу с OpenVMS получается ОБЯЗАТЕЛЬНО нужен другой комп или терминал, который ещё найти надо.
3. Синтаксис и система команд разрабатывались алкоголиком-маразматиком под грибами. Если онтопик критикуют за потребность регулярно использовать командную строку (хотя это давно не так), а винды — за куцость их cmd.exe и странность повершелла, эти люди OpenVMS ещё не видели. У никсов и венды команды хотя б на человеческом языке, а не на гоблинском диалекте орочьего. Плюс оконная система OpenVMS похоже то ли почила в бозе, то ли её ещё просто не портировали, хотя это ж обычная X11 + Motif.
4. Система глобально нечувствительна к регистру — в командах, ФС, даже в паролях.
5. Похоже, OpenVMS безопасна лишь ввиду малой распространённости и пункта 3 — никто не хочет ломать себе мозг. Классика безопасности через сокрытие и неуловимого Джо.
6. Странные решения по части портирования программ с предыдущих версий системы — компиляторы C, C++ ещё тестируются, зато Lua есть.
7. Если ЭТО продакшн — мне страшно представить, что было тестингом. В общем и целом: здоровья погибшим, закапываем, кажется время OpenVMS прошло. Заодно, зная, что Windows NT делалась теми же людьми, что OpenVMS, и архитектурные решения таки заимствовались и из OpenVMS, и из OS/2, и из DOS — к виндам отпало много вопросов, не повезло с архитекторами.

Больше скриншотов у меня в ТГ: https://t.me/nurglescauldron/138?single

>>> Просмотр (1280x784, 72 Kb)

…или о том, что такое относительно долгая работа.

Вводные: 95 «светлых» изображений пары «Мицар-Алькор» с соседями, снято на Никон Д3100 с объективом Юпитер-37А с телеконвертером на ИСО12800 (пожалуй, больше не буду, лучше уж экспозицию увеличивать для каждого снимка, ибо от ИСО 1600 становятся заметны тепловые шумы, а выше 3200 это просто АДъ и Израиль).

Для стекинга этих снимков использовал программу Siril, ибо свободная, есть в репах Kubuntu 20.04 и имеет хорошие инструкции по использованию. Все режимы регистрации звёзд, кроме One Star Registration находили на снимках слишком мало звёзд для выравнивания. Использование же One Star Registration заняло 12 часов, 47 минут, 36 секунд, так как он не параллелится из-за особенностей алгоритма.

>>> Просмотр (1680x1050, 743 Kb)

Тёмная - гидролизат казеина, дрожжевой экстракт, глюкоза, агар. Средняя - мясопептонный агар. Светлая - триптозный агар для бруцелл. Среды после разлива в чашки были прогреты в микроволновой печи для лучшего расплавления и пущей стерилизации (Кстати - микровоновка офигенно стерилизует прожариваемые вещи! Главное - быстро.) и поставлены на специальный столик, выравниваемый по уровню - это нужно для распределения среды по всей чашке слоем равной толщины. Капли на крышках- конденсат, ибо среды при прогреве были доведены до кипения.

На чашки потом был посеян Bacillus cereus, штамм 6А6, часть чашек оставлена незасеянными для контроля. На засеянных наблюдался бурный рост бацилл, на незасеянных рост чего-либо отсутвовал даже через неделю инкубации. Наилучший рост отмечен на чашках с триптозным агаром для бруцелл, он же оказался наиболее удоным и плотным, так как остальные легко отслаиваются от чашек.

>>> Просмотр (1600x1200, 360 Kb)

Синтез квантовых точек на основе селенида кадмия: аргон в баллоне закончился, наполнили у соседей мяч для водных игр и выпускали из него аргон, нажимая на мяч рукой. Потом, вместо аргона я начал юзать метан из газопровода, ибо да - аргона таки не хватило и из мяча, а метан можно вполне считать инертным газом(если не поджигать).

Потом закончился и растворитель - дифениловый эфир...

Колбонагреватель красный польского производства, 100 мл, 80 Ватт, мой личный из дому - имеет регуляцию температуры и умеет термостатировать. Скоро заменим на советский на 500 мл, 300 Ватт, найденный мной в заброшке - к нему только надо ЛАТР прикрутить, чтобы нагрев регулировать - по умолчанию такого не было предусмотрено. Тестер с термопарой служит для контроля температуры. Реактивы впрыскиваются шприцами, аргон вводится и выводится через боковые трубки реактора и в идёт мимо тяги прямо на улицу, ибо иначе у нас воняет тем используемым растворителем, так как тяга не шибко хорошо работает.

>>> Просмотр (1600x1200, 246 Kb)

Такой вот у меня аппаратик есть на работе. С компьютеризированной обработкой данных. Даже софт под Линукс имеется. И свободный комп без харда рядом валяется. Принесу хард, вкачу Линукс, буду юзать.

Спектрометр умеет снимать ЯМР-спектры при разных температурах, вплоть до +200 по Цельсию. Индукция магнитного поля 0,47 Тесла, частота 20 МГц. Не очень серьёзно, да. Но для такого малыша это очень даже неплохо. На фото у него открыт отсек для пробирок.

Большая часть проводов у него, кстати, нарощенные из кусков. Ибо был в истории НИИ эпизод, когда какие-то редиски обнесли институт и чтоб долго от украдываемого компа не отключать - обрезали все провода. И только после этого на окна поставили решётки. Лаборатория на 2 этаже.

>>> Просмотр (1600x1200, 438 Kb)

В 1,5 мл раствора 0,47 грамм UO2(NO3)2, даёт 4,7 мР/ч(и это большая часть излучения просто стенками поглощается, измерял ДП-5В). Лампа - гермицидная на 18 Ватт, производство Panlight.

Для сравнения, как оно без УФ выглядит: http://cs619318.vk.me/v619318735/a435/vDOQEoJ139k.jpg

>>> Просмотр (1280x960, 199 Kb)

Решил я, что не очень-то красив селен в порошке, решил переплавить - получил такую вот няшу. Металлический блеск, электропроводен, неплохая теплопроводность, но при этом ни разу не металл, а вообще аналог серы. :)

Плавил спиртовкой, заправленной сливами использованных орграстворителей с кафедры органической химии - горит классно, а лаборанты рады в любой момент спихнуть ещё этого добра.

Такое вот рабочее место. :)

Ах да: пробирка изгваздалась в процессе плавки селена. Селеном же и изгваздалась. Изнутри. Получилось что-то похожее на результат пробы Марша, которую селен, кстати, даёт так же успешно, как мышьяк или сурьма.

>>> Просмотр (1600x1200, 176 Kb)

Итак, рад вам представить: поликристаллический кремний-сырец. До очистки методом Чохральского или зонной плавкой. Масса, - около 2,1 кг. Достался от неоргаников с факультета.

Чуток очистить - и можно хоть в электронику, хоть в ИК-оптику. А пока - только как подложку в некоторых техпроцессах(кремний в чистом виде - изолятор).

>>> Просмотр (1600x1200, 216 Kb)

ЕС 7927-01, - монитор для ЭВМ ЕС 1036. 4 этаж, 4 корпус USM(Universitatea de Stat din Moldova). Пошли на списывание, насколько понял. Но весчь красивая. Когда моя маман ещё работала в ВЦ, - ЕС считались вершиной творения.)

>>> Просмотр (1600x1200, 337 Kb)

Xfce 4.10, - вечернее дописывание утилиты kill. Да, - сменил KDE 4.10 на минимализм.

Тема GTK: Greybird.

Иконки: Oxygen (обломок KDE 4).

Как ни странно, но именно в русской Вики попалось наиболее толковое описание сигналов POSIX. Редкий случай, но радует, что такие случаи есть.)

>>> Просмотр (1366x768, 166 Kb)

Что порадовало в новом Avogadro- — можно сразу рисовать нужные атомы, не извращаясь с заменой через Просмотр-Настройки-Свойства атомов (Ansicht - Einstellungen - Atom-Eigenscheften). Даже менюшку удобную для выбора атомов любого элемента таблицы Менделеева сделали. Другие возможности тоже впечатляют, но эта была особо долгожданной.

Одно немного напрягает: по умолчанию в оптимизации посредством силового поля оставили оптимизацию через MMFF94, но сделали предупреждение всплывающие, типа «рекомендуем использовать UFF для оптимизации структур молекул». Сменили б тогда на UFF по умолчанию, чего уж. Немного напрягает это предупреждение при использовании не UFF для оптимизации.

На скрине изображена молекула триэтилбора.

>>> Просмотр (1366x768, 139 Kb)

Правильно, наш — C2H5OH! На скрине — Kalzium с решалкой уравнений и редактором молекул, в котором открыта молекула C2H5OH в виде шаро- стержневой модели. На ещё 2 скринах- мои попытки освоения такого мощного инструмента современного химика, как свободная программа для рисования молекулярных структур и вычисления параметров нарисованных молекул Avogadro. Я там нарисовал молекулу 2,2,4,4 тетраметил- 3,3 дитретбутил- пентана. На первом скрине с Avogadro-просто шаро- стержневое представление структуры этой молекулы, на втором на шаро- стержневую структуру наложено изображение поверхности Ван — дер — Ваальса, раскрашенной по электростатическому потенциалу.

Первый скрин с Avogadro.

Второй скрин с Avogadro.

>>> Просмотр (1440x900, 234 Kb)

Тема- Nimbus Dark, обоину откопал где- то в Интернете, на ней — испытание французской водородной бомбы во Французской Полинезии (проект «Licorne»). Включено полное сглаживание шрифтов. В читалке PDF открыт рассекреченный в 1985 году документ Лос-Аламосской Национальной Лаборатории, описывающий дизайн и пути расчёта американской атомной бомбы. Skype из цихрута, необходим для общения с нашими астрономами-любителями, в Geany парочка рабочих проектов. Ругайте.

>>> Просмотр (1440x900, 755 Kb)

Собственно сабж. Тема оконного менеджера- Zenwm, тема GTK Egress, обоина alien biotope.

>>> Просмотр (800x600, 439 Kb)

Осуществил давнишнюю свою мечту- иметь макось на рабочем месте.))) Макоси не новые, но тем не менее... Эмулятор PowerPC- SheepShaver(для корректной работы выполните перед запуском su -c 'setenforce 0'), Motorola 68k эмулируется эмулятором minivmac. Ничего не тормозит(Хотя по опыту юзания PearPC тормоза ожидались, и нехилые.). Сбылась мечта идиота, короче говоря...))))

>>> Просмотр (1440x900, 203 Kb)

Fedora 12 x86_64 тема GNOME- Nimbus(превед OpenSolaris, эх Sun, на кого ты нас покинул- то...), больше ничего не менял. На скрине видно окно Gedit с кодом программулины, поверх этого окна- gnome-terminal с результатом работы программы. Как видите, это псевдографическое изображение Beastie.)))

>>> Просмотр (1440x900, 100 Kb)