Молекулярно моделируем по-тихоньку

за нужное занятие +10

Зачёт!

покажи генотип овечки Долли :)

> Прозрачность терминала включена только для скриншота

А прозрачность кикера?

Делом занимаешься. Респект. И ноут как у меня :)

Молодец. =)

О, а я сейчас буду на быдлопаскале писать реализацию математического описания какого-то невероятного (в матчасть не вдумывался) химического процесса для сестры-химички :)

За занятие делом - зачет!

Автор заслуживает уважение =) Интересно сколько он получает за свою работу =)

> Автор заслуживает уважение =) Интересно сколько он получает за свою работу =)

Если это не расчёт химического оружия для мин.обороны США, то наверняка копейки, ибо учёным и так дана возможность творить науку. Ещё и денег им за это платить слишком жирно будет =)

молодца

>> Прозрачность терминала включена только для скриншота
> А прозрачность кикера?
нет. мне так нравится
>Интересно сколько он получает за свою работу =)
спасибо, не жалуюсь

ребята, вы здоровы? Один позитив, ни одного коментария про шрифты, часы в КДЕ, самого КДЕ, konsole . Никто не орет что писать надо только в ви/емаксе...


Большое спасибо за комменты

ПС.все-таки нашел как отключить тени в заголовках окон, а то они меня очень раздражали

Шрифты гауно! Часы ужастны.. и сам КДЕ незачёт! Ааа да ешё и не ЕМАКС??? Ну хоть бы ВИ юзал.. бы чтоль... ну ты даёш! Ну и сам знаеш наверно.. konsole...

> покажи генотип овечки Долли :)

Какие люди без охраны!

2 автор: а компьютеры завязаны в кластер?

> 2 автор: а компьютеры завязаны в кластер?

тоже 2 автор: свежеaccept'нутый boost::mpi не пробовал? А boost::pqs? Для таких расчётов в самый раз.

> ребята, вы здоровы? Один позитив, ни одного коментария про шрифты, часы в КДЕ, самого КДЕ, konsole . Никто не орет что писать надо только в ви/емаксе...

Негатив льют малолетние дети (или инфантильные недети :). А тут при виде слов "молекула", "химия" они в ужасе разбежались. Сидят, забившись в угол, отключившись от интернета, онанируют на анимешки, нервы от пережитого шока успокаивают ,-)

В общем-то не красиво, но за мандриву 2007 - зачёт! (потихоньку пищется слитно)

А что GAMESS-ом не считаете? он и кластеризоваться может, и интеракции умеет считать, и бесплатный

Ай-ай-ай. Занимаюсь тем же самым, только интеракции другие.

И тормозной страшно, если это не pcgamess

Хотя, на кластере не такой тормозной, наверно :)

А мну делал поиск в геноме человека по сложно вариабильной матрице. :) ВОбщем +100!!! за дело и вид самого десктопа не перегруженного свистелками вызывает уважение :) удачи!

PCGAMESS конечно. можно еще гауссиан- он быстрый, быстрее гамесса. и базисов больше и лучше и DFT считает правильно

> гауссиан- он быстрый, быстрее гамесса. и базисов больше и лучше и DFT считает правильно

Вызывающе неверная информация. Особенно про DFT. Однажды неделю трахался с гауссиановским DFT: в гамесе и в другом софте получалась одна энергия, а в гауссиане совсем другая. Вручную сверил базисы - совпадают. Потом забил. Потом, когда у нас появились сорцы этого поделия, оказалось, что в гауссиане функционал B3LYP отличается от общепринятого. Они каким-то хитрым образом его модифицировали, чтоб быстрее работало. Да пошёл он в ж-пу, этот бегемот. Из приличного опенсорсного софта для около-хартри-фоковских методов есть DALTON, GAMESS, MPQC, да ещё много всего. А эта поделка годится разве что школьников пугать на лабах.

старый гауссиан у вас был. посмотрите в статьи цитируемость кто чем считает- подавляющее большинство гауссианом. он точнее на сегодняшний день- это факт

> старый гауссиан у вас был

Gaussian-03

> посмотрите в статьи цитируемость кто чем считает- подавляющее большинство гауссианом. он точнее на сегодняшний день- это факт

Утомил уже этот аргумент. Большинство ещё и под виндой запускает этот гауссиан. Какая мне разница, кто чем считает? Мне надо, чтоб считалось правильно, и чтоб попросив B3LYP, я получал B3LYP, а не какую-то постороннюю подгонную фигню. К тому же, гауссиан совершенно нерасширяем, даже при наличии исходников. Вы вообще этот код видели? Советую при случае полюбоваться, тогда многие вопросы отпадут. :)

Респект! Плевать на шрифты, ДЕ и прочее, человек делом занимается и делом не красноглазым!

> Из приличного опенсорсного софта для около-хартри-фоковских методов есть DALTON, GAMESS, MPQC

насчет опенсорсности первых двух сильно сомневаюсь. Да исходники дают и $ не просят, но под лицензиями далеко не свободными. А PC GAMESS так вообще closed-source.

И к ста, обсуждение квантово-хим прог в контексте данного скрина про интеракци белка и лиганда имеет очень мало смысла.

> насчет опенсорсности первых двух сильно сомневаюсь. Да исходники дают и $ не просят, но под лицензиями далеко не свободными.

Ну так в этом и разница между open source и free software, как я понимаю. :)

> в гауссиане функционал B3LYP отличается от общепринятого. Они каким-то хитрым образом его модифицировали, чтоб быстрее работало.

B3LYP придумали в Гауссиан Инк., до них B3LYP не было в принципе, был B3PW91. Вот ссылка где B3LYP впервые предложен: . J. Stephens, F. J. Devlin, C. F. Chabalowski, M. J. Frisch, J. Phys. Chem.; 1994; 98(45); 11623-11627

Устроить неделю молекулярного творчества на ЛОРе?

Что-то этот pymol такой мэээээдленный по сравнению с HyperChem.

на питоне потамушта =) есть еще molden- он шустрее

> Что-то этот pymol такой мэээээдленный по сравнению с HyperChem.

Нашёл с чем сравнить! HyperChem уже стал реально трёхмерным? Sculpting mode там появился? HyperChem можно сравнивать можно разве что с XDrawChem, да и то сольёт.

Если я правильно понял, то рассчитывается докинг?

В качестве очень неплохих коммерческих программ рекомендую:

FlexX
http://www.biosolveit.de/FlexX/

Shroedinger Glide
http://www.schroedinger.com/

Биоинформатиков из этого форума прошу связаться со мной по-email: neksa@neksa.net

pymol бывает очень шустрым! зависит от состояния OpenGL в вашей системе, DRI. И, в первую очередь, от сборки питона.

Сижу на Debian Unstable и пока они не перелопатили python 2.4 "наслаждался" 8 FPS в pymol. Сейчас FPS 25 -- никаких претензий. Это до того, как снова не загубят ;)

древний ноутбучный ATI 7500 с Mesa-драйвером. Radeon Mobility M7 LW.

на работе в Ubuntu 6.06 с python2.4 и древней GeForce2 Ti. никаких проблем тоже.

> PCGAMESS конечно. можно еще гауссиан- он быстрый, быстрее гамесса. и базисов больше и лучше и DFT считает правильно

Это Гауссиан-то быстрый?! Не смешите мои тапки, они уже старенькие!

Гауссиан - помойка из кода, написанная распиздяями аспирантами.

a настоящие пацаны юзают MOLPRO!

> a настоящие пацаны юзают MOLPRO!

А Вы за него платили? Мы - да. Но, суки, сырцы нам не давали. Дескать, Россия - вражья застава.

Да, по теме: писать свои программы дело, безусловно, хорошее, только вот не понимаю, зачем делать велосипед - задача _крайне_ распространенная и популярная в химии белков (и других биополимеров). Наверняка уже написана туча кода.

> насчет опенсорсности первых двух сильно сомневаюсь. Да исходники дают и $ не просят, но под лицензиями далеко не свободными. А PC GAMESS так вообще closed-source.

Они "опенсорс" как раз в том смысле, что позволяют "позырить" на исходный код, правда на окаянном Фортране. Что уже немало, ибо иногда приходится копаться "под капотом".

MPQC - руль, я с Шеррилом о нем разговаривал, однако народу его тянет мало и умеет он тоже немного. Хотя идея уж больно аппетитная.

Жаль, что функцинальные языки не используют для "математики". А без библиотек, одному, все не потянуть...

> А Вы за него платили? Мы - да. Но, суки, сырцы нам не давали. Дескать, Россия - вражья застава.

конечно платили, и так не слабо, я бы сказал

> Полное КВ - все равно отстой, поскольку корреляционная энергия сходится как 1/N^3 от числа базисных функций. А "толстые" базисы полное КВ даже на воде не потянет.

ГЫ, квантово-химические холиварсы, LOR-style :))

"Русские химики выбирают B3LYP" ?? :))

> "Русские химики выбирают B3LYP" ?? :))

Не, идите вы в баню с вашим б3-ЛЯПом. Русские физики, то есть, тьфу, химики, выбирают MCQDPT2!

> MPQC - руль, я с Шеррилом о нем разговаривал, однако народу его тянет мало и умеет он тоже немного. Хотя идея уж больно аппетитная.

+10, GPL quantum chemistry codes это круто, именно так и должна делаться наука. К сожалению ни у MPQC ни у PSI комюнити нет ниакого, да и пользовательской бзазы тоже практически :(

> PSI комюнити нет ниакого, да и пользовательской бзазы тоже практически :(

Я! Я, в пользовательском коммюнити этой программы! :) Очень хорошая программа. Без выпендрежа - связанные кластеры на любых референсах, аналитические градиенты, м-м-м-м...

Еще из неплохих бесплатных - nwchem.

Кстати, nmchm'овцы, наверное, одни из первых стали писать код для сложных методов автоматически. Скажем диаграмм в CCSDT и CCSDTQ у них сделанны именно так. Метапрограммирование! Вообще жаль, что ученый мир пишет на Фортране - действительно _сложные_ проблемы на нем решать - сущая каторга.

>>Русские физики, то есть, тьфу, химики, выбирают MCQDPT2!

А разве не С2H5OH?

> Без выпендрежа - связанные кластеры на любых референсах, аналитические градиенты, м-м-м-м...

градиенты аналитические, да, но только когда все элктроны коррелируются, frozen-core нет, так что увы не очень...

> Кстати, nmchm'овцы, наверное, одни из первых стали писать код для сложных методов автоматически. Скажем диаграмм в CCSDT и CCSDTQ у них сделанны именно так. Метапрограммирование! Вообще жаль, что ученый мир пишет на Фортране - действительно _сложные_ проблемы на нем решать - сущая каторга.

ага, на питоне генератор фортрановского кода. Правда они не сами писали, а народ из CS подрядили. Правда все-таки ручками писанный молпро быстрее чем генеренный CC код в nmchm

> градиенты аналитические, да, но только когда все элктроны коррелируются, frozen-core нет, так что увы не очень...

ну, не бывает бочки меда без ложки дегтя :) Все равно очень неплохо, тем более, что на легких атомах это не такая страшная плата за "анадитичность" :)

> ага, на питоне генератор фортрановского кода. Правда они не сами писали, а народ из CS подрядили. Правда все-таки ручками писанный молпро быстрее чем генеренный CC код в nmchm

CS - это Computer Science? Нет, понятно, что "ручками" можно сделать быстрее. Беда (с моей точки зрения) в том, что сложность кода такова, что написанное вручную можно отлаживать годами, да и на само написание уйдут человеко-годы... Сложно, слишком сложно.

> А разве не С2H5OH?

Не, это синтетики, ака говновары, выбирают :)

Нет, наши часто путают C2H5OH с (CH3)2O