УМВР. Наверно следует добавить тег gnome(?).

debian - не убунта

Заблокированный трей в убунте - это проблема Unity.

В дэбе юнити нет и в гноме и в кедах трей работает как обычно.

Какое ДЕ используется?

Убунту я привел для примера, что Unity не Gnome я знаю. DE - Gnome 3.14.1. После установки указанных в шапке программ иконки в трее не появляются. Я предположил, что по аналогии с убунтой трей заблокирован. Как его разблокировать? Возможно я не прав. Возможно дело в другом.

Не очень понял, куда добавить. Можно по-подробнее?

В гноме трей появляется снизу если мышку туда подвести. В верху - не трей.

Тег в тему. Тут проблема не дебиана, а гнома, скорее всего.

У меня, к сожалению, нигде не появляется.
При запуске через список приложений ничего не происходит.
При запуске через терминал от пользователя:

neuro@localhost:~$ megasync Gtk-Message: Failed to load module «canberra-gtk-module» [13:27:37][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:38][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:39][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:40][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:41][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:42][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:43][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:44][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:45][warn] QT Warning: QFile::open: File (/home/neuro/.local/share/data/Mega Limited/MEGAsync/megasync.lock) already open [13:27:46][warn] MEGAsync is already started

При запуске от рута:

root@localhost:/home/neuro# megasync

(process:2668): GConf-WARNING **: Client failed to connect to the D-BUS daemon: Did not receive a reply. Possible causes include: the remote application did not send a reply, the message bus security policy blocked the reply, the reply timeout expired, or the network connection was broken. Gtk-Message: Failed to load module «canberra-gtk-module»

(megasync:2668): GConf-WARNING **: Client failed to connect to the D-BUS daemon: Did not receive a reply. Possible causes include: the remote application did not send a reply, the message bus security policy blocked the reply, the reply timeout expired, or the network connection was broken. Qt: Session management error: None of the authentication protocols specified are supported

Извините, спойлер, чтобы скрыть вывод не получился.

Тема закрыта.

Трей действительно повляется снизу, но лично у меня только если навести курсор строго по центру экрана вниз на отрезок не более пяти миллиметров в ширину. На остальных частях низа экрана не появляется. Обнаружил случайно. Прошу прощения за отнятое время.

Просто поставь это дополнение на гном и они появятся сверху
https://extensions.gnome.org/extension/495/topicons/

Спасибо за наводку. В Gnome 3.14 не работает, но понятно куда копать.

Для быстрого доступа к трею в Gnome 3 воспользуйтесь Meta + M. Meta в данном случае - клавиша Win.