Делюсь историей успеха, для закрепления в выдаче гугла.
Проблема: В KDE у gtk-flatpak приложений используется дефолтная белая тема Adwaita
Решение:
flatpak --user override --filesystem=xdg-config/gtk-3.0:ro
Это даст всем flatpak-приложениям текущего пользователя рид-онли доступ к настройкам gtk3.
Для отдельного приложения:
flatpak override --filesystem=xdg-config/gtk-3.0:ro {appname}
Еще совет из сети - дать доступ к ~/.themes:
flatpak --user override --filesystem=~/.themes:ro
Это позволит не плодить копии тем в flatpak
P.S. Сейчас гуглится как правило совет с ~/.themes и иногда можно найти рекомендации копировать папку gtk-3.0 во все flatpak приложения