Что с российской вакциной от ковида?

Есть определенные стандарты разработки и постановки PCR-тестов. Они признаются всеми специалистами. И соблюдение этих стандартов гарантирует точность тестов. В том числе и благодаря внутренним позитивным и негативным контролям. Для специалистов этого достаточно.

«Вот мы тут сделали средство измерения. Мы его не тестировали во всём диапазоне измерения и не поверяли, но оно совершенно точно всё измеряет правильно, потому что мы же его рассчитали чтобы он измерял правильно. Для специалистов этого достаточно, а кто нам, специалистам, не верит и требует каких-то там экспериментальных доказательств работоспособности - некомпетентен, вообще не врач и, в общем-то, идёт в жопу». Да я блин даже какой-нибудь сраный безмен у таких прохвостов не куплю, и уж точно не буду доверять показаниям такого безмена, даже если я абсолютно ничего не понимаю в производстве безменов.

Простой вопрос - если в исходном образце будет не РНК в которой есть соответствующие primer’ам и probe кусочки, а ДНК у которой есть точно такие же кусочки - сработает ли и что покажет RT-PCR тест?

Т.е. в итоге, вся нынешняя весьма спорная ситуация с пандемией - это чисто вопрос веры.

С таким подходом нужно начинать точить ножи на всю науку в целом.

Лично у меня нет возможности проверить достоверность результатов экспериментов с БАК, которые предоставляют ЦЕРН. Они могут хоть заявить, что в атомах живут крошечные гномики и я, не смотря абсурдность такого заявления, никак не смогу это опровергнуть, разве что свой БАК построю и повторю эксперименты.

Ситуацию же с пандемией возможно примерно оценить самостоятельно даже одному человеку. Иди и смотри.

Можно даже самостоятельно ПЦР тестирование проводить. И самому вирус выделять и изучать, если очень хочется, хотя и все это требует дорогостоящего оборудования, расходных материалов и большого количества времени. Но даже это все равно реальнее, чем построить БАК во дворе.

Если предоставить вам любые доказательства относительно реальности пандемии или надежности ПЦР исследования в качестве метода выявления инфицированных, вы все равно можете заявить, что это ложь.

Кто-то сомневается в существовании Covid-19? Сомневаться в тысячах ПЦР, в методе, который позволяет выявлять в образцах любые новые неизученные вирусы, это что-то новое

С таким подходом нужно начинать точить ножи на всю науку в целом

Не раз замечал, что противники 5G и вакцин очень слабо разбираются в радиотехнике и биологии, слабо понимают как работает научный метод

Надо передать молодой некурящей родственнице, что ее поражение легких - это показалось, можно не лечиться от этого, что пандемия вымышлена

Мы его не тестировали во всём диапазоне измерения и не поверяли

Откуда Вы это взяли? Я Вам несколько раз уже говорил, что при разработке PCR-тестов существуют довольно жесткие стандарты, в том числе и контроли специфичности тестов. Любой PCR-тест, с помощью которого получают результаты, годные для публикации в приличных журналах, обязан соответствовать этим стандартам. Я уж не говорю о коммерческих тест-системах, используемых для диагностики.

и требует каких-то там экспериментальных доказательств работоспособности - некомпетентен

Проблема в том, что чтобы разобраться с доказательствами, нужно быть специалистом (понимать особенности метода, основанного на PCR). Поэтому и получается, что для специалистов доказательств достаточно. А остальные их просто не воспринимают, им остается только верить. И как уже писал выше, это далеко не уникальная ситуация. Например, я на 100% уверен, что Вы не в состоянии воспроизвести доказательство теоремы Ферма, более того, скорее всего, никогда целиком его даже не видели, но вряд ли сомневаетесь в истинности самого утверждения. Почему? Потому что доверяете тем математикам, которые разобрались в доказательстве и подтвердили его правильность.

Получается, одним исследователям (математикам) Вы верите, а другим (вирусологи) - нет. Что это, как не полнейшая субъективность?

и уж точно не буду доверять показаниям такого безмена

Ну вот видите, Вы безмену не доверяете, кто-то верит в заговор производителей оборудования для связи 5G, кто-то вообще в плоскую Землю верит. Все это явления одного порядка, увы :(.

если в исходном образце будет не РНК в которой есть соответствующие primer’ам и probe кусочки, а ДНК у которой есть точно такие же кусочки - сработает ли и что покажет RT-PCR тест?

Да, конечно, сработает. PCR вообще всегда с ДНК проводится. В случае коронавируса перед собственно PCR проводят реакцию обратной транскрипции, когда с помощью фермента ревертазы (другое название - обратная транскриптаза) синтезируют ДНК-копию вирусной РНК.

Другой вопрос, что РНК при выделении обрабатывают ферментом ДНКазой I, которая разрушает все примеси ДНК перед стадией обратной транскрипции.

Обычно контаминация образцов (которая и является причиной ложнопозитивных сигналов) происходит позже, непосредственно при постановке PCR.

Сомневаться в тысячах ПЦР, в методе, который позволяет выявлять в образцах любые новые неизученные вирусы, это что-то новое

Вы просто перечитайте тред - именно в этом методе (его специфичности) и сомневается Stanson.

Спорить с ним я не буду. Допустим 1 тест будет ошибочный. Неужели ошибочны и тысячи других? Может метод и подвержен тому чтобы видеть первую попавшуюся примесь, но чтобы увидел то что не существует - это странно

Допустим 1 тест будет ошибочный. Неужели ошибочны и тысячи других?

Разумеется, нет. Тем более, что все положительные результаты перепроверяются еще раз.

Лично у меня нет возможности проверить достоверность результатов экспериментов с БАК, которые предоставляют ЦЕРН.

Отличный пример. Есть теория, которая предсказывает, что при определённых условиях будут происходить определённые явления. Математически верная теория, безошибочная. И тут эти глупые учёные, которым почему-то мало математических доказательств, тратят миллиарды, просто чтобы реально убедиться что эти явления при этих условиях действительно будут происходить.

А вот биохимики - они гораздо умнее. Они не будут производить тестирование только что рассчитанного PCR-теста, чтобы убедиться что он в реальных условиях действительно детектирует то, для чего его сделали и не срабатывает на всё остально. Нафиг тратиться на какие-то там тесты и проверки, всё же верно, специалистам же понятно, можно без каких-либо экпериментальных доказательств сразу применять и принимать результаты за чистую монету.

Если предоставить вам любые доказательства относительно реальности пандемии или надежности ПЦР исследования в качестве метода выявления инфицированных, вы все равно можете заявить, что это ложь.

Наверно могу, да, но проблема не в том, что доказательства мне предоставили, а я всё разно заявил. Проблема в том, что доказательств-то этих нету.

Теоретики предсказали существование бозона Хиггса. Если бы физики не озаботились постройкой адронного коллайдера и не поймали бы бозон в реале, то теория о бозоне Хиггса так и осталась бы непроверенной, хотя и математически верной теорией.

Так и PCR-тест. Пока нет надёжного экспериментального доказательства того, что он детектирует только и исключительно SARS-Cov-2, то, что PCR-тест детектирует SARS-Cov-2 - всего лишь непроверенная теория, которая может быть как верной, так и ложной.

Пока нет надёжного экспериментального доказательства того, что он детектирует только и исключительно SARS-Cov-2, то, что PCR-тест детектирует SARS-Cov-2 - всего лишь непроверенная теория, которая может быть как верной, так и ложной

Прошу прощения друг, но ты пишешь странные вещи. Что такое ПЦР и что такое праймеры? В криминалистике ты сам знаешь какие праймеры используются. Так вот, на Covid-19 тоже есть специфические праймеры

Должно быть ты говоришь что ПЦР срабатывает на другой вирус с похожими участками?

Надеюсь, ты не пытаешься отрицать что геном Covid-19 хотя бы раз был секвенирован и там увидели что это новый вирус

Я Вам несколько раз уже говорил, что при разработке PCR-тестов существуют довольно жесткие стандарты, в том числе и контроли специфичности тестов.

Я тоже могу сказать, что вот этот вот детектор ЭМ полей с частотой 2.4ГГц на 146% должен работать и ему на 146% надо доверять без всяких там независимых экспериментальных проверок.

Вот только это ни одного нормального человека, и, тем более специалиста ни разу не убедит, без всесторонних тестов по всему диапазону частот. И только тогда, когда экспериментально будет доказано, что этот детектор действительно ловит только 2.4ГГц и не реагирует на присутствие других частот и их сочетаний, только тогда и специалисты и просто потребители мне поверят. И нет, теста в виде «вот включили 2.4ГГц - оно пикает, выключили 2.4ГГц - перестало пикать» не будет достаточно вообще ни разу. Ещё надо доказать, что он не реагирует ни на какие другие частоты. И то, что он не реагирует на 5ГГц - не является доказательством. Все - значит все. И вот только тогда можно будет говорить о работоспособности и избирательности. И да, каждый сделанный мной детектор надо будет проверять.

Так что вот эти вот «PCR-тест на SARS-Cov-2 работает, потому что должен работать» - чушь собачья, потому что никто не видел ни одного экспериментального доказательства этого. Можно сколько угодно заливать про «тесты на специфичность и пр.», но если нету нету вообще ни результатов этих тестов, ни даже описания методики их проведения, то ивините, в работоспособность этих тестов можно только верить.

Отдельно о «специалистах», которые «просто знают что он работает». Это не специалисты вовсе. Если какому-нибудь совсем уж тупому лошку я может и смогу впарить свой новоиспечённый детектор ЭМ поля 2.4ГГц, то абсолютно любой специалист, хоть что-то понимающий в электронике просто обязан протребовать всесторонней экспериментальной натурной проверки детектора во всех возможных условиях. Иначе это не специалист, а жулик.

Так вот, на Covid-19 тоже есть специфические праймеры

Во-первых, COVID-16 - это болезнь, предположительно вызываемая вирусом SARS-Cov-2. Поэтому праймеров на COVID-19 вообще быть не может.

А во-вторых, где экспериментальные доказательства, что эти праймеры специфичны только и исключительно для SARS-Cov-2?

Надеюсь, ты не пытаешься отрицать что геном Covid-19 хотя бы раз был секвенирован и там увидели что это новый вирус

Это отдельный и очень занимательный вопрос, на самом деле. Вкратце - на самом деле секвенировали непонятно что. Ни одной статьи о том, что вирус был изолирован и полностью очищен чтобы быть уверенным, что секвенируется РНК только и именно этого вируса а не что либо другое - нет. Вообще. Секвенировали РНК из «грязных» образцов, в которых содержались частицы какого-то коронавируса. На выходе получили несколько известных, и ранее неизвестную РНК. Ранее неизвестную объявили принадлежащей вирусу. По-уму, это лишь первая, и явно недостаточная стадия доказательства, что РНК принадлежит конкретному вирусу. Но почему-то на этом всё остановилось. Так что….

Тем более, что все положительные результаты перепроверяются еще раз.

И вот опять. Положительные результаты чего? Того, что в образце нашлись кусочки РНК которые есть и у SARS-Cov-2? Но это вовсе не доказательство наличия SARS-Cov-2 потому что никто не доказал, что таких кусочков не может быть в чём-то другом.

В «Евегнии Онегине» А.С.Пушкина встречаются слова «честных», «занемог», «государство». Значит ли это, что любой текст, в котором встречаются эти слова является «Евгением Онегиным» Пушкина?

А во-вторых, где экспериментальные доказательства, что эти праймеры специфичны только и исключительно для SARS-Cov-2?

Есть секвенированный геном SARS-Cov-2, дать ссылку на файл? Видно чем он отличается от других, и от своих же копий (где мутации). Может есть еще другая болезнь с таким же маркером, но про такую неизвестно ничего еще

Но ты не переживай, Covid-19 подтверждают еще и по другим признакам, и по снимкам и другими путями. Нет оснований полагать что это какая-то не так болезнь, симптомы очень специфичны, родственники мои попали на этот ковид-19! Ты понимаешь что они подтверждают что это реально что не такое что было раньше, не так, как было десятки лет до этого!

Так что пандемия неизвестной болезни, как ее ни называй, подтверждают и мои родственники и коллеги и их знакомые, то что теряется обоняние и болит горло - факт, то что нет соплей - факт

Ни одной статьи о том, что вирус был изолирован и полностью очищен чтобы быть уверенным, что секвенируется РНК только и именно этого вируса а не что либо другое - нет.

Напомню, что культурой вируса в экспериментальных целях заражают ткани и животных. Если вы утверждаете, что вирус не был выделен, то тогда что используют в эксперементах?

Но это вовсе не доказательство наличия SARS-Cov-2 потому что никто не доказал, что таких кусочков не может быть в чём-то другом

ВСЕ известные вирусы, без исключения, содержатся в базах данных, и у них есть специфичные фрагменты у каждого, и уж у SARS-Cov-2 тоже такой участок есть, что и делает его столь заразным и вредным

Я вот сомневаюсь в полетах на луну потому что сделала одна страна и 50 лет не повторяет, но ковид-19 независимо исследован в десятках стран, нет оснований полагать что это глобальный заговор

По крайней мере я рад, что у меня еще остались остатки здравого смысла, чтобы хоть вот что-то верить

Ни одной статьи о том, что вирус был изолирован и полностью очищен чтобы быть уверенным, что секвенируется РНК только и именно этого вируса а не что либо другое - нет

А как по-твоему открывали новые вирусы? Есть методики загребать все мыслимые фрагменты ДНК в почве в воде, в которых всё еще много неизвестных вирусов

Анализируя пробы больных новой болезнью увидели неизвестный вирус, выяснили что он похож на прежние, увидели чем он отличается от прежних

Сравнение геномов показывает что это новый вирус и что на него можно сделать праймеры

Да у нас даже есть российская программа по склеиванию участков с целью поиска новых фрагментов неизвестных организмов и тем более вирусов. Даже она показала что ковид-19 это новый вирус, отличающийся от ранее известных

Вспомни как сомневались в существовании ВИЧ, так же история. Но почему то теперь никто не сомневается

Что такое ПЦР и что такое праймеры?

Это достаточно просто и генинально. Потому как специалисты тут неспособны или не желают рассказывать что это и как работает, расскажу я.

ДНК представляет собой двойную спираль в виде лесенки, где каждая «ступенька» состоят из пары нуклеотидов. Всего в ДНК «применяется» 4 нуклеотида - A, C, G, T. Нуклеотид A может соединяться с Т чтобы образовать ступеньку, а нуклеотид С с G, и наоборот - Т-A и C-G. Таким образом, в ДНК храниться информация, причём из-за того, что спираль двойная она хранится с резервированием. Это как хранить файл и его XOR.

Суть PCR состоит в следующем - берём ДНК и разрываем её ступеньки пополам. Получаются 2 половинки с торчащими штырьками, каждый штырёк - это один из нуклеотидов A,C,G,T. Существует вещество, ДНК-полимераза, которое умеет присоединять к этим штырькам соответствующие недостающие нуклеотиды - к A присоединяет T, к С - G и наоборот. Если натравить его на обе части разорванной «лесенки» ДНК, то в результате получится 2 одинаковых ДНК. Так же, как если взять файл и его XOR, и поXORить обе части ещё раз. Получим 2 одинаковых комплекта файл-егоXOR.

ДНК-полимераза в PCR-тесте начинает работать только если к половинке лесенке уже присоединён некий кусочек, образец с несколькими соответствующими исходной ДНК штырьками и хвостиком, который заставляет ДНК-полимеразу продолжить этот кусок в соответствии с остальными штырьками половинки ДНК. Этот кусочек с хвостиком и есть «праймер». Если в ДНК есть кусочек с последовательностью нуклеотидов соответствующих последовательности праймера, то праймер присоединяется и полимераза начинает работать. Если праймер не может присоединиться к ДНК, ну нет в ней такой последовательности, то полимеразе похер на такую ДНК.

В общем, в раствор с ДНК добавляется ДНК-полимераза, набор нуклеотидов и праймеры. ДНК расщепляется, праймеры присоединяются к соответствующим участкам ДНК, а полимераза завершает копирование. Получается 2 одинаковых ДНК. Это один цикл. Этот цикл повторяют много-много раз, чтобы размножить исходную ДНК в геометрической прогресии. И вот для чего:

Есть ещё индикатор - аналогичный праймеру кусочек, но в который добавлен краситель, который активируется при присоединении. Если этот индикатор присоединится лишь к двум половинкам ДНК, то изменение цвета мы не увидим - это всего 2 молекулы. Но если ДНК была многократно размножена, то окрасится значительное количество молекул и окраску можно будет увидеть невооружённым глазом. Для этого и размножают ДНК.

При проведении теста с РНК, из неё сначала делают ДНК, и потом уже запускают циклы реакции.

Вот вся несложная суть PCR-теста для чайников.

Предполагается, что если выбрать последовательности нуклеотидов в праймерах и индикаторе правильно, то они будут цепляться только и исключительно к определённой ДНК, а к другим не будут. Однако, несложно догадаться, что из-за того, что праймер и индикатор намного короче ДНК, то запросто может оказаться, что PCR-тест среагирует не только на искомую ДНК, но и на любые другие ДНК в которых есть аналогичное сочетание последовательностей использованных для праймеров и индикатора. И вот эту возможность, ничем кроме экмпериментальных проверок отбросить невозможно, потому что далеко не все возможные ДНК и РНК секвенированы.

Кроме того, на процесс влияют ещё куча разных факторов, в том числе и количество циклов, уж не говоря о температуре, pH, наличии примесей и т.п.

Так что без экспериментального подтверждения работоспособности и избирательности заявлять, что PCR-тест точно обнаруживает SARS-Cov-2 и ни что иное - как минимум абсолютно ненаучно, хотя бы потому, что нет никакой гарантии, что на каждый имеющийся вариант комбинации праймеров и индикаторов не найдётся какой-нибудь безвредный вирус с аналогичными соответствующими кусочками, потому что секвенированы РНК лишь малой части существующих вирусов, в основном тех, которые вызывают каки-либо заболевания с явными симптомами. Даже вирусов вызывающих насморк может быть намного больше, чем известно человечеству, уж не говоря о тех, которые не вызывают вообще ничего явного. Поэтому совершенно невозможно как-либо теоретически доказать, что конкретный PCR-тест избирателен только и исключительно для конкретного вируса. Для этого придётся секвенировать абсолютно все ДНК и РНК всех живых и неживых (вирусов) существ на планете, что по очевидным причинам нереально.

ВСЕ известные вирусы, без исключения, содержатся в базах данных

Проблема в том, что неизвестных может быть даже не в разы, а на порядки больше, чем известных.

Даже она показала что ковид-19 это новый вирус, отличающийся от ранее известных

Тебе опять наврали. Ковид-19 это вообще не вирус. Это заболевание, предположительно вызываемое коронавирусом. И да, SARS-Cov-2 очень незначительно отличается как от загадочного RaTG13 из которого его вроде бы сделали, так и от коронавирусов ZC45 и ZX21, данные о которых есть в базах.

Вспомни как сомневались в существовании ВИЧ, так же история. Но почему то теперь никто не сомневается

Вообще-то, и сейчас есть сомнения, что СПИД вызывается именно ВИЧ. Сам изобретатель PCR-теста, ноблевский лауреат Кэри Мюллис был противником этой теории до самой смерти, которая случилась, внезапно, в 2019 году, аккурат перед началом коронабесия в котором для постановки диагнозов широко используется его PCR-тест. При этом очень интересно, что сам изобретатель PCR-теста всегда был категорически против его использования в целях диагностики заболеваний.

Извини, но нобелевскому лауреату который реально изобрёл клёвую практическую биохимическую методу я доверяю гораздо больше, чем биохимикам, которым никакие экспериментальные подтверждения не нужны. Так что для начала придётся всё-же доказать, что именно ВИЧ вызывает СПИД.

Напомню, что культурой вируса в экспериментальных целях заражают ткани и животных. Если вы утверждаете, что вирус не был выделен, то тогда что используют в эксперементах?

Судя по немногим имеющимся в работах снимкам, используют образцы тканей в которых присутствуют какие-то коронавирусы. Т.е. в использованных образцах не только предположительно новый вирус, но ещё и куча биологических тканей использованных для размножения вируса, и хрен знает что ещё.

Но это вовсе не доказательство наличия SARS-Cov-2 потому что никто не доказал, что таких кусочков не может быть в чём-то другом.

Чайник Рассела, гражданин, чайник Рассела. Доказывать надо не то, что подобных кусочков не может быть в чем-то другом, а что может. Если эти кусочки позволяют надежно дифференцировать вирус от других известных вирусов, то эти кусочки признаются надежными маркерами до обнаружения другого вируса, который будет так же обнаруживаться по данным признакам.

Когда найдем - будет думать, как изменить тест так, что бы избежать ложно-положительного срабатывания.

Что ж, благодарю за развернутый ответ, прочитал всё. Есть опыт работы в этой области? У меня такого опыта нет, но я жадно полгощаю литературу на все подобные темы, равно как и научпоп по другим направлениям. Как работает ПЦР я читал в разных книгах разным языком изложено, такой метод действительно стоит того, чтобы с ним познакомиться

Однако, предположу, что в мире существуют разные методы секвенирования, и ПЦР не единственный. Есть новые дешевые методы, которые требуют нескольких проходов, чтобы мажоритарно установить истинный геном (ошибается)

То что вирусов на порядки больше больше открытых и занесенных в базу - тоже не спорю

Не скажу что я понимаю больше других, но играет ли роль длина праймера? Далее, что вселяет уверенность в ковид-19, это то что те у кого есть симптомы у того часто ПЦР дает положительный результат, кто здоров - не дает. Мне кажется, мировая медицина нашла способ разрешить эту неопределенность и прийти к решению, что ковид-19 существует и что анализы достоверны

Наконец, антитела. Их ведь тоже изучили. Какой бы ни был там вирус, но антитела почему-то вырабатываются именно для вот таких S-белков, а не для других

Если эти кусочки позволяют надежно дифференцировать вирус от других известных вирусов, то эти кусочки признаются надежными маркерами до обнаружения другого вируса, который будет так же обнаруживаться по данным признакам.

Ну и как же был проверен факт «надёжного дифференцирования вируса»? Где экспериментальные исследования, доказывающие хотя бы что при гарантированном отсутствии этого конкретного вируса в образце тест не даёт false-positive?

Опять же, продолжая аналогию с детектором 2.4ГГц - чтобы удостовериться, что детектор работает, нужно хотя бы, для начала, убедиться экспериментально, что он детектирует 2.4ГГц и не срабатывает при отсутствии оной. Если даже таких исследований не опубликовано - то что говорить о тестировании избирательности при наличии других частот.

«Чайники Рассела» почему-то обязательно ищут для абсолютно любых детекторов и измерительных приборов, но по каким-то невероятным причинам это внезапно оказывается совершенно «неуместно» для теста на коронавирус.

Что за бред вообще вы несёте? Есть измерительная штуковина - будьте любезны выполнить экспериментальную проверку её работоспособности, сопоставляя результаты с результатами полученными другим способом или с результатами другой, эталонной штуки, для которой эта проверка уже была проведена. И сделать это надо не на одном и даже не на десяти образцах/величинах/etc.

Таких исследований нет. Ни одного.

Есть опыт работы в этой области?

Нет, но теоретически может появиться. Часто спрашивают про медицинские спектрофотометры, вот, думаем, может ими тоже заняться, а там и до PCR недалеко…

разные методы секвенирования, и ПЦР не единственный

ПЦР вообще не является методом секвенирования. Изначально это вообще тупо метод производства одинаковых ДНК для дальнейшего использования, а вовсе не метод детектирования наличия ДНК. И тем более не метод диагностики. Об этом его изобретатель неоднократно заявлял, пока не умер в 2019.

алее, что вселяет уверенность в ковид-19, это то что те у кого есть симптомы у того часто ПЦР дает положительный результат, кто здоров - не дает.

Это совершенно не соответствует действительности. И поэтому жулики из ВОЗ даже придумали совершенно новую сущность в медицине - «бессимптомный больной». Это те, у кого чудесный PCR-тест показал положительный результат при полном отсутствии каких-либо симптомов. И таких - очень значительная часть из всех протестированных. Если что, то болезни без симптомов принципиально быть не может. Вообще никак. Потому что болезнь - это нарушения нормальной жизнедеятельности организма, и эти нарушения называются симптомами. Нет симптомов - не может быть и речи о какой-либо болезни.

что ковид-19 существует и что анализы достоверны

Вот только нет вообще никаких научных доказательств связи положительного PCR-теста на SARS-Cov-2 с уже совершенно необъятным набором симптомов называемым COVID-19, уж не говоря о высасывании из пальца оксюморона про «бессимптомных больных».

Какой бы ни был там вирус, но антитела почему-то вырабатываются именно для вот таких S-белков, а не для других

И, почему-то, они есть у тех, кто никогда не болел ковидом. В том числе в донорской крови собранной до того, как мир узнал о новом коронавирусе. И я имею ввиду вовсе не до сообщения китайцев об обнаружении вируса, а до самого Event201.

Ну и как же был проверен факт «надёжного дифференцирования вируса»?

Хммм, дай подумать… Возможно, был расшифрован геном вируса, и были определены уникальные для него последовательности?

Где экспериментальные исследования, доказывающие хотя бы что при гарантированном отсутствии этого конкретного вируса в образце тест не даёт false-positive?

Я тебя, наверное, удивлю, не вероятность ошибок первого и второго рода остается всегда. Вопрос только в том, какой уровень ошибок считается приемлемым. Ну и вообще в рабочем протоколе. Не одними анализами ставится диагноз, как мне кажется.

Опять же, продожая аналогию с детектором 2.4ГГц - чтобы удостовериться, что детектор работает, нужно хотя бы, для начала, убедиться экспериментально, что он детектирует 2.4ГГц и не срабатывает при отсутствии оной. Если даже таких исследований не опубликовано - то что говорить о тестировании избирательности при наличии других частот.

Продолжая аналогию с детектором.

У нас есть некоторый детектор, который, как мы знаем из многочисленных экспериментальных проверок, работает. И мы им пользуемся, ловим на разных частотах всякое. В какой-то момент к нам прибегает доктор, и говорит, что нужно слушать на другой частоте, на которой раньше не слушали. Но она вполне себе в диапазоне. Что мы делаем? Правильно, крутим ручку, настраиваем детектор на нужную частоту и слушаем. Всё.

И даже больше тебе скажу. Поверка измерительного оборудования не требует проверки на ВСЕХ частотах. Тестовые протоколы включают в себя предельные частоты, некоторый набор частот между верхним и нижним пределом, и контроль избирательности. Ну и оценка допустимых отклонений.

«Чайники Рассела» почему-то обязательно ищут для абсолютно любых детекторов и измерительных приборов, но по каким-то невероятным причинам это оказывается совершенно «неуместно» для теста на коронавирус.

Я тебе напомню, что мой комментарий относился к твоему требованию доказать, что ПЦР-тест не может дать положительный результат на sars-cov-2 при условии заражения образца другим вирусом.

Так вот. Есть геном вируса. Есть результаты ПЦР-тестов. Результаты ПЦР-теста сравниваются с геномом известных вирусов. Совпадают с sars-cov-2. Дальше - утиная типизация.

Что за бред вообще вы несёте? Есть измерительная штуковина - будьте любезны выполнить экспериментальную проверку её работоспособности, сопоставляя результаты с результатами полученными другим способом или с результатами другой, эталонной штуки, для которой эта проверка уже была проведена. И сделать это надо не на одном и даже не на десяти образцах/величинах/etc.

Таких исследований нет. Ни одного.

Нет ни одного доказательства того, что ПЦР позволяет выделить ДНК? Я тебя правильно понял?

Доказывать надо не то, что подобных кусочков не может быть в чем-то другом, а что может.

По большому секрету скажу, что один из праймеров одного французкого PCR-теста, разумеется, рекомендованного ВОЗ, имеет последовательность абсолютно идентичную последовательности находящейся в 8 хромосоме ДНК человека. :) И это только то, что сходу накопали. :) После такого все эти россказни о неимоверной специфичности тестов созданных «специалистами» ничего кроме недоумения не вызывают.

Возможно, был расшифрован геном вируса, и были определены уникальные для него последовательности?

И где, как и кем научно доказано, что они уникальные? Я для простоты даже не буду спрашивать, как вообще решили что это РНК того самого вируса, а не какого-то мусора который был в образце.

И мы им пользуемся, ловим на разных частотах всякое. В какой-то момент к нам прибегает доктор, и говорит, что нужно слушать на другой частоте, на которой раньше не слушали.

Нет, аналогия не верна. Доктор прибегает и говорит, что нужно собрать новый детектор с нуля по известной схеме, но на другую частоту. При этом, оказывается, что работоспособность свежесобранного детектора проверять совсем не нужно, он же собран по известной схеме. И тем более не надо проверять, действительно ли он детектирует только указанную частоту. Да и вообще, откуда взялась эта самая частота - доктор рассказывать отказывается.

Я тебе напомню, что мой комментарий относился к твоему требованию доказать, что ПЦР-тест не может дать положительный результат на sars-cov-2 при условии заражения образца другим вирусом.

Т.е. никто на самом деле не знает, может ли ПЦР-тест давать положительный результат на другие вирусы или вообще какие-нибудь технические РНК присутствующие в организме человека. Потому что чайник Рассела. Но производство, продажа и применение этого теста для диагностики одобрено ВОЗ и прочими институциями и настоятельно рекомендуется в максимально широких масштабах. А все false-positive можно всегда назвать «бессимптомными больными». Отлично, я считаю. :)

Есть геном вируса. Есть результаты ПЦР-тестов. Результаты ПЦР-теста сравниваются с геномом известных вирусов.

ПЦР-тест лишь индицирует визуально, есть ли в образце РНК/ДНК с определёнными кусочками или нет. Его результат нельзя сравнить с каким-либо геномом.

Нет ни одного доказательства того, что ПЦР позволяет выделить ДНК? Я тебя правильно понял?

ПЦР-тест не выделяет ДНК. Он размножает абсолютно любую ДНК к которой могут присоединиться используемые в тесте праймеры и окрашивает эти размноженные молекулы чтобы мы могли визуально увидеть изменение окраски если молекулы есть или её отсутствие, если молекулы не удовлетворили праймерам.

Праймеры, это как бы ключевые слова для поиска. Натурально word1.*word2 Если в тексте (РНК/ДНК) слова есть, то результат теста - «true». Если нет, то «false». При этом результат теста совсем не гарантирует, что найден именно искомый текст, а не какой-то другой, в котором тоже есть такие слова.

Судя по немногим имеющимся в работах снимкам

Каким снимкам? Извините, я не понимаю контекст. Вы работаете с какими-то снимками?

Т.е. в использованных образцах не только предположительно новый вирус, но ещё и куча биологических тканей использованных для размножения вируса, и хрен знает что ещё.

Не понимаю, что именно вы хотите сказать. О каких конкретных образцах вы пишите?

Каким снимкам?

С электронного микроскопа.

О каких конкретных образцах вы пишите?

О тех, из которых секвенировали РНК.

Математически верная теория, безошибочная.

Ошибаетесь. Есть физическая теория (правильнее писать, гипотеза). С определенным математическим аппаратом, который гарантирует правильность выводов только при условии верности неких начальных условий. Часть из которых задается весьма произвольно (подгоняются под результаты экспериментов). Грубо говоря, значения фундаментальных физических констант (гравитационная постоянная, заряд и масса электрона и т. п.) математически ни откуда не выводятся, а определяются экспериментально.

Так что не стоит путать физику и математику, первой без экспериментов не обойтись, в отличие от второй.

Они не будут производить тестирование только что рассчитанного PCR-теста, чтобы убедиться что он в реальных условиях действительно детектирует то, для чего его сделали и не срабатывает на всё остальное.

Откуда такие выводы? Я Вам много раз писал, что каждая тест-система тщательно проверяется. Более того, содержит в своем составе внутренние контроли (как положительные, так и отрицательные).

Проблема в том, что доказательств-то этих нету.

Вы просто с ними не знакомы. Не поленитесь, найдите где-нибудь описание любой тест-системы на Covid-19 (их, кстати, уже много десятков, если не сотен, выпускаемых различными компаниями), там будут все необходимые доказательства.

описание любой тест-системы на Covid-19

«Детектор-БИО» ловит на лету одновременно до 86 возбудителей инфекционных заболеваний вирусной и бактериальной природы ©.
Анализ производится двумя независимыми методами — полимеразной цепной реакцией в режиме реального времени и методом иммунофлуоресценции.

P.S. «Ведь от тайги до британских морей
Красная Армия всех <вирусов> сильней» :)

Т.е. в использованных образцах не только предположительно новый вирус, но ещё и куча биологических тканей использованных для размножения вируса, и хрен знает что ещё.

Я все равно не понимаю, что вы имеете в виду. Что опубликованный геном вируса на самом деле не геном вируса?

И сделан этот вывод на основании фотографии из журнала?

И да, каждый сделанный мной детектор надо будет проверять.

Но это же полная ерунда. Если детекторы идентичны, собраны по одной схеме, то какой смысл в подробном тестировании каждого? Если Вы про возможные ошибки при сборке, то они приведут не к изменению свойств детектора, а к потере работоспособности (вообще пикать не будет).

потому что никто не видел ни одного экспериментального доказательства этого.

Из того, что их не увидели Вы, никак не следует, что вообще данные доказательства никто не видел ;).

но если нету нету вообще ни результатов этих тестов, ни даже описания методики их проведения

Забавно, но все, перечисленное Вами, есть. Достаточно почитать описания тест-систем.

в работоспособность этих тестов можно только верить.

Про веру в науке я Вам уже писал. Если Вы сами, лично, не беретесь проверять те или иные экспериментальные или теоретические данные, то все, что Вам остается, это принимать их на веру. Увы, других вариантов нет. И тесты тут не исключение.

то абсолютно любой специалист, хоть что-то понимающий в электронике просто обязан потребовать всесторонней экспериментальной натурной проверки детектора во всех возможных условиях.

Подозреваю, что специалисту будет достаточно посмотреть схему Вашего прибора ;). И даже больше скажу, если Вы не ООО «Васян и компания», а, например, представитель «Сименс» или любой другой известной технической фирмы, то все, в том числе и специалисты, поверят Вам на слово. Потому, что Вы в том числе и финансово отвечаете за качество продаваемого оборудования.

Совершенно аналогичная ситуация и с тест-системами. Если Вы или я, или любой другой обнаружат несоответствие реальных характеристик системы заявленным, это повод для очень существенных финансовых исков к производителю. А учитывая объемы выпуска подобных тест-систем, производители бы давно уже по миру пошли, если бы что-то было не так.

COVID-19 - это болезнь, предположительно вызываемая вирусом SARS-Cov-2.

Слово предположительно в этой фразе лишнее.

Ни одной статьи о том, что вирус был изолирован и полностью очищен чтобы быть уверенным, что секвенируется РНК только и именно этого вируса а не что либо другое - нет. Вообще.

Что за глупость? Секвенированы уже несколько сотен, если не тысяч геномов SARS-Cov2, в разных странах.

Но почему-то на этом всё остановилось.

Никто не останавливался на этом. Вирус выделен в чистую культуру , разработана система культивирования вируса in vitro (на культуре клеток). Вот, например, статья из США. Аналогичные работы были и в Европе, про Китай уж и не говорю, им, как я понял, Вы в принципе не доверяете, и даже в России.

Того, что в образце нашлись кусочки РНК которые есть и у SARS-Cov-2?

Именно так.

потому что никто не доказал, что таких кусочков не может быть в чём-то другом.

Ошибаетесь. Все известные последовательности собираются в базы данных. Доказать уникальность той или иной последовательности - дело нескольких десятков секунд. Да, Вы можете предположить, что существует другой, неизвестный науке вирус с теми же последовательностями РНК. Но даже если такой вирус и существует, он должен вызывать сходное заболевание. Потому что все секвенирования геномов показали принадлежность этих кусков РНК именно SARS-Cov-2. Так что теория вероятности опровергает Ваше предположение (напомню, что Вы заявляли, что около 70% результатов PCR-тестов ложнопозитивны).

И еще момент - найти идентичные участки генома (именно идентичные, не просто похожие) даже у близко родственных вирусов - крайне сложная задача. Потому что даже один и тот же вирус подвержен очень высокой изменчивости. Так что тут скорее можно ожидать появление ложнонегативных результатов, когда тест-системы перестают выявлять вирус за счет накопления в нем мутаций в местах посадки праймеров.

В «Евгении Онегине» А.С.Пушкина встречаются слова «честных», «занемог», «государство». Значит ли это, что любой текст, в котором встречаются эти слова является «Евгением Онегиным» Пушкина?

Неплохая аналогия. Только вот если мы начнем брать не отдельные слова, а фразы, то очень быстро найдем уникальную фразу, по которой можно будет однозначно опознать содержащий ее текст как данный роман А. С. Пушкина.

Так вот, куски, к которым подбираются праймеры и зонды, соответствуют не отдельным словам, а целым фразам текста. Вы бы и сами это легко поняли, если бы потрудились разобраться, как работает метод PCR.

Как сделать вакцину против вируса, которого нет? Вот в чем вопрос.

Это как хранить файл и его XOR.

Ошибаетесь. Это как хранить две копии файла.

Есть ещё индикатор - аналогичный праймеру кусочек, но в который добавлен краситель, который активируется при присоединении. Если этот индикатор присоединится лишь к двум половинкам ДНК, то изменение цвета мы не увидим - это всего 2 молекулы. Но если ДНК была многократно размножена, то окрасится значительное количество молекул и окраску можно будет увидеть невооружённым глазом. Для этого и размножают ДНК.

Какая-то каша Вас в голове :(. Проба или зонд действительно представляет собой химически синтезированный однонитевой фрагмент ДНК, соответствующий по последовательности участку выявляемой молекулы ДНК, расположенному между двумя праймерами. При этом данный участок химически модифицирован - к одному концу пришита флуоресцентная метка, ко второму - гаситель флюоресценции. В результате сам зонд не флуоресциирует. В ходе PCR зонд также как и праймеры садится на соответствующий участок ДНК. Но, поскольку концы у него модифицированы, то в отличие от праймеров, ДНК-полимераза не может присоединять к нему новые нуклеотиды. Кроме того, садясь на ДНК между праймеров, он начинает мешать ДНК-полимеразе продолжать синтез ДНК с праймеров. В результате ДНК-полимераза за счет своей 5'-3'-экзонклеазной активности начинает разрушать зонд и замещает его вновь синтезированным участком ДНК. За счет разрушения флуоресцентная группа и гаситель флуоресценции, которые были химически связаны вместе в молекуле зонда оказываются разделенными и развивается флуоресценция. Тем сильнее, чем больше молекул зонда разрушено. Ну а поскольку количество разрушенных молекул пропорционально количеству синтезированной в ходе PCR ДНК, по нарастанию флуоресценции можно судить о эффективности самой PCR в режиме реального времени.

то запросто может оказаться, что PCR-тест среагирует не только на искомую ДНК, но и на любые другие ДНК в которых есть аналогичное сочетание последовательностей использованных для праймеров и индикатора.

Как у Вас с теорией вероятности? Вот простейшая задача - рассчитайте вероятность появления трех последовательностей ДНК длиной 18, 18 и 25 нуклеотидов так, чтобы более короткие участки находились на дистанции 75-300 н. п. друг от друга, а участок в 25 нуклеотидов попадал между ними. Понятен вопрос? На всякий случай, переформулирую - если мы проводим синтез случайной молекулы ДНК, присоединяя к ней по 1 нуклеотиду, какой длины придется нам синтезировать молекулу ДНК, прежде, чем заданное условие будет выполнено?

Можете промоделировать это на компьютере - для Вас, как для программиста, не составит сложности написать элементарную программу, которая будет имитировать данный процесс. Озвучьте, пожалуйста, результаты.

Это даст Вам представление о специфичности PCR.

потому что далеко не все возможные ДНК и РНК секвенированы.

Секвенированы все ДНК и РНК, присутствующие в здоровых клетках человека. И ни одна из них не ловится тест-системами на SARS-Cov-2. Т. е. положительный результат теста однозначно говорит о факте инфекции каким-то посторонним агентом. Все попытки изоляции этого агента (напомню, в сумме их проведено несколько сотен, а то и тысяч) всегда приводят к выделению SARS-Cov-2.

Попробуйте, как человек, знакомый с математикой, сделать из этих фактов объективный вывод. Я соглашусь с Вами, что на 100% исключить существование альтернативного вируса, распознаваемого тест-системами к SARS-Cov-2, нельзя. Но просто оцените вероятность его существования. Думаю, после этого Вы перестанете писать про 70% ложнопозитивных тестов ;).

Для этого придётся секвенировать абсолютно все ДНК и РНК всех живых и неживых (вирусов) существ на планете, что по очевидным причинам нереально.

Ничего нереального в этом нет, это всего лишь вопрос времени и денег. Лично у меня нет никаких сомнений, что рано или поздно данная задача будет человечеством выполнена. Причем, учитывая прогрессивное удешевление технологий севенирования, скорее рано, чем поздно.

Вообще-то, и сейчас есть сомнения, что СПИД вызывается именно ВИЧ.

Да уж :(.

Так что для начала придётся всё-же доказать, что именно ВИЧ вызывает СПИД.

Подозреваю, что в Вашем случае это бесполезно - Вы просто не в состоянии воспринять доказательства.

Судя по немногим имеющимся в работах снимкам, используют образцы тканей в которых присутствуют какие-то коронавирусы.

Ошибаетесь. Во-первых, вирус изолируют не на тканях, а на культуре клеток. Во-вторых, вирус действительно изолируют биохимическими методами (культуральную среду от инфицированной клеточной культуры, удаляют остатки клеток, далее ультрацентрифугированием в градиенте плотности выделяют вирусные частицы). В-третьих, современные методы секвенирования (NGS) позволяют идентифицировать геномы вирусов без выделения - секвенируются вообще все РНК (ДНК предварительно разрушаются обработкой соответствующими ферментами), которые есть в инфицированных клетках, далее методами биоинформатики из общего пула последовательностей удаляют последовательности, принадлежащие самим клеткам (напомню, что т. к. геном человека известен, мы можем однозначно идентифицировать любую РНК как принадлежащую человеку, либо как чужеродную). В результате остаются исключительно чужеродные последовательности, среди которых только РНК SARS-Cov-2 детектируется разработанными тест-системами.

Где экспериментальные исследования, доказывающие хотя бы что при гарантированном отсутствии этого конкретного вируса в образце тест не даёт false-positive?

Читайте инструкции к тест-системам. В каждую тест-систему входят контроли, в том числе и тот, о котором Вы пишете.

Таких исследований нет. Ни одного.

Увы, но похоже, это безнадежно :(. И я, и другие частники дискуссии приводили Вам ссылки на соответствующие работы неоднократно. Но Вы их просто игнорируете.

В общем-то, позиция не новая - «доказательств нет, потому что их в принципе не может быть. А то, что есть - не доказательства (см. предыдущее предложение)».

Нет, но теоретически может появиться. Часто спрашивают про медицинские спектрофотометры, вот, думаем, может ими тоже заняться, а там и до PCR недалеко…

Даже не знаю, смеяться или плакать...

Если что, то болезни без симптомов принципиально быть не может. Вообще никак.

Да Вы что, неужели всерьез это пишете???

Потому что болезнь - это нарушения нормальной жизнедеятельности организма, и эти нарушения называются симптомами.

Вот как? Если бы Вы были правы, то люди бы не сталкивались с внезапными инфарктами, инсультами, да и онкологию выявляли бы на самых ранних стадиях. Увы, но в реальности многие болезни в течение длительного времени развиваются бессимптомно :(. Например, атеросклероз у людей начинает развиваться с 8-10 лет, а первые симптомы появляются в 40-60 лет. А у некоторых и вообще не появляются.

с уже совершенно необъятным набором симптомов называемым COVID-19

В реальности все строго наоборот, клиническая картина при COVID-19 очень характерна, ее практически невозможно спутать с любым другим заболеванием легких.

И, почему-то, они есть у тех, кто никогда не болел ковидом

С антителами история гораздо сложнее. В отличие от PCR, специфичность тут гораздо ниже, в первую очередь, за счет кросс-реактивности антител. Можете поверить на слово (суть объяснять слишком долго и сложно), у специалистов данный факт никаких вопросов не вызывает.

имеет последовательность абсолютно идентичную последовательности находящейся в 8 хромосоме ДНК человека.

Если это правда, то это очевидный косяк тест-системы. Честно говоря, верится в такое с трудом - отсекаться такие вещи должны на самых ранних стадиях разработки тест-системы.

Но знаете, что самое смешное? Даже такой косяк не приведет к потере специфичности - тест-система не будет ловить фрагменты 8 хромосомы человека. По нескольким причинам. Во-первых, как уже писал выше, вся ДНК ферментативно разрушается при выделении РНК. Во-вторых, если допустить, что это не просто кусок 8 хромосомы, а трансрибирующийся кусок (есть РНК-копия), одного праймера мало для успешной амплификации ДНК.

Так что Ваш пример (если это правда) является наглядной иллюстрацией устойчивости метода даже к серьезным ошибкам разработчиков ;).

или вообще какие-нибудь технические РНК присутствующие в организме человека.

Последовательности всех РНК человеческого происхождения известны. Так что нет никаких проблем подобрать праймеры, которые не будут реагировать ни на одну из человеческих РНК.

ПЦР-тест лишь индицирует визуально, есть ли в образце РНК/ДНК с определёнными кусочками или нет.

Не только. При определенных условиях можно еще количественно оценить вирусную нагрузку.

Праймеры, это как бы ключевые слова для поиска. Натурально word1.*word2 Если в тексте (РНК/ДНК) слова есть, то результат теста - «true». Если нет, то «false».

См. выше. Есть дополнительные ограничения. Во-первых, третье слово (последовательность зонда). Во-вторых, есть требования к взаимному расположению праймеров и зондов (праймеры должны быть направлены навстречу друг другу, дистанция между ними должна быть в пределах 75-300 нуклеотидных пар и, главное, последовательность зонда должна попадать в участок между праймеров). Это очень существенные ужесточения критериев поиска по сравнению с названными Вами.

«Детектор-БИО» ловит на лету одновременно до 86 возбудителей инфекционных заболеваний вирусной и бактериальной природы

И какое отношение это имеет к обсуждаемому вопросу? По Вашей ссылке речь вообще идет не о тест-системе, а о приборе (какой-то гибрид между PCR-амплификатором и ридером). Цифра 86 вообще не о чем - на нем можно ловить любого возбудителя, для которого есть тест-система.

И какое отношение это имеет к обсуждаемому вопросу?

Отношение аршинными буквами в заголовке: «В России создали прибор, выявляющий коронавирус в воздухе».

И все эти ваши вакцины с «побочками» ненужны: чихнул, на дисплее тут же рекомендация — карантин/морг :)

Отношение аршинными буквами в заголовке: «В России создали прибор, выявляющий коронавирус в воздухе».

Не читайте советских газет (с) ;)

Так что не стоит путать физику и математику, первой без экспериментов не обойтись, в отличие от второй.

Ну так биохимия и не математика. :)

Не поленитесь, найдите где-нибудь описание любой тест-системы на Covid-19

А то я не находил. В даташите нет никаких цифр о специфичности среди коронавирусов. И даже просто среди вирусов - только перечисление целых групп, и никаких цифр. И почему-то никогда не указывается точность - хотя бы с какой вероятностью он даёт верный результат. Я подозреваю что точность сильно зависит от соблюдения процедуры, но какую-то среднюю погрешность в любом случае можно указать.

Если детекторы идентичны, собраны по одной схеме, то какой смысл в подробном тестировании каждого? Если Вы про возможные ошибки при сборке, то они приведут не к изменению свойств детектора, а к потере работоспособности (вообще пикать не будет).

Я вообще про всё. Схема и конечный продукт - это очень разные вещи. Потребителю важна работоспособность конечного продукта, а не теоретическая верность схемы. Даже разводка проводков на плате может очень сильно влиять на параметры готового устройства.

Забавно, но все, перечисленное Вами, есть. Достаточно почитать описания тест-систем.

Ещё раз - ни в одном даташите на PCR-тест не указана его погрешность.

И даже больше скажу, если Вы не ООО «Васян и компания», а, например, представитель «Сименс» или любой другой известной технической фирмы, то все, в том числе и специалисты, поверят Вам на слово.

Нет, никто на слово не верит. Есть даже специальная процедура - поверка прибора.

А учитывая объемы выпуска подобных тест-систем, производители бы давно уже по миру пошли, если бы что-то было не так.

В данном случае, false-positive очень на руку тем, кто эти тесты применяет. Часто в самом прямом смысле.

Слово предположительно в этой фразе лишнее.

Да неужели. До сих пор есть сомнения, что именно и только HIV вызывает AIDS. А тут за полгода никаких сомнений ни у кого не осталось? :)

Все известные последовательности собираются в базы данных.

Ключевое слово - «известные». Т.е. даже в «математическом» доказательстве применимости PCR-теста есть изъян.

Вирус выделен в чистую культуру , разработана система культивирования вируса in vitro (на культуре клеток). Вот, например, статья из США.

Я, конечно, извиняюсь, но всего 1 пациент, и то, что выделили именно нужный вирус «доказывается» PCR-тестом, чья избирательность доказывается такими же «изоляциями».

Это какой-то замкнутый круг. Эта батарейка выдаёт 1.44 Вольт потому что вольтметр показывает 1.44 Вольт. А вольтметр показывает правильно, потому что на этой батарейке которая выдаёт 1.44 Вольт он показывает 1.44 Вольт.

Вы и правда вообще не понимаете, в чём проблема с научностью в таких «доказательствах»?

Так вот, куски, к которым подбираются праймеры и зонды, соответствуют не отдельным словам, а целым фразам текста.

Текст имеет размер 29903 буквы. Для идентификации используются «фразы» размером в 17, 18 и 21 букву. Не тянет это на целые фразы. В лучшем случае - словосочетания.

для Вас, как для программиста, не составит сложности написать элементарную программу, которая будет имитировать данный процесс. Озвучьте, пожалуйста, результаты.

А то я не забавлялся с этим. Если каждый нуклеотид закодировать как 2 бита и дополнить нулями последовательности праймеров до целых байт, то пресловутый французский тест, у которого косяк с праймером считает что SARS-Cov-2 у меня заражено около 50 разных файлов. :)

Это даст Вам представление о специфичности PCR.

Да, это дало мне прекрасное представление о специфичности. :)

Я соглашусь с Вами, что на 100% исключить существование альтернативного вируса, распознаваемого тест-системами к SARS-Cov-2, нельзя. Но просто оцените вероятность его существования.

Речь не о вероятности, а о научном доказательстве работоспособности. И, заметьте, обсуждаем пока только базовый принцип работы. Сама схема «устройства», априори, не даёт гарантии правильной работы. А ведь речь в итоге не о схеме, а о реальных готовых изделиях.

Думаю, после этого Вы перестанете писать про 70% ложнопозитивных тестов ;).

А это не я пишу. Вот, совсем недавно ещё 4000 «заражённых» оказались совсем даже не заражёнными в Швеции. Я понимаю, что сейчас сложно найти подобную информацию, ибо гугль жёстко цензурирует подобное, но есть же всякие ddg и пр.

Вы просто не в состоянии воспринять доказательства.

У нас просто несколько разные понятия о доказательствах. Для меня циклические «доказательства» (см. про батарейку выше) таковыми не являются. Любая штука для измерения должна быть проверена экспериментально, либо сравнением результатов измерения с результатами полученными принципиально иным методом, либо сравнением с эталонной штукой. Ни того, ни другого для нынешних тестов на коронавирус нет.

В результате остаются исключительно чужеродные последовательности, среди которых только РНК SARS-Cov-2 детектируется разработанными тест-системами.

А работоспособность тест-систем доказана тем, что они детектируют РНК SARS-Cov-2 в этих образцах. Зашибись.

Последовательности всех РНК человеческого происхождения известны.

В человеке есть РНК и ДНК не только человеческого происхождения. Я про симбиотические организмы типа бактериофагов и случайно забредающие вирусы и бактерии, а не про инопланетян, если что. :) Неужели их абсолютно все секвенировали?

Честно говоря, верится в такое с трудом - отсекаться такие вещи должны на самых ранних стадиях разработки тест-системы.

Что, опять? Да сколько можно-то?

Вот: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/real-time-rt-pcr-assays-for-the-detection-of-sars-cov-2-institut-pasteur-paris.pdf

nCoV_IP2-12759Rv CTCCCTTTGTTGTGTTGT

И вот: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/NC_000008.11?report=genbank&log$=nuclalign&from=63648346&to=63648363

Не, я прекрасно понимаю, что вы, видимо как зарабатывающий деньги на методе хотите его защитить, он вам нравится и всё такое. Я тоже буду всячески агитировать, например, за измерение и сравнение цвета объектов исключительно способом, который используется в приборах и софте на которых я зарабатываю. Не ради рекламы, конечно, а потому что я действительно считаю этот метод наилучшим. Но вот я не стану распространять это на любые конечные продукты использующие этот же метод и тем более защищать каких-то жуликов которые сомнительным образом используют аналогичные приборы и софт чтобы обманывать других.

Вот, кстати, ещё интересное: https://uk.reuters.com/article/us-astrazeneca-results-vaccine-liability/astrazeneca-to-be-exempt-from-coronavirus-vaccine-liability-claims-in-most-countries-idUKKCN24V2EN

Фармкомпании получают освобождение от ответственности за вакцины уже в глобальном, международном масштабе.

Интересен подход этих уродов, причём даже не скрываясь во всеуслышанье об этом заявляют:

“This is a unique situation where we as a company simply cannot take the risk if in … four years the vaccine is showing side effects,” Ruud Dobber, a member of Astra’s senior executive team, told Reuters.

Мы, как компания, просто не можем взять на себя риски того, что через 4 года у вакцины могут обнаружится побочные эффекты.

Бабло за вакцины получать они хотят, а отвечать за произведённые вакцины - нет. Офигенная бизнес-модель, ящетаю. :)

Интересно, есть тут такие, кто считает, что это нормально? «Вот бы посмотреть…» (С) Пятый элемент.

Что с российской вакциной от ковида?

Те кто сразу не подохнут, будут жить вечно.