«Рандомизация и бутстрап: статистический анализ в биологии и экологии с использованием R» — альманах статистических методов, иллюстрированный примерами биологического характера.

Книга охватывает оценку статистических параметров, проверку гипотез, дисперсионный анализ, специальные формы регрессии и оценки информативного набора предикторов моделей, многомерные методы классификации, редукции данных и распознавания образов, процедуры, использующие байесовскую парадигму, анализ временной или пространственной динамики, различные подходы к оценке биоразнообразия и т.д.

Электронная версия книги «как она есть» пока распространяется без всяких ограничений (до возможного появления договорных обязательств).

Скрипты на R по всем обсуждаемым примерам приведены в конце каждого раздела. Исходные данные для анализа и коды R доступны в электронном виде.

>>> Подробности

Уважаемые гуру, подскажите, можно ли в латехе (использую стиль scrreprt) сделать такое оформление заголовка:

                                Таблица 1
           Название таблицы
_________________________________________
|      |       |        |        |      |

Что-то по этому вопросу нагуглить ничего не получилось :(

Здравствуйте, многоуважаемый ЛОР)!

У меня вопрос к тем, кто имел дело с латехом. Нужно повернуть текст подписи к рисунку на 90^0. Как это сделать. Гугл ничего адекватного не выдаёт.

Заранее спасибо.

Как выясняется, Трофим Денисович просто опередил свое время: http://lenta.ru/articles/2013/05/10/circrna/

<Ъ>Открыт механизм наследования приобретенных признаков </Ъ>

Доброго времени суток.

Есть лиспокод для внутреннего коммерческого использования. Запускается под CLISP. Хотелось бы насобачить к нему красивую GUI.

Мучений с прикручиванием дополнительных либ к лиспу не хочу. Так как из всех языков я помню только Common LISP и Tcl, то и обвязочку хотелось бы быстренько сделать на Tk. Посему вопрос: есть ли реализации CL на Tcl, чтобы можно было скармливать тиклю лиспокод?

Вышла новая версия проекта SciDB - 12.12.

SciDB - проект Майка Стоунбрейкера, отца многих СУБД.

SciDB - версионируемая СУБД для аналитики, работающая с большими многомерными распределёнными массивами.

Доступны два вида синтаксиса:

• Array Query Language (AQL) — язык очень похожий на SQL, но работающий не с таблицами (таблица = одномерный массив), а с многомерными массивами;
• Array Functional Language (AFL) — «чистый» в функциональном смысле полностью эквивалентный AQL язык.

Партицирование данных и запросов, линейная алгебра, математическая статистика и машинное обучение из коробки.

В новой версии большое количество исправлений, оптимизаций производительности.

Появилась интеграция с MPICH и ScaLAPACK.

Доступны репозитории для CentOS 6.x, RedHat 6.x, Ubuntu 12.04.

Доступные интерфейсы:

• Python
• R
• iquery (аналог консольного клиента)

В ближайшем будущем планируются:

• RESTful API
• JDBC-connector
• ODBC-connector

SciDB используется:

• банками
• страховыми компаниями
• генетиками
• астрономами
• платёжными системами

Из публично доступных примеров: 1000 Genomes Browser

>>> Скачать

Весной прошлого года я выложил текст книги «Компьютерная типография LaTeX» в свободный доступ под свободной же лицензией.

Теперь выложил и исходники книги на Google Code.

( К вопросу о сборке )

>>> Подробности

Состоялся релиз патчсета pf-kernel для ядра Linux версии 3.7.

pf-kernel — это набор патчей на ядро, которые направлены на улучшение отзывчивости пользовательского окружения (достигается применением патчсета -ck с планировщиком процессов BFS от Кона Коливаса и планировщиком ввода-вывода BFQ от команды итальянских разработчиков), экономию памяти (применяется патч UKSM от китайского разработчика Nai Xia), а также расширение возможностей подсистемы гибернации (с помощью TuxOnIce от австралийца Найджела Каннингема).

В этом выпуске включены:

( читать дальше... )

Ссылка на патч

Сайт патчсета

>>> Анонс

Для загрузки на попробовать стала доступна версия коммерческой реализации языка программирования Common Lisp — Allegro CL 9.0 Express Edition.

Доступны пакеты для:

• Linux (glibc 2.11 или позже);
• Mac OS X (10.6 или позже), включает поддержку Lion;
• FreeBSD (8.2 или позже);
• Windows (XP, Vista, 7, 8, Server).

Основные новшества и изменения в этой версии:

• полная поддержка SMP;
• 820 исправлений и улучшений с последнего релиза;
• полностью обновлен AllegroServe — вебсервер Franz Inc., написанный на лиспе: автоматическая компрессия/декомпрессия файлов, поддержка chunking, новый выбор опций безопасности, включая TLS v1.0 (также известный как SSL v3.1) протокол для защищенных соединений;
• улучшена интеграция с Java через модуль jLinker, улучшен протокол, стал проще API;
• новая и значительно упрощенная инсталляция для графических утилит на Mac 64-бит.

>>> Загрузка

Несколько дней назад была выпущена новая версия языка программирования R — инструмента для проведения статистических расчетов и обработки данных.

Основные изменения в версии 2.15.2:

• в базовом пакете появился новый метод — Multistratum MANOVA;
• в функциях spline() и splinefun() теперь доступен новый метод для монотонной интерполяции кубическими сплайнами;
• улучшения производительности:
  • функция array() для увеличения скорости переписана на языке Си;
  • функции findInterval(), tabulate(), cut(), hist() и image.default() стали более эффективными за счет использования интерфейса .Call();
  • rep() теперь работает быстрее и потребляет меньше памяти;
  • duplicated(), unique() и аналогичные функции на 64-битных платформах поддерживают векторы длиной более 2^29;
• на 64-битных платформах увеличен лимит доступной памяти с 16 до 32 ГБ;
• библиотеки LAPACK и PCRE обновлены до версий 3.4.1 и 8.31 соответственно;
• исправлены некоторые ошибки.

Также стало известно о выходе предварительной версии RStudio — интегрированной среды разработки для языка R.

Изменения в этой версии:

• в инструментарий документации добавлены средства для предварительного просмотра, проверки правописания и интеграции с Roxygen;
• добавлена интеграция с devtools;
• добавлена подсветка синтаксиса для языков Си и Си++;
• добавлен режим эмуляции Vim.

Приспичило мне как-то создать мультисит, делается он не очень очевидным путем, потому выкладываю рецепт на случай, если кому понадобится.

1) Запуск двух иксов и настройка KDM.

У меня две видеокарты NVIDIA, не знаю, прокатит такой способ с ATI.
Сперва нам нужно найти адрес устройств, делается это так:

$ lspci | grep VGA
01:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation GF100 [GeForce GTX 480] (rev a3)
04:00.0 VGA compatible controller: NVIDIA Corporation G73 [GeForce 7600 GT] (rev a1)

Соответственно нас интересует первая колонка.

Затем нам нужно запустить два экземпляра Xorg
Делается это так:

Xorg -config /etc/X11 -br -nolisten tcp -isolateDevice PCI:1:0:0 vt6 #Первый
Xorg -config ~ -br -nolisten tcp -sharevts -novtswitch -isolateDevice PCI:4:0:0 vt5 #Второй, в качестве пути к конфиге я намеренно указал неверный путь, для того, что бы конфига сгенерилась на лету.

Соответственно пример конфиги KDM:

cat /etc/kde4/kdm/kdmrc
http://pastebin.com/2CHkVa7h

2) Назначение устройств ввода:
Был в сети пример через конфиги иксов, но мне не понравилось то, что в таком случае нужно эти конфиги таки писать. Потому я сделал через xinput

Вывод списка устройств:

xinput list
⎡ Virtual core pointer id=2 [master pointer (3)]
⎜ ↳ Virtual core XTEST pointer id=4 [slave pointer (2)]
⎜ ↳ Logitech USB Gaming Mouse id=9 [slave pointer (2)]
⎣ Virtual core keyboard id=3 [master keyboard (2)]
↳ Virtual core XTEST keyboard id=5 [slave keyboard (3)]
↳ Power Button id=6 [slave keyboard (3)]
↳ Power Button id=7 [slave keyboard (3)]
↳ Dell Dell USB Keyboard id=8 [slave keyboard (3)]
∼ Logitech USB Optical Mouse id=10 [floating slave]
∼ AT Translated Set 2 keyboard id=11 [floating slave]

По умолчанию - все устройства ввода подцеплены ко всем иксам, нам нужно это исправить. От каждого дисплея мы отключаем лишние устройства.

DISPLAY=:0 xinput --float 10
DISPLAY=:0 xinput --float 11
DISPLAY=:1 xinput --float 8
DISPLAY=:1 xinput --float 9

Соответственно, добавляем эти строки в /etc/kde4/kdm/Xsetup, и в /etc/kde4/kdm/Xreset. (Я на всякий случай добавил и в /etc/kde4/kdm/Xsession)

На этом этапе, у вас два икса, каждый со своим набором клава/мыш.

3) Разделение аудио.
Вариант для ленивых, с пульсаудио я не расматриваю, так как не пользуюсь им.
Как это делается в ALSA. Двух звуковух у меня нет, поэтому я делю звук по каналам. Передний канал на первого пользователя, задний на второго.
Основная идея в использовании ttable.
pcm.alc883 {
type dmix
ipc_key 2048 #Нужно для того, что бы все пользователи использовали общий dmix
ipc_perm 0777
slave {
pcm «hw:CARD=Intel,DEV=0» #Править под себя
rate 44100
period_time 0
period_size 1024
buffer_size 16384
channels 8
}
bindings { #Почему-то без этого у меня не заработало.
0 0
1 1
2 2
3 3
4 4
5 5
6 6
7 7
}
}
# green - «Front» in Alsa mixer
pcm.a {
type plug
slave {
pcm «alc883»
channels 8
}
ttable.0.0 1 #Тут рулим каналами
ttable.1.1 1
}
# gray - «Surround» in Alsa mixer
pcm.b {
type plug
slave {
pcm «alc883»
channels 8
}
ttable.0.2 1
ttable.1.3 1
}

Пример моей рабочей конфиги: http://pastebin.com/aZwNE4RS

Разумеется у пользователя в хомяке должен лежать файл ~/.asoundrc, с чем-то вроде этого:
pcm.!default {
type plug
slave {
pcm «d»
channels 8
}
}

Собственно на этом все. У меня все работает. (Конфига называется asound.conf.old потому как я временно отключил разделение звука, разумеется реально она должна лежать в /etc/asound/conf)

Перемещено JB из talks

Не так давно состоялся очередной выпуск популярной среды для расчетов Scilab 5.4.0. В этой версии исправлено огромное количество ошибок, копившееся с предыдущих версий 5.*, значительно улучшен графический интерфейс, окно просмотра переменных, истории команд. Вывод графики стал быстрее, добавлены векторные форматы экспорта полученных графиков. Улучшена параллелизация кода, значительно переработаны основные пакеты. Официальный релиз содержит 27 страниц, думаю, каждый найдет что-то интересное.

Пробуем, тестируем, используем как отличную замену коммерческим пакетам.

>>> Подробности

Существует ли система контроля кода, в котором каждая правка подписываются при помощи ЭЦП (конкретного человека)?

Есть ноутбук и компьютер, подключены к сети.
Возможно ли сделать так, как будто к ноутбуку или компьютеру подключены 2 монитора?
На компьютеры есть доступ по ССШ.
Вариант зайти на компьютер по ССШ и запустить приложение не предлагать, так как удобнее работать одной мышкой/клавиатурой
На одном ubuntu 10.04 LTS x86, на ноутбуке gentoo amd64).
(На убунте нет рутовых прав.)

за недостатком практики знание баша постепенно стало улетучиваться. вопрос следующий: пусть есть некоторая программа\скрипт, постоянно выводящая в stdout разные строки; прямо в процессе вывода эти строки нужно последовательно обрабатывать sed'ом, и при соответствии содержания строки определенному регэкспу выполнять определенную последовательность команд. как это сделать?

Подскажите кто-нибудь ЯП с развитой метасистемой, только нормальный, а не лисп.

Шалом, православные! Есть тонкий момент в LibLinear. При создании обучающей задачи можно использовать пополненное пространство, установив параметр bias, при котором то ли LibLinear будет считать, что я дописал в каждый фич-вектор по одной дополнительной фиче с одним и тем же весом, то ли мне надо самому дописать в каждый фич-вектор по одной такой фиче, чтобы всё работало корректно.

В манах говорят примерно так, но смутные сомнения мучают всё равно.

 
    struct problem describes the problem:

        struct problem
        {
            int l, n;
            int *y;
            struct feature_node **x;
            double bias;
        };

    where `l' is the number of training data. [b]If bias >= 0, we assume
    that one additional feature is added to the end of each data
    instance.[/b] `n' is the number of feature (including the bias feature
    if bias >= 0). `y' is an array containing the target values. And
    `x' is an array of pointers,
    each of which points to a sparse representation (array of feature_node) of one
    training vector.

    For example, if we have the following training data:

    LABEL       ATTR1   ATTR2   ATTR3   ATTR4   ATTR5
    -----       -----   -----   -----   -----   -----
    1           0       0.1     0.2     0       0
    2           0       0.1     0.3    -1.2     0
    1           0.4     0       0       0       0
    2           0       0.1     0       1.4     0.5
    3          -0.1    -0.2     0.1     1.1     0.1

    and bias = 1, then the components of problem are:

    l = 5
    n = 6

    y -> 1 2 1 2 3

    x -> [ ] -> (2,0.1) (3,0.2) (6,1) (-1,?)
         [ ] -> (2,0.1) (3,0.3) (4,-1.2) (6,1) (-1,?)
         [ ] -> (1,0.4) (6,1) (-1,?)
         [ ] -> (2,0.1) (4,1.4) (5,0.5) (6,1) (-1,?)
         [ ] -> (1,-0.1) (2,-0.2) (3,0.1) (4,1.1) (5,0.1) (6,1) (-1,?)[/i]

Таки как же всё-таки делать правильно?

Всем привет!

Разбираюсь в subversion. Концептуально все понятно. Но некоторые детали еще в голове не утряслись; особенно беда с каталогами и с merge. Пожалуйста, проверьте последовательность действий внизу: все ли верно?

Ситуация: изначальный проект загружают на сервер subversion (192.168.0.1), а потом Вася и Петя дорабатывают две фичи. Вот как я это понял:

1. Допустим есть проект prj. Для него создаем дерево и помещаем в нужное место файлы:

$ mkdir -p ~/work/prj/trunk
$ mkdir -p ~/work/prj/branches
$ cp -r ~/original_project_location/* ~/work/prj/trunk

Заносим проект в репозиторий:

$ cd ~/work/prj/
$ svn import http://192.168.0.1/repos/prj

-1-

У нас создалась версия 1.

Теперь Вася и Петя хотят добавить по фиче.

2. Они создают ветки:

vasya$ svn copy http://192.168.0.1/repos/prj/trunk http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_v -m "Feature of Vasya"
Committed revision 2

petya$ svn copy http://192.168.0.1/repos/prj/trunk http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_p -m "Feature of Petya"
Committed revision 3

   r-2-
-1-|--
   L-3-

vasya$ svn checkout http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_v ./
petya$ svn checkout http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_p ./

3. Дорабатывают их и коммитят:

vasya$ svn commit
Committed revision 4

petya$ svn commit
Committed revision 5

   r-2-4-
-1-|-----
   L-3-5-

4. Теперь админ (третье лицо, не-Вася и не-Петя) хочет слить все воедино.

$ mkdir ~/tmp
$ cd ~/tmp
$ svn checkout http://192.168.0.1/repos/prj/trunk #### Update
$ svn merge http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_v
$ svn commit
Committed revision 6

$ svn delete http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_v -m "Feature development is completed"
   
-1-|-----6-
   L-3-5---

$ svn merge http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_p
$ svn commit
Committed revision 7

$ svn delete http://192.168.0.1/repos/prj/branches/feature_p -m "Feature development is completed"

   
-1-|-----6-7-

Все правильно?

UPD: checkout перед merge

motiom не работает с двумя usb камерами. С каждой по отдельности работает (при включении почередно thread1.conf thread2.conf

А вместе выдает

[2] Error starting stream VIDIOC_STREAMON: No space left on device

[2] ioctl(VIDIOCGMBUF) - Error device does not support memory map

[2] V4L capturing using read is deprecated! ...

[2] Error selecting input 0 VIDIOC_S_INPUT: Device or resource busy

[2] ioctl(VIDIOCGMBUF) - Error device does not support memory map

[2] V4L capturing using read is deprecated!

[2] Motion only supports mmap.

и пишет только первую камеру

гуглил, нагуглил кучу мусора

С небольшой задержкой вышла новая версия патчсета pf-kernel для ядра Linux версии 3.5.

Для тех, кто не в курсе: pf-kernel — это набор полезных патчей для ядра, направленных на улучшение отзывчивости рабочего окружения, также добавляющий некоторые полезные вещи, например, стороннюю подсистему гибернации.

В этом релизе:

( читать дальше... )

Скачать патч на чистое ядро 3.5

Официальный сайт

>>> Анонс