Что с российской вакциной от ковида?

При условии, что побочка не полезет.

Опубликованные результаты 2 фазы испытаний , а также тот факт, что для разработки использовался тот же фреймворк, что и для многих других, уже зарегистрированных вакцин, на мой взгляд, говорят о крайне низкой вероятности подобного.

Гораздо больше вопросов возникает не к побочным эффектам, а к эффективности вакцины. Да, у вакцинированных находят антитела и специфические T-клетки против коронавируса. Остается открытым вопрос, насколько этого достаточно для предотвращения инфицирования Covid-19.

Вот от ответа на этот главный вопрос и зависит в том числе и будущий спрос на российскую вакцину (как, впрочем, и на любую другую). И есть надежда уже к Новому году получить на этот вопрос более-менее однозначный ответ.

говорят о крайне низкой вероятности подобного.

Основной аргумент нонешних антипрививочников - побочка. А у вакцины, которую разрабатывали без соблюдения всех стадий проверки, она с огромной вероятностью будет присутствовать и не факт, что процент побочки будет совсем небольшим. Ковидота не оспа и даже не холера ясна, чтобы завернуть ласты или стать инвалидом от вакцины.

И особенно под большим вопросом качество вакцины, изготавляемой в промышленных масштабах. Одно дело лабораторные образцы, а другое дело продукт, который «тетя Марфа будет бодяжить, размешивая шваброй в чане».

А у вакцины, которую разрабатывали без соблюдения всех стадий проверки

Кто Вам такое сказал? Вакцина разрабатывается в соответствии с общепринятыми стандартами. И прошла две фазы испытаний (для справки, проверка на безопасность (безотносительно эффективности) - это первая стадия). И она полностью успешно пройдена.

Другой вопрос, что обычная процедура перед регистрацией включает в себя еще и 3-ю стадию испытаний, основная роль которых - именно оценка эффективности препарата. Вот ее провести не успели, проводят сейчас, результаты ожидаются к Новому году.

Так что вопросов к побочным эффектам у специалистов мало (не исключены долговременные побочные эффекты (проявляющиеся через годы после вакцинации), но их невозможно выявить и при полностью проведенной программе испытаний). Основные вопросы связаны именно с эффективностью.

И особенно под большим вопросом качество вакцины, изготовляемой в промышленных масштабах. Одно дело лабораторные образцы, а другое дело продукт, который «тетя Марфа будет бодяжить, размешивая шваброй в чане».

А вот с этим полностью согласен :(. Впрочем, когда принимают решение о покупке вакцины, покупают обычно не сами препараты, а технологию изготовления. Так что иностранные потребители будут в известной степени защищены от «тети Марфы».

она с огромной вероятностью будет присутствовать и не факт, что процент побочки будет совсем небольшим

Побочные эффекты есть у всего. Если же вы имеете в виду какой-то очень серьезный нежелательный эффект, который делает применение вакцины недопустимым, то вероятность его наличия у вакцины не зависит от тестирования на 3 стадии исследований. Вакцина - это же не программа, чтобы поправить там пару строк кода и вернуть ее в производство. Если нашелся какой-то существенный дефект в действии вакцины, то все - значит все. Никакой вакцины. Никаких точечных правок на коленке, вместо этого начинается разработка новой вакцины с самого начала, возможно на базе предыдущей с новыми исследованиями и новыми рисками.

Так что вопросов к побочным эффектам у специалистов мало

Как бэ:

http://grls.rosminzdrav.ru/InstrImg/0000000000/DOC041.pdf

Что за «нежелательные явления» такие? Аж в количестве 144 на сколько там - ~40 человек? Да ещё и «незавершившиеся за 42 дня 31 НЯ».

Там вообще ещё очень много интересного

Не, ну можно, конечно докопаться до источника и отсутствия подписи Гинцбурга, но я вообще-то не представляю более достоверного источника чем опубликованный минздравом даташит изобретателя вакцины.

Кто Вам такое сказал? Вакцина разрабатывается в соответствии с общепринятыми стандартами.

Сильно сомневаюсь, что за 3 месяца такое возможно. Ну разве что сам вирус и вакцину от него делает один и тот же производитель последние год-два. И более того, оценить реальную эффективность вакцины можно только после многомесячного скринига большой группы вакцинированных, а не вот это вот все.

Так что иностранные потребители будут в известной степени защищены от «тети Марфы».

Продукция «тети Марфы» пойдет не на Запад, а в страны третьего мира. Ко времени прохождения третьего этапа Спутника-V (какими-бы не были его результаты), закончится третий этап у западных вакцин. Так что на Нефть 2.0 это направление не тянет, поскольку и триэсер и тем более РФ отстают в этой отрасли еще больше чем процессорах.

Что за «нежелательные явления» такие?

Вроде все они перечислены по Вашей ссылке. В чем вопрос-то?

Аж в количестве 144 на сколько там - ~40 человек? Да ещё и «незавершившиеся за 42 дня 31 НЯ».

И что? Это совершенно нормальная практика для проверки безопасности препарата. А Вы предлагаете сразу несколько тысяч человек вакцинировать и смотреть, сколько из них погибнет?

Вот теперь, когда убедились, что у большинства побочные явления сводятся к насморку и тошноте, проверят на тысячах добровольцев. И я очень сомневаюсь, что побочные явления окажутся причиной отказа от вакцины.

И я очень сомневаюсь, что побочные явления окажутся причиной отказа от вакцины.

После озвученных претензий, не откажутся даже если хлестать будет из всех отверстий. Просто «в тихую» будут дорабатывать.

Сильно сомневаюсь, что за 3 месяца такое возможно.

А что тут невозможного? Вот представьте, Вы Web-разработчик, пишете клиентам сайты, скажем, на Drupal. Для Вас, как человека, который уже несколько лет работает в данной сфере и накопил множество заготовок, шаблонов и т. п., создать новы типовой сайт - дело нескольких часов. А теперь посмотрите на это глазами восхищенного Вашей оперативностью клиента - когда буквально из ничего вдруг появляется навороченный интернет-магазин :).

Так и здесь - я же не случайно написал, что вакцина была разработана на основе известного фреймворка. Здесь эту роль сыграла система аденовирусных векторов, которая давно и успешно используется для подобных целей. Фактически, вся заслуга разработчика в том, что он методами генетической инженерии добавил в данную систему участок ДНК, кодирующий определенные фрагменты белка SARS-Cov2. Сама работа может быть за пару дней выполнена. Все остальное время - тестирования (на культуре клеток, на животных, потом на людях).

Так что не вижу никаких проблем со сроками.

более того, оценить реальную эффективность вакцины можно только после многомесячного скринига большой группы вакцинированных, а не вот это вот все.

Вот именно об этом я выше и написал :). На сегодняшний день основные вопросы именно к эффективности вакцины, а не к возможным побочным эффектам. Есть лабораторные данные (см. публикацию в Lancet, ссылку на которую приводили выше) о том, что иммунитет действительно появляется. Но нет пока данных о том, достаточно ли этого иммунитета для защиты от вируса.

Надеюсь следующие 4 месяца позволят получить однозначный ответ на этот вопрос.

Ко времени прохождения третьего этапа Спутника-V (какими-бы не были его результаты), закончится третий этап у западных вакцин.

Тут есть нюансы - благодаря регистрации число испытуемых на третьей стадии в случае «Спутника» будет существенно (возможно, на порядки) выше, чем для западных вакцин. А значит, и доверие (естественно, в случае положительного результата испытаний) к ней будет выше ;). Думаете, почему фарм. компании по всему миру подняли такой вой в связи с регистрацией «Спутника»? ;)

Так что на Нефть 2.0 это направление не тянет

Пока сказать сложно (см. выше по поводу вопросов к эффективности), но шансы определенно есть.

поскольку и триэсер и тем более РФ отстают в этой отрасли еще больше чем процессорах.

Как человек, работающий в сходной области, могу сказать Вам, что Вы сильно заблуждаетесь ;). Да, общий объем исследований, конечно, несопоставим. Вместе с тем, в России есть и научные коллективы и даже частные фарм. компании, не уступающие, а то и превосходящие по уровню западные исследовательские группы. Как пример, могу привести компанию Биокад, которые разрабатывают и продают (!) собственные высокотехнологичные лекарства в том числе и на рынке США. Кстати, данная компания занимается и своей версией вакцины против Covid-19, посмотрим, что у них получится.

Вроде все они перечислены по Вашей ссылке. В чем вопрос-то?

Вопрос в том «нежелательные явления» и «побочные эффекты» - это одно и то же, или я что-то неправильно понял? И почему тогда используется термин «нежелательные явления», тогда как вроде бы общепринятый термин - «побочные эффекты».

А Вы предлагаете сразу несколько тысяч человек вакцинировать и смотреть, сколько из них погибнет?

Ну смерть, конечно, тоже может быть побочным эффектом, но в данном случае речь о побочных эффектах вообще.

Кроме того, я так понимаю, несколько тысяч в любом случае будут провакцинированы, что мешает дождаться результатов и только потом делать какие-то заявления о безопасности и пр.?

Вот теперь, когда убедились, что у большинства побочные явления сводятся к насморку и тошноте, проверят на тысячах добровольцев. И я очень сомневаюсь, что побочные явления окажутся причиной отказа от вакцины.

В чём логика? Если, скажем, в 90%-99% случаев заражение SARS-Cov-2 протекает бессимптомно, а вероятность помереть от него для среднего здорового человека примерно равна вероятности погибнуть от попадания молнии, при этом веротность температуры, тошноты и насморка от вакцины весьма велика, то какой смысл в такой вакцине для пресловутого среднего здорового человека вообще?

Логично было бы предположить, что такая вакцина имеет смысл для стариков за 70, лучше уж температура, насморк и тошнота, чем пневмония но ведь вакцину не проверяли на стариках вообще, и неизвестно сколько из них вообще переживёт вакцинацию и не приведёт ли аденовирус из вакцины к тому же самому COVID-19?

После озвученных претензий, не откажутся даже если хлестать будет из всех отверстий. Просто «в тихую» будут дорабатывать.

Это так не работает, см. выше комментарий Leupold_cat.

это одно и то же, или я что-то неправильно понял?

Все правильно Вы поняли, одно и тоже.

что мешает дождаться результатов и только потом делать какие-то заявления о безопасности и пр.?

То, что власти хотят сразу несколько десятков тысяч, а то и сотен тысяч провакцинировать. Что юридически невозможно без регистрации вакцины.

Если, скажем, в 90%-99% случаев заражение SARS-Cov-2 протекает бессимптомно, а вероятность помереть от него для среднего здорового человека примерно равна вероятности погибнуть от попадания молнии, при этом вероятность температуры, тошноты и насморка от вакцины весьма велика, то какой смысл в такой вакцине для пресловутого среднего здорового человека вообще?

Смысл исключительно в оценке рисков. Заметьте, даже Вы привели цифры с разбросом на порядок (!). Согласитесь, вероятности серьезно заболеть в 1% и в 10% очень сильно отличаются. А пока цифры гораздо менее утешительны - в России, например, официальная смертность 1.7%. Причем эти цифры явно занижены - если сравнивать среднюю смертность за период пандемии со средней смертностью за тот же период по 10 последним годам, результат получается примерно вдвое выше. Заметьте, речь идет не просто о тяжелой форме болезни, а именно о смертности.

Так что, как уже писал выше, каждый сам оценивает собственные риски и на основании этих оценок принимает решение - вакцинироваться от Covid-19 или нет.

и не приведёт ли аденовирус из вакцины к тому же самому COVID-19?

Это исключено даже в теории.

Вот представьте, Вы Web-разработчик

Зачем мне это представлять, если я по диплому биохимик со специализацией в генной инженерии и с практическим опытом работы (ИБФМ, Биоцентр АН СССР)?

Фактически, вся заслуга разработчика в том, что он методами генетической инженерии добавил в данную систему участок ДНК, кодирующий определенные фрагменты белка SARS-Cov2. Сама работа может быть за пару дней выполнена.

Сорян, у вас чисто теоретическое представление про сложность этой работы. Да, определенные этапы можно распараллелить и, если заюзать админресурс и дать картбланш группе годных исследователей, то можно ускорить процесс. Но даже такая тривиальная вещь, как ОДИН эксперимент по работе с рекомбинантной плазмидой (а их может потребоваться десятки и сотни) требует почти сутки: выполнил в эппендорфе манипуляции с ДНК, выделил нужную по размеру вставку в плазмиду, трансформировал штамм E.coli и посеял в чашке Петри на селективной среде - это пару дней обычного труда. Хотя бы потому, что посеянный сегодня материал, вырастет только на завтра.

Вы наверно больше в курсе, есть ли вакцины прошедшие все 3 стадии испытаний на этих же аденовирусах от этих же разработчиков? Я читал только про мерс и серс, но они на второй стадии, как я понял.

Зачем мне это представлять, если я по диплому биохимик со специализацией в генной инженерии и с практическим опытом работы (ИБФМ, Биоцентр АН СССР)?

Тогда мне тем более непонятны Ваши вопросы. Представьте, что у Вас уже есть подготовленные плазмиды, вскрытые нужными рестриктазами, и все, что Вам осталось сделать, это отПЦРить необходимый участок генома вируса и поставить реакцию лигирования с вектором. Сколько у вас уйдет на это времени?

Сорян, у вас чисто теоретическое представление про сложность этой работы.

Вы издеваетесь? Я более 30 лет в этой области работаю.

это пару дней обычного труда.

Совершенно верно, я об этом и пишу. А дальше остаются испытания ;).

а их может потребоваться десятки и сотни

И все они параллелятся (берем один и тот же вектор и вставляем разные фрагменты генома вируса). Затем скрининг (всех одновременно) и отбор наиболее активных вариантов.

каждый сам оценивает собственные риски и на основании этих оценок принимает решение - вакцинироваться от Covid-19 или нет

Как же сам, если уже план спустили: 60% от всего населения. Это очень много, намного больше, чем даже избирателей П??ина. Так что никаких решений вы принимать не будете. Упал-отжался! Иначе отключим газ (для начала, а потом по уголовке асе умники пойдут).

…Сколько у вас уйдет на это времени?

Вы явно не работали руками и не можете корректно оценить объем необходимого труда. Описанный план работ - это стандартные пол-года. Ну минимум 3 месяца, если есть картбланш и полное финансирование (все согласовательные и завхозные вопросы даже не рассматриваем). Ваша схема «что нужно всего лишь навсего сделать» - это хорошо для презентахи, но не для реальной работы.

Скорее всего, НПО Вектор склепал на скорую руку за 3 месяца какой-то вариант рекомбинантного антигена и бодро отчитался. А все остальное это уже политика, а не наука с медициной.

На сегодняшний день основные вопросы именно к эффективности вакцины

Это красивая формулировка вопроса «вакцина ли это или просто шмурдяк»? Иммунный ответ у здорового человека будет на любой патогенный материал. Вопрос лишь в том. будет ли достаточно этого ответа для нейтрализации вируса при заражении. Если нет, то это шмурдяк. Если да - это вакцина.

есть ли вакцины прошедшие все 3 стадии испытаний на этих же аденовирусах от этих же разработчиков?

Насколько я в курсе, нет. Наиболее далеко они продвинулись с вакциной против Эболы, но там выявились проблемы с эффективностью на третьей стадии :(.

но там выявились проблемы с эффективностью на третьей стадии

Переводя на обывательский, оказалось, что слепленное ни разу не вакцина. И это обычный финал, когда гонятся за звучными результатами побыстрее.

Как же сам, если уже план спустили: 60% от всего населения.

60% - это теоретический уровень иммунитета в популяции, достаточны для прекращения эпидемии ;). Естественно, все мечтают на него выйти.

Но нигде не идет речь о принудительной вакцинации - это противоречит основам существующей юридической системы.

вероятность помереть от него для среднего здорового человека примерно равна вероятности погибнуть от попадания молнии

К сожалению, среди персонала моей больницы уже есть погибший хирург, ему было 62 года. Можно, конечно, возразить, что он был уже немолод и, возможно, нездоров, но вы явно недооцениваете опасность, когда раскидываетесь такими словами.

не приведёт ли аденовирус из вакцины к тому же самому COVID-19

А еще может быть крылья вырастут и инфракрасное зрение появится.

Вы явно не работали руками и не можете корректно оценить объем необходимого труда.

Вы можете по моей электронной почте (есть в профиле) легко разыскать и ознакомиться со списком моих публикаций ;).

Ваша схема «что нужно всего лишь навсего сделать» - это хорошо для презентахи, но не для реальной работы.

«В условиях военного времени значение синуса может достигать четырех» (с).

А если серьезно, то имея накопленный опыт и необходимые полфабрикаты, задачу вполне реально решить за несколько месяцев.

Я не знаю точно, когда они начали работы, но думаю, не позже февраля 2020 года.

Скорее всего, НПО Вектор склепал на скорую руку за 3 месяца какой-то вариант рекомбинантного антигена и бодро отчитался. А все остальное это уже политика, а не наука с медициной.

А причем тут НПО «Вектор»? У них своя вакцина, которая пока не зарегистрирована.

Если Вам интересна «наука с медициной» читайте статью в Lancet, ссылку на которую приводили выше.

Иммунный ответ у здорового человека будет на любой патогенный материал.

Ошибаетесь. Думаете, почему так и не удалось за почти 40 лет создать вакцину против HIV?

Вопрос лишь в том. будет ли достаточно этого ответа для нейтрализации вируса при заражении. Если нет, то это шмурдяк. Если да - это вакцина.

Совершенно верно :). Именно это я Вам выше и написал - основная проблема не в побочных эффектах, а в эффективности ;).

И это обычный финал, когда гонятся за звучными результатами побыстрее.

Скорость тут никак не влияет на результат. «Испытания по правилам» привели бы точно к таким же результатам, только несколько позже.

А учитывая, что в России на подходе, как минимум, 3 альтернативные вакцины, разочарование в «Спутнике» позволит быстро перекинуть деньги в проверку других вариантов ;).

Тут вышел материал от nplus1. Написано что в мире только одна вакцина на аденовирусах в мире прошла все 3 стадии…

https://nplus1.ru/material/2020/09/07/gam-covid-vac

Тут вышел материал от nplus1

Очень хороший популярный пересказ статьи в Lancet :).

ознакомиться со списком моих публикаций

Публикации дело хорошее, но когда вы в своих комментах рассуждаете как прилежный студент, сдавший экзамен по биотехнологии, но в глаза не видевшим реальной работы, или путаете иммунный ответ с иммунитетом - возникают подозрения, что вы в этой области имеете поверхностные знания.

А причем тут НПО «Вектор»?

Честно сказать, мне без разницы, какой «ящик» лепил антиген. «Вектор» активно пиарили в инете, потому и привел. Собственно, у него ровно такие же результаты.

«В условиях военного времени значение синуса может достигать четырех» (с).

Какие бы не были условия военного времени, скорость роста E.coli одинакова что во временя Луи Пастера, что сейчас. Попытки «ускорения» чаще всего приводят к фейлам.

имея накопленный опыт и необходимые полфабрикаты

Опыт - это априори есть, а все ферменты. реактивы, среды и вектора заказываются по каталогу в любых биотехнологических фирмах за короткий промежуток времени.

задачу вполне реально решить за несколько месяцев

Реально решить задачу по клонированию и наработке рекомбинантного антигена, который будет давать иммунный ответ, но не иммунитет. Но это еще не вакцина, а только антиген. Таких групп, работающих с разными антигенами желательно иметь сразу несколько (как это на Западе делают), а не одну. По российским условиям, к моменту декларации о готовой вакцине, в аккурат закончили этот первичный этап.

Если Вам интересна «наука с медициной» читайте статью в Lancet, ссылку на которую приводили выше.

Плиз, скинте ссыль еще раз - перерыл несколько страниц темы, но так и не нашел.

Ошибаетесь. Думаете, почему так и не удалось за почти 40 лет создать вакцину против HIV?

Слушайте, вы преподаватель? ;) Ну иначе бы вы отличали иммунный ответ от иммунитета и были бы в курсе, что первичный скрининг для HIV это именно ИФА тесты. Иммунная реакция организьма есть, а иммунитета нет.

Причин для отсутствия вакцин против HIV вирусов несколько - поражение иммунной системы самим вирусом, «хостинг» ДНК вируса в ядрах лимфоцитов, вирус экспрессируется, не разрушая быстро клетки лимфоцитов и т.п.

Не, это другой, вроде, тут сравнение 3х вакцин на аденовирусах.

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31866-3/fulltext

возникают подозрения, что вы в этой области имеете поверхностные знания.

:))

скорость роста E.coli одинакова что во временя Луи Пастера, что сейчас. Попытки «ускорения» чаще всего приводят к фейлам.

Где Вы прочитали про ускорение роста E. coli?

а все ферменты. реактивы, среды и вектора заказываются по каталогу в любых биотехнологических фирмах за короткий промежуток времени.

Если Вы не в курсе, то в России средний срок поставки подобных вещей - 3 месяца после оплаты :(. Так что заранее иметь все перечисленное на полках в холодильнике дает очень значительное временное преимущество.

Кроме того, если Вы действительно занимались когда-либо генной инженерией, то должны знать, что в этой области большое преимущество дает наличие значительного количества различных полуфабрикатов и заготовок собственного производства, которые ни в одной компании не купишь.

Реально решить задачу по клонированию и наработке рекомбинантного антигена, который будет давать иммунный ответ, но не иммунитет.

А где Вы прочитали про иммунитет? Я же несколько раз Вам написал, что вопрос с эффективностью вакцины остается открытым. Надеюсь, что к Новому году появятся результаты исследований.

Так что на сегодняшний день можно говорить только об иммунном ответе. Что само по себе неплохо.

задачу по клонированию и наработке рекомбинантного антигена

Освежите в памяти, что такое векторные вакцины. Там нет никакой наработки рекомбинантного антигена.

Таких групп, работающих с разными антигенами желательно иметь сразу несколько (как это на Западе делают), а не одну.

См. выше. В России параллельно создают, минимум, три альтернативные вакцины (может, по факту и больше, но о трех я знаю точно).

Но это еще не вакцина, а только антиген.

Еще раз, почитайте, что такое векторные вакцины.

Плиз, скинте ссыль еще раз - перерыл несколько страниц темы, но так и не нашел.

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31866-3/fu...

Слушайте, вы преподаватель?

В том числе :).

Ну иначе бы вы отличали иммунный ответ от иммунитета

:)).

и не приведёт ли аденовирус из вакцины к тому же самому COVID-19?

Это исключено даже в теории.

Это как?

COVID-19 это, теоретически, последствия «неправильного» иммунного ответа организма с повреждённой иммунной системой на SARS-Cov-2. На что именно в самом SARS-Cov-2 этот ответ, я так понимаю, никто точно и достоверно не выяснил. Следовательно, вполне допустимо предположить, что организм неправильно реагирует на белок пупырышка SARS-Cov-2.

Обсуждаемая вакцина должна выработать иммунный ответ на белок пупырышка SARS-Cov-2.

Какие теоретические умозаключения позволяют утверждать, что у людей с неправильно работающей иммунной системой от белка пупырышка SARS-Cov-2 в вакцине не возникнет точно такой же «неправильный» иммунный ответ как и на настоящий SARS-Cov-2?

Дело лишь в количестве «образцов» которые порождают иммунный ответ? Т.е. потому что вакцина не размножается, а SARS-Cov-2 размножается?

Не, это другой, вроде, тут сравнение 3х вакцин на аденовирусах.

Ну да, просто эти статьи в том же номере журнала опубликованы. Картинки оттуда взяты.

Какие теоретические умозаключения позволяют утверждать, что у людей с неправильно работающей иммунной системой от белка пупырышка SARS-Cov-2 в вакцине не возникнет точно такой же «неправильный» иммунный ответ как и на настоящий SARS-Cov-2?

Например, локализация этого самого белка. Никто не вводит вакцину в легкие ;).

Т.е. потому что вакцина не размножается, а SARS-Cov-2 размножается?

И это тоже.

Где Вы прочитали про ускорение роста E. coli?

Это я вам популярно объясняю, что лимитирующий фактор для всех генноинженерных манипуляций - скорость роста E.coli. Ей однохренственно ваши «В условиях военного времени…» Соответственно, и работы все проводятся ровно в том темпе, как и в обычное время. Если ваши «ящики» еще и расходники по 3 мес. получают (что на голову не налазит), то да, никакой готовой вакцины нет, а есть только пустой пиар.

А где Вы прочитали про иммунитет?

отмотайте назад и увидите эту грубую описку со ссылкой на Lancet.

Освежите в памяти, что такое векторные вакцины. Там нет никакой наработки рекомбинантного антигена.

Таки вам стоит вспомнить что такое «антиген» и почему он может быть «рекомбинантным». И таки да, вирусный вектор это тоже «рекомбинантный антиген». И тоже требует наработки, чтобы забодяжить прививочный материал. Разница с патогенным/белковым материалом лишь в том, что антигенный белок массово нарабатывается «по месту».

Еще раз, почитайте, что такое векторные вакцины.

Еще раз задумайтесь над тем, ЧТО доставляет вектор, чтобы потом не нести ерунду студням. Если ДНК рекомбинантного антигена подготовлена неудачно (не тот фрейм, не тот промотор и т.п.) иммунный ответ будет, но не того уровня/типа, который нужен для иммунитета. И на данном этапе, предсказать результат по последовательности нереально. Только опытным путем. И текущий результат, описанный в Lancet - хороший, но исключительно промежуточный. 9+9+20 - такое число опытов ни по какому Стьюденту не назовешь «достоверным результатом». Поэтому пока это все кандидаты на вакцину. И нет самого главного - подтверждения того, что участники эксперимента приобрели иммунитет. Все больные на СПИД имеют иммунный ответ на HIV, но никого он не спасает.

что лимитирующий фактор для всех генноинженерных манипуляций - скорость роста E.coli.

E. coli необходима дважды в процессе получения генетической конструкции - один раз для трансформации клеток лигазной смесью, второй раз - для выделения полученной плазмиды (если нужно, бывает, достаточно отПЦРить необходимы фрагмент с плазмиды). Учитывая, что растет она 12-18 часов, полчается, что на 1 конструкцию уходит 1.5 суток. Вместе со всеми другими манипуляциями - 2-2.5 суток при работе в авральном режиме. Можете сами посчитать, сколько всего можно наделать за несколько месяцев ;).

никакой готовой вакцины нет, а есть только пустой пиар.

Вы статью прочитали? Или научную статью тоже пиаром считаете?

отмотайте назад и увидите эту грубую описку со ссылкой на Lancet.

Лень отматывать, поверю Вам на слово. Приношу в таком случае извинения за неправильное потребление термина.

Разница с патогенным/белковым материалом лишь в том, что антигенный белок массово нарабатывается «по месту».

Вот, это уже гораздо лучше :). И эта разница часто оказывается решающей с точки зрения выработки именно иммунитета, а не просто иммунного ответа. Как будет в данном случае, посмотрим.

Если ДНК рекомбинантного антигена подготовлена неудачно (не тот фрейм, не тот промотор и т.п.) иммунный ответ будет, но не того уровня/типа, который нужен для иммунитета.

Совершенно верно.

И на данном этапе, предсказать результат по последовательности нереально. Только опытным путем. И текущий результат, описанный в Lancet - хороший, но исключительно промежуточный.

Именно это я и писал Вам выше :). Рад, что мы, наконец-то, поняли друг друга.

И нет самого главного - подтверждения того, что участники эксперимента приобрели иммунитет.

Угу, поэтому ждем результатов третьей стадии испытаний.

E. coli необходима дважды

мнэээ… это такое можно вещать на лекциях для зоологов. Реальность гораздо сложнее.

Или научную статью тоже пиаром считаете?

Вакцины для широкого применения нет. Есть кандидат на вакцину, для которого не доказано, что он вызывает иммунитет. Это такая же огромная разница как между реальными долларами и календариками с их изображением. А по всем российским СМИ стоит вой что мол у нас вакцина и енто нефтюшка 2.0 - ну курям же на смех. Западные команды этот этап прошли еще весной и никто не трубил о победе над ковидотой. «Не говори гоп пока не перепрыгнешь» - золотое правило во многих отраслях.

И эта разница часто оказывается решающей с точки зрения выработки именно иммунитета

Напомните, плиз, сколько раз такое случалось в практике этой команды из института Гамалеи? Насколько я слышал, они так и не довели до ума ни одну из аденовирусных вакцин, кототрые они начинали лепить :) Хорошо бы, хоть в этот раз что-нибудь получилось юзабельное. А не только пиар на хайпе.

Реальность гораздо сложнее.

Не стоит рассказывать про реальность человеку, который за свою жизнь получил не одну сотню различных генетических конструкций ;).

Вакцины для широкого применения нет. Есть кандидат на вакцину, для которого не доказано, что он вызывает иммунитет.

Согласен.

А по всем российским СМИ стоит вой что мол у нас вакцина и енто нефтюшка 2.0 - ну курям же на смех.

На это могу ответить только цитатой из Булгакова -

не читайте советских газет (c).

Где и когда Вы в последний раз видели адекватные СМИ?

Западные команды этот этап прошли еще весной

Напомню, что отчеты о 1 и 2 стадиях испытаний западных вакцин опубликованы в том же номере журнала Lancet. Т. е. все три кандидата в вакцины идут, что называется, ноздря в ноздрю.

«Не говори гоп пока не перепрыгнешь» - золотое правило во многих отраслях.

С одной стороны, я с Вами согласен в этом отношении. С другой же все эти разговоры в СМИ по факту никак не влияют на процесс разработки и на сами испытания вакцины. Знаете пословицу - «собаки лают, а караван идет»?

Насколько я слышал, они так и не довели до ума ни одну из аденовирусных вакцин, которые они начинали лепить :)

Да, пока им похвастаться особо нечем :(. По поводу доводки - тут это не работает, по сути отсутствие иммунитета у привитых будет означать полную непригодность созданной вакцины и необходимость разрабатывать ее заново.

Но я, все-таки, надеюсь на лучшее - наличие не только B-клеточного, но и T-клеточного иммунного ответа обнадеживает (хотя, конечно, и не дает никаких гарантий).

Не стоит рассказывать про реальность человеку, который за свою жизнь получил не одну сотню различных генетических конструкций ;).

Тем более странно слышать ересь про «хренякс-хренякс и в продакшин». PCR ускоряет работу, если есть отсеквенированный штамм вируса и тем более, если надо наковырять небольшие фрагменты из S-белка SARS-Cov-2. Но это не отменяет ни отбора клонов из результатов PCR, ни секвенирования и доводки полученных фрагментов, ни работы с конечным вектором, ни тем более работы с культурами человеческих клеток (то ваще отдельная эпопея). Многие манипуляции строго последовательны и распараллеливанию не поддаются. Пол-года до конечного вектора - это самые оптимистичные сроки.

То, что «запущено в производство» - это торопили-подгоняли ради политических дивидендов. Особенно странным выглядят эксперименты сразу на добровольцах. Были ли тесты на культурах клеток и на животных - из статьи непонятно.

Полгода до конечного вектора - это самые оптимистичные сроки.

Извините, я Вас не понимаю. В июне начались испытания (1 и 2 стадии) уже готовой вакцины. Самое раннее время, когда ее могли начать делать, декабрь 2019 г. Вот Вам те самые полгода, в чем проблема-то?

Мы имеем дело с фактами - вакцину (хорошо, кандидата в вакцину) создали и успели испытать. С чем Вы спорите-то? Или считаете, что опубликованные данные являются фейком и высосаны из пальца?

Были ли тесты на культурах клеток и на животных - из статьи непонятно.

Разумеется. Без подобных тестов никто не позволит Вам набрать добровольцев - это уголовщина.

Доклинические, 1 и 2 стадии клинических испытаний шли в строгом соответствии со стандартами. Отклонения допустили только на третьей стадии (фактически, объединив ее с началом массовой вакцинации).

Самое раннее время, когда ее могли начать делать, декабрь 2019 г. Вот Вам те самые полгода, в чем проблема-то?

«Гамалийцы» заявляли, что работа началась с конца февраля - начала марта. Собственно, когда стало понятна хайповость темы. В декабре и кетайцы не чесались в этом направлении.

Разумеется. Без подобных тестов никто не позволит Вам набрать добровольцев - это уголовщина.

Где результаты? В статье нет, что странно. Поскольку это огромный пласт работы, который всегда публикуют.

Отклонения допустили только на третьей стадии

Западные коллеги тоже удивлялись отсутствию предварительных данных тестирования. Ну да ладно, если будет результат, это будет не важно. А если облажаются - все говнецо всплывет.

«Гамалийцы» заявляли, что работа началась с конца февраля - начала марта.

Ну вот видите, справились за 4 месяца. А Вы утверждаете, что это невозможно.

Поскольку это огромный пласт работы, который всегда публикуют.

Обратите внимание, нет и результатов аналогичных исследований в отношении двух западных вакцин.

Ну да ладно, если будет результат, это будет не важно.

Это было бы важно только в одном случае - если бы добровольцы на 1 или 2 стадиях столкнулись бы с серьезными побочными эффектами. Потому что смысл доклинических испытаний - проверка безопасности вакцины на клеточных моделях и на животных. Как Вы понимаете, об эффективности тут речи в принципе не идет.

А если облажаются - все говнецо всплывет.

Это вряд ли. Просто вспомнят про вакцины, создаваемые «Вектором» или «Биокадом». А про эту забудут, будто бы ее и не было ;).

Ну вот видите, справились за 4 месяца. А Вы утверждаете, что это невозможно.

Если были доклинические испытания, то в срок не вкладывались. И вся поспешность наводит на нехорошие мысли. Типа «А про эту забудут, будто бы ее и не было ;)». Какой-нибудь важный препарат с кучей тестирования регят и год и другой, а тут спешка, как при ловле блох.

если бы добровольцы на 1 или 2 стадиях столкнулись бы с серьезными побочными эффектами

Как уже ранее упоминалось, 9+9+20 это не репрезентативная выборка подобранных здоровых людей. Серьезную побочку увидеть можно будет только при массовой вакцинации, раз 3й этап пропустили.

Как Вы понимаете, об эффективности тут речи в принципе не идет.

А у корейцев, разрабатывающих аэрозольную вакцину, почему-то именно на доклинических испытаниях проверялся именно иммунитет у мышей, а не просто иммунный ответ. Дикие люди они, перестраховщики ;)

Это вряд ли.

Неа, собак всех повесят на «гамалейцев». Мол, обманули, гаденыши, «краба на галерах». Восхотели, ироды, халявных премий и прочих почестей )))

А вот и первые подтверждения Ваших сомнений :(.

Открытое письмо вирусологов по поводу публикации в Lancet, посвященной российской вакцине.

Авторов поймали на произвольном рисовании картинок к статье:

In the red boxes, 9 out of 9 volunteers challenged with rAd26-S appear to have identical antibody 
titres at 21 and 28 days; this is also true for 7 out of 9 volunteers challenged with rAd5-S (yellow boxes). 
Furthermore, in the cyan boxes we can see all the experimental points differing for a constant value in two 
completely unrelated experiments; and 8 out of 9 experimental points are completely preserved among other 
two completely unrelated volunteer groups (green boxes).

While we understand that in this case the variable under study is discrete (representing the reciprocal of 
a dilution), still it seems to us that on the ground of simple probabilistic evaluations the fact of 
observing so many data points preserved among different experiments is highly unlikely.

For figure 3, intended to present the results of the cellular response to the different 
formulations used for challenging the volunteers, in the following reproduction repeated experimental 
point patterns are boxed with the same colours as in the previous case, with an important difference: 
in this case, the variable under study (cell proliferation %) is continuous in nature, rendering the 
coincidence of data points among different experiments even less likely.

For figure 4, which is intended to show the neutralizing antibody formation against the adenovirus 
vectors used for the vaccine, problems like those observed for figure 2 are again apparent.

Таким образом, получается, что все экспериментальные доказательства того, что иммунный ответ на вакцину действительно развивается, оказались поддельными :(. Есть, конечно, надежда, что виноваты люди, помогавшие авторам с оформлением (техническая подготовка рисунков к публикации), но честно говоря, верится в это с трудом. Сказать, что я разочарован, значит, ничего не сказать :(. Посмотрим, как дальше события будут развиваться.

А пока, видимо, придется признать Вашу правоту в отношении сомнений в данной вакцине :(.

Если были доклинические испытания, то в срок не вкладывались.

Как я понимаю, доклинические испытания вместе с 1 и 2 фазами клинических испытаний шли с июня по сентябрь. По времени хоть и впритык, но укладываются.

Впрочем, теперь я уже ни в чем не уверен, может, и вообще никаких испытаний не было :(.

почему-то именно на доклинических испытаниях проверялся именно иммунитет у мышей, а не просто иммунный ответ.

Это в значительной степени бессмысленная работа. Иммунная система очень молода (приобретенный иммунитет впервые у позвоночных животных появляется) и очень быстро развивается. Достаточно сказать, что у нас (приматов) и у мышей (грызунов) есть целые уникальные семейства белков (уникальные в том смысле, что есть только у приматов или только у грызунов, но не у других млекопитающих), которые выполняют сходные функции (регулируют интенсивность гуморального и клеточного иммунных ответов), но при этом не имеют между собой ничего общего в структурном отношении. Классический такой пример конвергенции. Учитывая, что по эволюционным мерам наши отряды разошлись относительно недавно (~70 млн. лет назад), получается, что скорость эволюции иммунной системы очень высока.

Ну а в практическом плане из этого следует, что функционирует она (иммунная система) у мышей и людей по-разному. И многие данные, полученные на мышах, не воспроизводятся на человеке, как, впрочем, и наоборот :(. На эти грабли уже давно наступили онкологи - сколько было громких заявлений о разработке противоопухолевых препаратов, активирующих иммунный ответ организма против опухоли и эффективно работающих на мышах и крысах, которые у людей в лучшем случае вообще не действовали, а в худшем ускоряли рост опухоли :(.

Неа, собак всех повесят на «гамалейцев». Мол, обманули, гаденыши, «краба на галерах». Восхотели, ироды, халявных премий и прочих почестей )

Вот сейчас мы на это и посмотрим. Но что-то мне подсказывает, что попытаются спустить эту историю на тормозах. Рад буду ошибиться.

Или считаете, что опубликованные данные являются фейком и высосаны из пальца?

Вы предвидели? https://nplus1.ru/news/2020/09/08/gamcovidvac-doubts

Вы предвидели?

Увы, нет, только сегодня наткнулся - см. мои сообщения выше :(.

Авторов поймали на произвольном рисовании картинок к статье:

Вы уверены? А то ведь в письме как всегда highly likely. Вы можете спокойно скачать картинки в высоком разрешении и посмотреть, там не один в один, есть небольшая разница в цветах. К тому же, я как не специалист больше доверяю рецензентам ланцета, чем биохимику, занимающимся в основном гемоглобином и связанными вопросами дыхания.

Ну нельзя быть уверенным, но когда в независимых экспериментах на непрерывных величинах получается что все 8 из 9 точек совпадают… (рис. 3, жёлтые рамки) Странно это. Поэтому они вписьме просят сырые данные, чтобы каждый мог сам сделать статистику.

А почему бы не потребовать этого у журнала? Мне вот, например, некоторые журналы отказывают в on-line supplementary materials с сырыми фотографиями, а предпочитают хрен знает как их обрабатывать, чтоб соответствовало их печатному процессу (не смотря на наличие цветных иллюстраций онлайн).

Потому что у журнала нет данных по добровольцам, а только рисунки? Или вы в журнал отправляете исходные данные для графиков?

Вы уверены?

К сожалению, да :(. Единственное, что может быть, это косяк людей, непосредственно ответственных за создание картинок (иногда исследователи обращаются ко всяким художникам и дизайнерам для красивого оформления результатов). Но тут ведь не в схемах проблема, а в графиках, так что эта причина крайне маловероятна.

А то ведь в письме как всегда highly likely.

Это обычная научная этика. Если есть хоть ничтожный шанс на ошибку, никто категорично писать не будет. Вы можете сами оценить вероятность идеального совпадения значений в независимых группах. Особенно это касается рис. 3, где распределение значений непрерывное и вероятность совпадения ничтожна.

К тому же, я как не специалист больше доверяю рецензентам ланцета

Я сам удивлен, учитывая, что рецензентов было пятеро (!) (за 30 лет научной деятельности ни разу не видел такого, обычно от одного до четырех, впрочем и в журналах такого уровня я ни разу не публиковался :( ).

Но Вы видели ответ авторов (есть по ссылке, которую vitruss выше привел)? Вместо того, чтобы предоставить исходные данные FACS, они ограничились руганью в стиле «сам дурак» :(. На мой взгляд, это о многом говорит.

А почему бы не потребовать этого у журнала?

А откуда сырые данные у журнала?

Другой вопрос, что в Правилах для авторов практически всегда прописываются обязательства авторов предоставить первичные данные и даже полученные в статье материалы (новые генетические конструкции, антитела, клеточные линии и т. п.) по запросу любым исследователям в целях проверки опубликованных данных. Я никогда не отсылал статьи в Ланцет, поэтому не знаком с их Правилами для авторов, но почти наверняка там есть такой пункт.

Поэтому меня крайне удивляет такой хамский ответ на критику со стороны авторов статьи. Если бы там все было чисто, они бы вежливо поблагодарили коллег за критику и выложили бы в общий доступ первичные данные. Но пока такого не произошло.

К сожалению, да :(.

Ланцет обновил картинку. Можете посмотреть.

Если есть хоть ничтожный шанс на ошибку, никто категорично писать не будет.

Зачем тогда писать открытое письмо?

Но Вы видели ответ авторов (есть по ссылке, которую vitruss выше привел)?

Вот специально посмотрел выше, и не нашёл ответа авторов. Или Вы сами решили не следовать совету, и читать «советские газеты»?

А откуда сырые данные у журнала?

В журнал в качестве supplementary можно послать и исходные данные. Многие люди так делают.

Ланцет обновил картинку. Можете посмотреть.

Что Вы имеете ввиду? Какую именно? Посмотрел, рис. 2 не изменился, остальные сейчас некогда подробно смотреть.

В журнал в качестве supplementary можно послать и исходные данные. Многие люди так делают.

Совершенно верно. И это один из упреков авторам (то, что они этого не сделали). Обычно Supplements публикуются сразу же в online-версии статьи.

Зачем тогда писать открытое письмо?

Для того, чтобы инициировать научную дискуссию. Как минимум, нужно получить вменяемый ответ от авторов, объясняющий выявленные странные совпадения данных.

Или Вы сами решили не следовать совету, и читать «советские газеты»?

Да, Вы правы, ответ я увидел только на сайте nplus1.ru:

«НИЦЭМ им. Гамалеи категорически отвергает обвинения в недостоверности статистических данных, 
опубликованных в журнале The Lancet.

Опубликованные данные являются достоверными и точными и прошли экспертизу у пяти рецензентов The Lancet, 
полноразмерный клинический протокол предоставлялся в редакцию журнала.

Мы представили именно те данные, которые получили, а не те, которые должны нравиться итальянским экспертам».

Считаете его фейком? Ваше право. Лично мне не кажется, что владельцы сайта nplus1.ru написали его сами. Впрочем, согласен с Вами в том, что нужно дождаться официального ответа авторов в Lancet, либо в другом научном журнале.

нужно дождаться официального ответа авторов в Lancet

Скорее стоит дождаться результатов массовой прививки россиян. Нагляднее будет.

Скорее стоит дождаться результатов массовой прививки россиян. Нагляднее будет.

Это разные вещи. Даже если с прививкой все хорошо будет, вопросы по картинкам никуда не денутся :(.

Посмотрел, рис. 2 не изменился

Видимо, Вы правы.

Обычно Supplements публикуются сразу же в online-версии статьи.

Но это задача журнала. Если журнал не публикует supplement materials (а так бывает, я лично с таким сталкивался: я как автор просил опубликовать дополнительные материалы, а издательство отказывалось это делать) надо сперва с него спросить.

Для того, чтобы инициировать научную дискуссию.

Научная дискуссия не инициируется в ненаучной печати в наше время.

Да, Вы правы, ответ я увидел только на сайте nplus1.ru:

Причём в каком контексте они были сказаны не понятно.

Научная дискуссия не инициируется в ненаучной печати в наше время.

Открытое письмо в редакцию журнала - вполне себе способ инициировать научную дискуссию.

Причём в каком контексте они были сказаны не понятно.

Цитата с сайта nplus.ru:

 в редакцию N + 1 поступили запрошенные нами ранее комментарии от редакции журнала The Lancet и 
от имени ведущего автора исследования.

По-моему, контекст предельно понятен (если, конечно, доверять журналистам сайта).

По-моему, контекст предельно понятен (если, конечно, доверять журналистам сайта).

Тогда доверяйте журналистам до конца: по словам авторов полный протокол есть в распоряжении редакции ланцета. Почему Ланцет не хочет его публиковать – вопрос к редакции.

о словам авторов полный протокол есть в распоряжении редакции ланцета.

Речь идет о клиническом протоколе. Это более подробно расписанная версия табл. 1 из статьи - как именно были организованы сами испытания.

Но вопросы сейчас не к протоколу. Вопросы к первичным данным (данные ELISA и FACS), на основе которых построены картинки 2-4.

Речь идет о клиническом протоколе.

А это уже контекст, который Вам был так понятен, но в заметке журналистов не освещён.

Вопросы к первичным данным (данные ELISA и FACS), на основе которых построены картинки 2-4.

Почему бы не спросить сперва эти данные с редакции, если письмо открытое?

А это уже контекст, который Вам был так понятен, но в заметке журналистов не освещён.

В смысле? Фраза про клинический протокол взята из ответа одного из авторов статьи. Какой контекст Вам еще нужен? Что такое «полноразмерный клинический протокол»? Ну так эту информацию при желании можно в Сети найти.

Почему бы не спросить сперва эти данные с редакции, если письмо открытое?

Потому что первичные данные обычно не отсылаются в журнал. Другое дело, что обычно в Правилах для авторов прописывают обязанность авторов предоставлять первичные данные по запросу редакции или других исследователей. Вот итальянцы и сделали такой запрос:

the presentation of the data raises several concerns which require access to the original data to 
fully investigate.

Фраза про клинический протокол взята из ответа одного из авторов статьи.

И что она значит? В клиническоми протоколе не указываются результаты анализов? В сети как раз пишут что результаты анализов должны быть в протоколе. Основной вопрос так и остался: зачем вопросы к редакции оформлять не письмом в редакцию, а открытыми письмом? Ланцет обычно не отвечает на письма?

Далее опять не понятно что значат original data? Данные чего? Опять нужен контекст, которого нет.

Если журнал не публикует supplement materials (а так бывает, я лично с таким сталкивался: я как автор просил опубликовать дополнительные материалы, а издательство отказывалось это делать) надо сперва с него спросить.

Вот это я впервые вижу. Возможно сам журнал такого не подразумевает. Но в большинстве случаев спрашивать у журнала смысла нет. У них нет ничего, кроме того что было опубликовано.

Ответ для nplus1.ru, видимо был ответом именно на их (nplus1.ru) запрос после того как опубликовали открытое письмо.

Как по мне, письмо именно должно быть открытым, чтобы инициировать дискуссию и все окружающие были в курсе какие вопросы имеются. Если просто написать авторам, тебе могут ответить что-то типа того что получил nplus1.ru и всё.

Как по мне (я не имею отношения к биологии и медицине), именно открытое письмо должно быть. Это очень важно в свете того что эту вакцину хотят ставить миллионам, если не миллиардам людей. Даже если написать персональное письмо в ланцет, ну нет у них данных, они ничего не смогут ответить. Это не вопросы в редакцию, не редакция в конечном счёте отвечает за результаты экспериментов, это вопросы именно к авторам. Редакция, если этот вопрос не будет прояснён, скорее всего понесёт репетиционные потери и всё.

А исходные данные, в моём понимании, именно результаты анализов всех добровольцев и информация о том какой препарат они получили.

Например, если бы меня спросили «сырые данные», я бы отправил спектры именно в таком виде, как они получаются на выходе спектрометра, и, вроде вероятно, описание как они были обработаны. При этом как построены эти графики более-менее понятно и не требует пояснений, поэтому нужны именно исходные данные, чтобы увидеть с какой точностью совпадают данные измеренные в 16 точках на рис. 3.

Ваша позиция, почему письмо должно быть именно открытым мне понятна.

Даже если написать персональное письмо в ланцет, ну нет у них данных, они ничего не смогут ответить.

Они смогут ответить, что у них нет этих данных. Тогда возникнет вопрос, а почему ни один из ПЯТИ рецензентов не запросил их, или не обратил внимание на картинки. А пока ответ невразумительный: за всё хорошее против всего плохого. СМИ сообщают что авторы дали ответ в Ланцет, а на данном сайте мы видим представитель Российского фонда прямых инвестиций передал следующее заявление от имени Дениса Логунова – т.е. напевающего Битлз по телефону Рабиновича!

require access to the original data to fully investigate.

Есть ли в этом смысл? Если предполагать, что данные в статье недостоверны, то что мешает авторам подделать все остальное?

Допустим, опубликуют полные данные по исследованию и они полностью совпадут с данными из статьи? Что дальше?

полностью совпадут с данными из статьи? Что дальше?

Посмотреть, как будет вести себя вакцина. Если ее забодяжили «божьим промыслом» (тестируя подпольно на солдатах) или просто скоммуниздили у кого-то, то придраться не получится.

В клиническом протоколе не указываются результаты анализов?

Я сам никогда клиническими исследованиями не занимался, но насколько понимаю, нет, не указываются. Результаты попадают в отчеты о клиническом исследовании. А протокол готовится перед началом самого исследования.

100% гарантии, что прав, не дам, возможно, более знающие люди поправят.

что значат original data

Грубо говоря, это то, что выдает прибор, на котором проводят измерения. Для ИФА это данные с планшетного спектрофотометра, где снимают результаты, для FACS - файлы с проточного цитофлуориметра. Для каждого пациента.

Основной вопрос так и остался: зачем вопросы к редакции оформлять не письмом в редакцию, а открытыми письмом?

Скорость инициации дискуссии.

Ланцет обычно не отвечает на письма?

Ланцет должен был бы опубликовать это письмо (и скорее всего, опубликует), но это определенное время. Выложив письмо в Сеть, его авторы просто ускорили процесс.

Как по мне (я не имею отношения к биологии и медицине), именно открытое письмо должно быть.

Открытость в данном случае должна журналом обеспечиваться. Подобные письма проходят тот же путь, что и статьи - их читают рецензенты (необходимо для отсечения писем всяких фриков), и если находят претензии обоснованными, письмо публикуется в журнале, после чего ожидается ответ авторов. Если ответ авторов не удовлетворяет редакцию, исходную статью отзывают. Это общепринятая практика. Так что тут авторы письма просто несколько ускорили процесс.

Даже если написать персональное письмо в ланцет, ну нет у них данных, они ничего не смогут ответить.

А редакции и ненужно отвечать. Их задача - опубликовать письмо и переправить его авторам с требованием ответа. Если ответа не будет, либо он не удовлетворит критиков, статья отзывается.

не редакция в конечном счёте отвечает за результаты экспериментов, это вопросы именно к авторам.

Не совсем так. Статья прошла рецензирование, т. е. ее выводы были одобрены и признаны обоснованными как рецензентами, так и редколлегией журнала. Это необходимое условие для публикации. Так что определенную ответственность редакция должна нести (разумеется, существенно меньшую, чем ответственность авторов).

А исходные данные, в моём понимании, именно результаты анализов всех добровольцев и информация о том какой препарат они получили.

Например, если бы меня спросили «сырые данные», я бы отправил спектры именно в таком виде, как они получаются на выходе спектрометра, и, вроде вероятно, описание как они были обработаны.

Совершенно верно, Вы все правильно написали.

Тогда возникнет вопрос, а почему ни один из ПЯТИ рецензентов не запросил их, или не обратил внимание на картинки.

Именно. И вопрос этот уже не к авторам, а к редакции Ланцета.

СМИ сообщают что авторы дали ответ в Ланцет

Если это правда, то ответ, как и исходное письмо, должны быть опубликованы в ближайших номерах этого журнала.

Есть ли в этом смысл? Если предполагать, что данные в статье недостоверны, то что мешает авторам подделать все остальное?

Все подделать очень сложно. Особенно исходные файлы, которые выдают в своем собственном формате приборы. Т. е. в теории Вы правы, но на практике, даже если взяться за такую масштабную подделку, где-нибудь обязательно проколешься. Как авторы уже с картинками прокололись - ведь никто не мешал нарисовать их более правдоподобно.

Допустим, опубликуют полные данные по исследованию и они полностью совпадут с данными из статьи? Что дальше?

Снимутся вопросы о научной добросовестности авторов. Напомню, что в статье ничего не говорится про эффективность вакцины как защиты от Covid-19. Так что в этом плане ничего не изменится - будем ждать результаты вакцинации.