Установка wine ломает шрифты

В настройках?

Настройках чего?
Везде, где можно, стоит мой любимый Liberation Sans. В том числе и в хроме - но хром все равно отображает многие сайты (facebook, например) с кривыми M$-шрифтами. Шрифты в уведомлениях gnome 3 настраиваются в gnome-tweak-tool, но tahoma (или что там) все равно «перекрывает» их.

Зафорсь любимые шрифты в ~/.fonts.conf. Там можно, например, сказать что Droid Sans это новая Tahoma даже если весь мир считает иначе.

http://www.infinality.net/files/local.conf пример подобного. Искать куски с <edit mode=«assign» name=«family»>. Оно оверрайдит невзирая ни на что.

Prefer в family тоже вариант, но более слабый. Если приложение захочет тахому, а не санс, то оно получит её.

В том числе и в хроме - но хром все равно отображает многие сайты (facebook, например) с кривыми M$-шрифтами.

Там (в браузере) форсируется шрифт? Просто если нет, то это легко объяснимо.

Установщик переписывает в etc fonts.conf Туда зырь
Их руки бы за такое засовывал в их же задницу

В настройках Fx'а есть опция, включающая использование страницами собственных шрифтов. Отключи её.

Если я правильно понял, fonts.conf должен иметь примерно такое содержание:

<?xml version="1.0"?>
<!DOCTYPE fontconfig SYSTEM "fonts.dtd">
<fontconfig>
<match target="pattern" name="family" >
    <test name="family" qual="any" >
        <string>Tahoma</string>
    </test>
    <edit name="family" mode="assign">
        <string>Liberation Sans</string>
    </edit>
</match>
</fontconfig>