Молекулярно моделируем по-тихоньку

> Нет, наши часто путают C2H5OH с (CH3)2O

ну, физхимики бывает тоже путают. Мой бывший научрук как-то спирт жидким азотом охлаждал, а потом не ту склянку взял, с ацтоном. Первый камент от выпивающих был: 'что-то спирт какой-то не вкусный на этот раз'. Про ацетон поняли уже позже, когда жидкось отогрелась и начала пахнуть.

:) Мде, на моей памяти из такых вот случаев - разве что попытка одной, эээ, натуральной блондинки приправить салат серной кислотой вместо подсолнечного масла (типа цвет и консистенция показались теми же, а она и не заметила), да вечные попытки реализовать поговорку "Если хочешь стать уродом - в кислоту налей ты воду" под предлогом разбавления первой.

> Не, это синтетики, ака говновары, выбирают :) Не хороший человек! так органиков обозвать! Да без нашего говна тебя б никто и считать ничего не просил! :)

> Нехороший человек! так органиков обозвать! Да без нашего говна тебя б никто и считать ничего не просил! :)

А кто сказал, что я органику считаю? Нет, как раз наоборот - нерганику :)

А "говновар" - это не оскорбление, а род деятельности :)

>Нет, наши часто путают C2H5OH с (CH3)2O

серный эфир это совсем не так вкусно как метилкарбинол =)

Обычно у органиков после отгонки растворителей говно и получается, присохшее к колбе- так что конечно говновары, но не прямо ж вот так при людях! %)

> Нашёл с чем сравнить! HyperChem уже стал реально трёхмерным?

http://www.hyper.com/products/Professional/index.htm

В ленинградском универе в свое время дихлорэтан выпили. тока это физики были

> А кто сказал, что я органику считаю? Нет, как раз наоборот - нерганику :)

Я считаю и то и другое - мне утопицца? ;)

Да, а что касается "медленного" PyMOL - нефиг было запускать удаленно :)

Трёхмерность в нём уже достаточно давно, а смысл? Чего в нём вообще есть хорошего, чтобы деньгу на него тратить?

> Трёхмерность в нём уже достаточно давно, а смысл? Чего в нём вообще есть хорошего, чтобы деньгу на него тратить?

+1

простите за резкость - HyperChem это первейший показатель ламерства. Да, и к стати, он Win-only

Win && mac only AFAIK.

+ древняя unsupported, зато бесплатная версия под Irix.

> его в нём вообще есть хорошего, чтобы деньгу на него тратить?

Да кто ж на него деньгу-то тратит, родной :)

Тогда другой вопрос --- нафига пользоваться кривым спираченным проприетарным поделием, если вся его функциональность есть в свободно доступном софте.

Может кто-нибудь из расчётчиков пояснить мне обычным русским языком, что такое "интеракции"?

> А разве не С2H5OH?

А чего его выбирать? Стоит себе на полке, достаём, когда надо. Но нормальная водка всё равно лучше, если внутрь принимать.

> Не, это синтетики, ака говновары, выбирают :)

Говновары или нет, мы реальное вещество получают, и реальные свойства меряют. А расчётчики пока что занимаются всякой фантастикой, типа бесконечных цепочек из атомов водорода и кластеров из пяти молекул воды в вакууме. Физики, одним словом.

>>А чего его выбирать? Стоит себе на полке, достаём, когда надо.

Вот и хорошо. А то я после таких страшных слов (MCQDPT2) было решил, что химики уже поголовно на синтетику перешли.

> Вот и хорошо. А то я после таких страшных слов (MCQDPT2) было решил, что химики уже поголовно на синтетику перешли.

Ну что мы, не люди что ли? Хотя бывает иногда кого-то достаёт ждать, когда догон принесут, берут и разводят.

Я один раз так попал. Пришёл с занятий, ничего не ел почти весь день, а тут в лабе праздник. То ли защитился кто, то ли очередное 8-е марта было, не помню. Так я успел только дошираку купить в институтском буфете перед его закрытием. Так вот как раз в ожидании догона, более старший товарищ и предоржил развести. Ну и развели милилитров 200. Как ребята с догоном пришли помню, а как уже до дому шёл -- нет. Хорошо пятница была, а то почти всё субботу провалялся в постели. Только к вечеру боле-менее ходить начал. Так что спиртом теперь стараюсь не баловаться, особенно на голодный желудок.

>> Нет, наши часто путают C2H5OH с (CH3)2O

Что-то мне кажется, что спирт с диметиловым эфиром трудно спутать. Или подразумевался ацетон, который (CH3)2CO?

> ну, физхимики бывает тоже путают. Мой бывший научрук как-то спирт жидким азотом охлаждал, а потом не ту склянку взял, с ацтоном. Первый камент от выпивающих был: 'что-то спирт какой-то не вкусный на этот раз'. Про ацетон поняли уже позже, когда жидкось отогрелась и начала пахнуть.

У нас как-то чуть чайку с метанолом не попили. Поставили фляги с метанолом рядом с флягами с водой (а использовали для обоих жидкостей пятилитровые пластиковые банки от "Чистой воды"). А незнающий человек вскипятил чайник с этим делом. Хорошо не сильно разбавленный раствор получился, запах учуяли и пить не стали.

А как-то давно, ещё до меня, один сотрудик взешивал цианид калия на весах, а другой поставил рядом кружку с чаем. Так первый в неё просыпал цианиду, но заметил и травить товарища не стал. :)

>Физики, одним словом.

Не физики, а теоретики. Вон я второй год шаманю моделирование реальной структуры, которую взять и померить как два пальца об асфальт.

> Тогда другой вопрос --- нафига пользоваться кривым спираченным проприетарным поделием, если вся его функциональность есть в свободно доступном софте.

Приезжай в гости, научи пользоваться - выкинем все кривые пропираченные. А так - нам некогда, работать надо.

> Говновары или нет, мы реальное вещество получают, и реальные свойства меряют. А расчётчики пока что занимаются всякой фантастикой, типа бесконечных цепочек из атомов водорода и кластеров из пяти молекул воды в вакууме. Физики, одним словом.

За всех говорим или только за избранных? Я вот считаю диффузию вполне реальных газов во вполне реальные кристаллы. И вполне реально потом проверяю вполне реальными методами. И уже почти написал вполне реальный диссер.

> За всех говорим или только за избранных? Я вот считаю диффузию вполне реальных газов во вполне реальные кристаллы. И вполне реально потом проверяю вполне реальными методами. И уже почти написал вполне реальный диссер.

А как считаете. И только ли проверяете, или есть элементы подгонки?

Вообще, я имел в виду квантовохимические расчёты. Ну там молекулярные орбитали посчитать и из них вывести спекрт поглощения, например.

>> Физики, одним словом.

> Не физики, а теоретики. Вон я второй год шаманю моделирование реальной структуры, которую взять и померить как два пальца об асфальт.

Физики, физики. Химия там, где человек работает с веществом, проводит химические реакции. А для расчётов химию знать не надо. Там всё на основе математики и физики.

Кстати, а что за структуры, каких размеров?

Был я у вас --- не понравилось. Теперь лучше как-нибудь вы к нам.

>Физики, физики.

Я и есть физик (даже по диплому).

>Кстати, а что за структуры, каких размеров?

Плёнки Ленгмюра --- Блоджетт, размеры большие, правда там периодичность при плотной упаковке хорошая, можно с большой долей вероятности рассматривать её как двумерный кристалл. Сейчас ковыряюсь с сорбционными свойствами и электричеством. Экспериментальная часть уже местами есть, теперь надо всё в порядок привести и провести аккуратную серию измерений для диссертации. Теоретическая как раз в самом разгаре, сегодня опять свежий софт ковырял, искал что-нибудь, что кристаллы хорошо считает.

> А для расчётов химию знать не надо. Там всё на основе математики и физики.

вызывающе неверная инфа. Химия это прежде всего стиль мышления, а не то что кто-то 'работает с веществом, проводит химические реакции' или кнопки давит. Могократно видел когда физики брались за моедлировние хим реакций или чего-то подобного - ничего толкового из этого не выходило.

>Могократно видел когда физики брались за моедлировние хим реакций или чего-то подобного - ничего толкового из этого не выходило.

Сейчас придёт дайхард и опять устроит флейм "Шредингер vs Дирак."

> Теоретическая как раз в самом разгаре, сегодня опять свежий софт ковырял, искал что-нибудь, что кристаллы хорошо считает.

Ну и как, нашли что-нибудь? Мне интересно, как химику.

> Сейчас придёт дайхард и опять устроит флейм "Шредингер vs Дирак."

В смысле нерелятивистика против релятивистики, или есть ещё какие-то отличия между ними?

http://www.nsccs.ac.uk/software_materials.php --- только сегодня не мой день --- из того, что найти получилось, ничего не завелось. Буду в понедельник в универе ковырятся.

>> А для расчётов химию знать не надо. Там всё на основе математики и физики.

> вызывающе неверная инфа. Химия это прежде всего стиль мышления, а не то что кто-то 'работает с веществом, проводит химические реакции' или кнопки давит. Могократно видел когда физики брались за моедлировние хим реакций или чего-то подобного - ничего толкового из этого не выходило.

Ну, конечно же есть своя специфика и некоторое представление о химических процассах иметь надо. Но собственно химии, как науки о взаимном превращении веществ, там мало.

> http://www.nsccs.ac.uk/software_materials.php --- только сегодня не мой день --- из того, что найти получилось, ничего не завелось. Буду в понедельник в универе ковырятся.

Cerius2 у нас тут есть. Всё никак руки не дойдут посмотреть поподробнее, что он умеет. Вроде бы даже изотерму сорбции можно посчитать.

> Ну, конечно же есть своя специфика и некоторое представление о химических процассах иметь надо. Но собственно химии, как науки о взаимном превращении веществ, там мало.

провести расчет дело не хитрое (относительно конечно, правильный подбор метода очень важен), самое главное как интерпретировать полученные результаты.

А такие вещи как например подобрать начальную геометрию для переходного состояния или актив спейс для CASSCF-расчета тат тут без этой самой 'химической интуиции' никуда.

> Сейчас придёт дайхард и опять устроит флейм "Шредингер vs Дирак."

Дирак рулит! А Шредингер - решает.

Я не теоретик, но AFAIK спин в уравнении Дирака. В расчётах по Шредингеру он учитывается через принцип запрета Паули.

да, так оно и есть

> да, так оно и есть

То есть, всё же релятивистика.

Вроде в ccl проскакивал решатель для Дирака.

> А как считаете. И только ли проверяете, или есть элементы подгонки?

Считаю адсорбцию. Вопрос такой: пролезет молекула или не пролезет. Причем в условиях динамического растяжения-сжатия. Кристаллы кварца, чистый кремний, ниобат лития... Больше пьезоэлектрики.

Все это потом проверяется разными способами.

Вторая задача - то же самое для полимеров. Плюс взаимодействия молекул с реагентами, функционализирующими полимер.

Самое интересное - в нашем НИИ разработан метод, позволяющий учитывать раздельно энергии физадсорбции и хемосорбции, что практически не достижимо до сих пор => результаты расчетов чистой физадсорбции в таком случае проверяются гораздо лучше.

> Вообще, я имел в виду квантовохимические расчёты. Ну там молекулярные орбитали посчитать и из них вывести спекрт поглощения, например.

Ну практической задачи такой нет - лаборатория спектроскопии как-никак может себе позволить просто спектр снять чего угодно. :

> Вроде бы даже изотерму сорбции можно посчитать.

По видимому приближенно. Причем не потому, что методы приближенные, а потому, что саму изотерму измеряют приближенно.

> Ну практической задачи такой нет - лаборатория спектроскопии как-никак может себе позволить просто спектр снять чего угодно.

Неправда Ваша. Смысл расчетов спектров есть, ибо не все состояния молекул, даже обычных, достижимы в эксперименте. Я знаю расчетчиков, которые кормятся расчетом спектров молекул и ионов для нужд астрономии - изучения молекулярных облаков, атмосфер звезд, молекул в межзвездном пространстве и в атмосферах планет. Не так просто воспроизвести в лаборатории плотность материи в 50 молекув в м3 или в сильных магнитных полях при миллионных температурах.

>> Вообще, я имел в виду квантовохимические расчёты. Ну там молекулярные орбитали посчитать и из них вывести спекрт поглощения, например.

> Ну практической задачи такой нет - лаборатория спектроскопии как-никак может себе позволить просто спектр снять чего угодно.

Ну, изотерму адсорбции померять тоже проблем не вызывает. Но дело не в этом.

Не всегда известна структура, строение того или иного вещества, молекулы, иона. И если для определения молекулярной структуры органических веществ вполле бывает достаточно двумерного ЯМР и масс-спектрометрии, то для неорганических молекул/ионов данные методы не дают почти никакой информации о строении. А дифракционные методы не всегда доступны.

Поэтому, если бы можно было моделировать различные структуры и считать для них всякие спектральные характеристики, то это был бы выход. Посчитал несколько моделей, выписал спектры, сравнил с экспериментом и выбрал правильную модель или модели.

>> Вроде бы даже изотерму сорбции можно посчитать.

> По видимому приближенно. Причем не потому, что методы приближенные, а потому, что саму изотерму измеряют приближенно.

Ну, для практического применения, точности в 1 мл/г мне кажется вполне достаточно (во всяком случае для микропористых материалов).

> Поэтому, если бы можно было моделировать различные структуры и считать для них всякие спектральные характеристики, то это был бы выход. Посчитал несколько моделей, выписал спектры, сравнил с экспериментом и выбрал правильную модель или модели.

в принципе так часто и делают

> Неправда Ваша. Смысл расчетов спектров есть, ибо не все состояния молекул, даже обычных, достижимы в эксперименте.

Слово "практической" по ЛОРовской традиции пропущено?

> Не всегда известна структура, строение того или иного вещества, молекулы, иона.

У нас несколько другие задачи, опять же. Мы прекрасно знаем, что там получилось, остается только расшифровать спектр. Я ж не говорю, что рассчитывать спектры - бесполезное дело :)